因境內(nèi)圭江向北流而得名。1994年4月18日，民政部批復(fù)（民行批[1994]60號(hào)）：經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，同意撤銷北流縣，設(shè)立北流市。1997年4月22日，國(guó)務(wù)院（國(guó)函[1997]26號(hào)）批準(zhǔn)同意原玉林地區(qū)的北流市由自治區(qū)直轄。1998年5月9日，廣西自治區(qū)政府同意北流市由玉林市代管。

1996年，北流市面積2475平方千米，人口約105萬(wàn)人。轄23個(gè)鎮(zhèn)：北流鎮(zhèn)、新榮鎮(zhèn)、民安鎮(zhèn)、山圍鎮(zhèn)、民樂(lè)鎮(zhèn)、西埌鎮(zhèn)、新圩鎮(zhèn)、大里鎮(zhèn)、塘岸鎮(zhèn)、清水口鎮(zhèn)、隆盛鎮(zhèn)、大坡外鎮(zhèn)、六麻鎮(zhèn)、新豐鎮(zhèn)、沙垌鎮(zhèn)、平政鎮(zhèn)、扶新鎮(zhèn)、白馬鎮(zhèn)、大倫鎮(zhèn)、六靖鎮(zhèn)、石窩鎮(zhèn)、華東鎮(zhèn)、清灣鎮(zhèn)。市政府駐北流鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，北流市總?cè)丝?049035人。其中：北流鎮(zhèn)160538人，新榮鎮(zhèn)31453人，民安鎮(zhèn)32303人，山圍鎮(zhèn)28678人，民樂(lè)鎮(zhèn)56621人，西垠鎮(zhèn)47118人，新圩鎮(zhèn)58767人，大里鎮(zhèn)41244人，塘岸鎮(zhèn)43851人，清水口鎮(zhèn)38028人，隆盛鎮(zhèn)65092人，大坡外鎮(zhèn)37596人，六麻鎮(zhèn)65760人，新豐鎮(zhèn)39717人，沙垌鎮(zhèn)24619人，平政鎮(zhèn)55432人，白馬鎮(zhèn)32888人，大倫鎮(zhèn)26106人，扶新鎮(zhèn)18661人，六靖鎮(zhèn)60029人，石窩鎮(zhèn)37453人，華東鎮(zhèn)11317人，清灣鎮(zhèn)35764人。

2002年9月，設(shè)立陵城街道、城南街道、城北街道。調(diào)整后，北流市轄3個(gè)街道、23個(gè)鎮(zhèn)：陵城街道、城南街道、城北街道、北流鎮(zhèn)、新榮鎮(zhèn)、民安鎮(zhèn)、山圍鎮(zhèn)、民樂(lè)鎮(zhèn)、西垠鎮(zhèn)、新圩鎮(zhèn)、大里鎮(zhèn)、塘岸鎮(zhèn)、清水口鎮(zhèn)、隆盛鎮(zhèn)、大坡外鎮(zhèn)、六麻鎮(zhèn)、新豐鎮(zhèn)、沙垌鎮(zhèn)、平政鎮(zhèn)、白馬鎮(zhèn)、大倫鎮(zhèn)、扶新鎮(zhèn)、六靖鎮(zhèn)、石窩鎮(zhèn)、華東鎮(zhèn)、清灣鎮(zhèn)。（278個(gè)行政村、21個(gè)居委會(huì)）

2005年6月13日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2005]163號(hào)）同意撤銷華東鎮(zhèn)，整建制并入石窩鎮(zhèn)，石窩鎮(zhèn)政府駐地不變。

全市現(xiàn)轄3個(gè)街道、22個(gè)鎮(zhèn)：陵城街道、城南街道、城北街道、北流鎮(zhèn)、新榮鎮(zhèn)、民安鎮(zhèn)、山圍鎮(zhèn)、民樂(lè)鎮(zhèn)、西垠鎮(zhèn)、新圩鎮(zhèn)、大里鎮(zhèn)、塘岸鎮(zhèn)、清水口鎮(zhèn)、隆盛鎮(zhèn)、大坡外鎮(zhèn)、六麻鎮(zhèn)、新豐鎮(zhèn)、沙垌鎮(zhèn)、平政鎮(zhèn)、白馬鎮(zhèn)、大倫鎮(zhèn)、扶新鎮(zhèn)、六靖鎮(zhèn)、石窩鎮(zhèn)、清灣鎮(zhèn)。市政府駐陵城街道。