唐置石牛縣，宋置中平縣。明初改九名九姓獨山州長官司，弘治七年（1494）置獨山州，民國2年（1913）改獨山縣。因縣城東南獨坡(又稱獨山)，四野廣陌平疇，一山中立，不連他山，故名。

1996年，獨山縣轄8個鎮、7個鄉、3個民族鄉：城關鎮、上司鎮、麻尾鎮、甲里鎮、下司鎮、基長鎮、兔場鎮、麻萬鎮、羊鳳鄉、堯梭鄉、翁臺水族鄉、甲定水族鄉、水巖鄉、本寨水族鄉、堯棒鄉、董嶺鄉、黃后鄉、打羊鄉。縣政府駐城關鎮。

2000年第五次人口普查，獨山縣總人口317910人，其中：城關鎮51733人，兔場鎮13148人，麻萬鎮29447人，基長鎮37944人，上司鎮23354人，下司鎮19366人，甲里鎮12030人，麻尾鎮21228人，堯梭鄉16065人，羊鳳鄉14085人，甲定水族鄉2824人，翁臺水族鄉2594人，本寨水族鄉21432人，水巖鄉10094人，打羊鄉13049人，堯棒鄉10710人，黃后鄉10240人，董嶺鄉8567人。

2003年8月4日，貴州省人民政府批準，獨山縣變更上司鎮塘八村打吉組隸屬關系，將其劃由打羊鄉管轄。上司鎮、打羊鄉行政區域界線作相應調整。

2003年末，獨山縣總人口34.92萬人，其中非農業人口3.76萬人；少數民族24.06萬人。轄8個鎮、10個鄉（其中3個民族鄉），250個村委會、9個居委會。

2006年，獨山縣轄8個鎮、10個鄉（其中3個民族鄉）：城關鎮、兔場鎮、麻萬鎮、基長鎮、上司鎮、下司鎮、甲里鎮、麻尾鎮、堯梭鄉、羊鳳鄉、甲定水族鄉、翁臺水族鄉、本寨水族鄉、水巖鄉、打羊鄉、堯棒鄉、黃后鄉、董嶺鄉。

2007年末，全縣面積2422.2平方千米，總人口34.64萬人，其中非農業人口3.96萬人，占總人口的11.43%；少數民族人口26.4萬人，占總人口的76.2%。轄8個鎮、10個鄉（其中3個民族鄉），9個居委會、133個行政村。

2010年第六次人口普查，獨山縣常住總人口265212人，其中：城關鎮56683人，兔場鎮10687人，麻萬鎮25324人，基長鎮28195人，上司鎮18275人，下司鎮15288人，甲里鎮8407人，麻尾鎮17781人，堯梭鄉12612人，羊鳳鄉10750人，甲定水族鄉1930人，翁臺水族鄉2191人，本寨水族鄉18032人，水巖鄉7043人，打羊鄉9817人，堯棒鄉8021人，黃后鄉7827人，董嶺鄉6349人。

2010年末，獨山縣常住人口26.53萬人。2011年末，獨山縣面積2442.2平方千米，常住人口26.34萬人，戶籍人口34.94萬人，轄8個鎮、10個鄉（其中3個民族鄉），9個居委會、133個行政村。

2013年，撤銷城關鎮、堯梭鄉、羊鳳鄉，設立百泉鎮；撤銷麻尾鎮、堯棒鄉、黃后鄉、董嶺鄉，設立新的麻尾鎮；撤銷兔場鎮、甲定水族鄉、翁臺水族鄉，設立影山鎮；撤銷基長鎮、水巖鄉，設立新的基長鎮；撤銷本寨水族鄉，設立玉水鎮；撤銷上司鎮、打羊鄉，設立新的上司鎮；撤銷甲里鎮，將四九村、星朗村劃入下司鎮，將甲里村、峰洞村、角寨村劃入上司鎮。

全縣現轄8個鎮：百泉鎮、影山鎮、麻萬鎮、基長鎮、上司鎮、下司鎮、麻尾鎮、玉水鎮。縣政府駐百泉鎮。