秦秋時屬齊祝柯地，漢朝屬祝阿地。金天會八年（1130年），“齊國皇帝”劉豫析禹城縣東南部置齊河縣。該縣原為古齊地，縣南臨黃河，故名濟河。據《今縣釋名》：“縣東有耿濟鎮，后漢建武五年，耿弇撥祝阿，遂渡濟水，向歷城，鎮因以名。今有耿濟渡口，在大清河上，宋改鎮曰濟河。金大定八年因置縣。”據《史記正義》：“天濟池，在青州臨朐縣東南十五里。”據《封禪書》：“齊之所以為齊者，以天齊也。”

1989年12月2日，將齊河縣的靳家鄉、大王鄉和桑梓店鎮劃歸濟南市歷城區領導。1990年1月1日，濟南市歷城區桑梓店鎮的油坊趙和大漠劉兩村劃歸齊河縣焦斌屯鄉管轄，桑梓店園林場地段，齊河縣與歷城區以李家岸干渠東壩頂中心線向東100米為界。

1995年10月23日，撤銷小周鄉，設立祝阿鎮。至此，齊河縣面積1378.8平方千米，人口54萬人。轄5個鎮、16個鄉：晏城鎮、表白寺鎮、祝阿鎮、趙官鎮、焦廟鎮、大張鄉、大夫營鄉、大黃鄉、馬集鄉、仁里集鄉、務頭鄉、劉橋鄉、華店鄉、安頭鄉、宣章屯鄉、胡官屯鄉、南北鄉、賈市鄉、焦斌屯鄉、富足店鄉、潘店鄉。縣政府駐晏城鎮。

1996年12月25日，撤銷焦斌屯鄉，設立焦斌屯鎮（魯政函民字[1996]58號）。至此，齊河縣轄6個鎮、15個鄉：晏城鎮、趙官鎮、焦廟鎮、表白寺鎮、祝阿鎮、焦斌屯鎮、安頭鄉、大黃鄉、宣章屯鄉、南北鄉、華店鄉、劉橋鄉、潘店鄉、務頭鄉、仁里集鄉、大張鄉、馬集鄉、胡官屯鄉、富足店鄉、賈市鄉、大夫營鄉。

2000年6月15日，撤銷南北鄉、焦斌屯鎮，將其行政區域并入晏城鎮；撤銷大張鄉、仁里集鄉，合并設立仁里集鎮，仁里集鎮人民政府駐原仁里集鄉人民政府駐地；撤銷潘店鄉、務頭鄉，合并設立潘店鎮，潘店鎮人民政府駐原潘店鄉人民政府駐地；撤銷賈市鄉，將其行政區域并入焦廟鎮；撤銷大夫營鄉，將其行政區域并入祝阿鎮；撤銷胡官屯鄉、富足店鄉，合并設立胡官屯鎮，胡官屯鎮人民政府駐原胡官屯鄉人民政府駐地；撤銷宣章屯鄉，設立宣章屯鎮，其行政區域和人民政府駐地不變。至此，齊河縣轄9個鎮、5個鄉：晏城鎮、宣章屯鎮、表白寺鎮、祝阿鎮、焦廟鎮、胡官屯鎮、趙官鎮、潘店鎮、仁里集鎮、大黃鄉、安頭鄉、華店鄉、劉橋鄉、馬集鄉。

2000年第五次全國人口普查，齊河縣常住總人口593341人，其中：晏城鎮125293人，表白寺鎮29061人，焦廟鎮52075人，趙官鎮28946人，祝阿鎮60447人，仁里集鎮49280人，潘店鎮49033人，胡官屯鎮37868人，宣章屯鎮23343人，華店鄉23516人，安頭鄉22132人，馬集鄉30401人，劉橋鄉35531人，大黃鄉26415人。

2007年末，齊河縣總面積1411平方千米。總人口61.62萬人，其中城鎮人口10.25萬人，人口城鎮化率16.6％。有少數民族24個，2970人。轄9個鎮、5個鄉和1個省級經濟開發區、1個街道，1012個行政村、7個社區。

2010年，撤銷晏城鎮，設立晏城街道、晏北街道；撤銷馬集鄉，設立馬集鎮。調整后，齊河縣轄2個街道、9個鎮、4個鄉：晏城街道、晏北街道、表白寺鎮、焦廟鎮、趙官鎮、祝阿鎮、仁里集鎮、潘店鎮、胡官屯鎮、宣章屯鎮、馬集鎮、華店鄉、安頭鄉、劉橋鄉、大黃鄉。縣政府駐晏城街道。

2010年第六次人口普查，齊河縣常住總人口602042人，其中：晏城街道82461人，晏北街道61485人，表白寺鎮26972人，焦廟鎮50590人，趙官鎮31596人，祝阿鎮57995人，仁里集鎮47790人，潘店鎮48546人，胡官屯鎮35342人，宣章屯鎮22506人，馬集鎮30208人，華店鄉23684人，安頭鄉21609人，劉橋鄉34649人，大黃鄉26609人。

2013年，撤銷華店鄉、劉橋鄉，設立華店鎮、劉橋鎮（魯政函民字[2013]55號）。調整后，全縣轄2個街道、11個鎮、2個鄉：晏城街道、晏北街道、表白寺鎮、焦廟鎮、趙官鎮、祝阿鎮、仁里集鎮、潘店鎮、胡官屯鎮、宣章屯鎮、馬集鎮、華店鎮、劉橋鎮、安頭鄉、大黃鄉。