民國24年（公元1935年）四月，廣東省政府民政廳正式批準，析崖縣、陵水、萬寧、樂會、定安部分黎區設置保亭縣，治保城鎮。因清朝曾設“寶亭營、汛”而得名；另有一說是清末馮資材（宮保）征黎時帶兵駐此，建亭一座，后人稱為“馮官保亭”，日久簡稱“保亭”，縣以亭名。
　　1958年保亭與陵水、崖縣合并為榆林縣。1959年榆林縣更名崖縣，同年恢復保亭縣。1987年11月20日，國務院批準撤銷保亭縣，設立保亭黎族苗族自治縣。

　　1995年底，保亭黎族苗族自治縣轄12個鄉鎮、60個行政村，境內有6個國有農（茶）場，總面積1160.7平方千米，總人口15.15萬人，其中農墾系統5.03萬人。總人口中，非農業人口2.55萬人，農業人口12.60萬人；城鎮人口1.94萬人，鄉村人口13.21萬人。縣城保城鎮。
　　1996年底，保亭黎族苗族自治縣總面積1160.7平方千米，總人口15.24萬人，其中農墾系統5.14萬人。轄12個鄉鎮、60個行政村、461個自然村，境內有6個國有農（茶）場。縣城保城鎮。
　　1997年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.37萬人。轄7個鎮、5個鄉：保城鎮、什玲鎮、加茂鎮、三道鎮、新政鎮、響水鎮、毛岸鎮、八村鄉、六弓鄉、南林鄉、毛感鄉、報什鄉，共有60個行政村、461個自然村，境內有6個國有農場。縣城保城鎮。
　　1998年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.44萬人。轄12個鄉鎮、62個行政村、463個自然村，境內有6個國有農場。縣城保城鎮。
　　1999年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.56萬人。轄12個鄉鎮、62個行政村、463個自然村，境內有6個國有農場。縣城保城鎮。
　　2000年第五次人口普查，全縣總人口139506人，其中：保城鎮25651人，什玲鎮11042人，加茂鎮8379人，響水鎮9454人，新政鎮10108人，三道鎮10332人，毛岸鎮2891人，六弓鄉6371人，南林鄉4949人，毛感鄉3723人，八村鄉2471人，報什鄉2601人，國營通什茶場2571人，國營新星農場9739人，國營保亭熱作物研究所2825人，國營金江農場8687人，國營南茂農場11585人，國營三道農場6127人。
　　2000年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.58萬人，其中黎族8.4萬人，農墾系統5.7萬人。轄12個鄉鎮、62個行政村、461個自然村，境內有6個國有農（茶）場。縣城保城鎮。
　　2001年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.69萬人（公安戶籍人口數：總戶數41812戶、總人口156888人；其中非農業人口28007人。），其中黎族9.34萬人，苗族6059人。轄12個鄉鎮、62個行政村、464個自然村，境內有5個國有農場。縣城保城鎮。
　　2002年，報什鄉、新政鎮合并，設立新政鎮；毛岸鎮、響水鎮合并，設立響水鎮；八村鄉、什玲鎮合并，設立什玲鎮。年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.73萬人，其中黎族10.35萬人，苗族6096人，轄6個鎮、3個鄉（保城鎮、什玲鎮、加茂鎮、響水鎮、新政鎮、三道鎮、毛感鄉、南林鄉、六弓鄉）、62個行政村、464個自然村，境內有5個國有農場。縣政府駐保城鎮。
　　2003年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.77萬人（公安戶籍人口數：總戶數38990戶、總人口157680人；其中非農業人口28320人。），其中黎族9.4萬人，苗族6129人。轄9個鄉鎮、62個行政村、467個村民小組，境內有5個國有農場。縣政府駐保城鎮。
　　2004年底，保亭黎族苗族自治縣面積1160.7平方千米。人口15.99萬人（公安戶籍人口數：總戶數40097戶、總人口159900人；其中非農業人口75755人。），其中黎族9.48萬人，苗族6358人。轄9個鄉鎮、62個行政村、463個自然村，境內有5個國有農場。縣政府駐保城鎮。