“杭錦”為突厥語，意為“使車者”。一說因蒙古族部落而得名。隋唐以前多為中央王朝州、郡屬地，宋為西夏屬地，后為蒙古部落牧地。清時分屬伊克昭盟的達拉特旗、杭錦旗地，清末屬五原廳。1929年至1941年屬臨河縣，1942年屬米倉縣。1953年以米倉縣為主體建杭錦后旗。

1996年?，杭錦后旗面積1711平方千米，人口29.6萬人。轄4鎮(zhèn)16鄉(xiāng)：陜壩鎮(zhèn)、黃河鎮(zhèn)、蠻會鎮(zhèn)、三道橋鎮(zhèn)、五星鄉(xiāng)、躍進鄉(xiāng)、光榮鄉(xiāng)、紅旗鄉(xiāng)、聯(lián)合鄉(xiāng)、紅星鄉(xiāng)、團結(jié)鄉(xiāng)、四支鄉(xiāng)、南渠鄉(xiāng)、沙海鄉(xiāng)、召廟鄉(xiāng)、大樹灣鄉(xiāng)、二道橋鄉(xiāng)、南小召鄉(xiāng)、查干敖包鄉(xiāng)、頭道橋鄉(xiāng)、太陽廟鄉(xiāng)。旗政府駐陜壩鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，杭錦后旗總?cè)丝?84279人，其中：黃河鎮(zhèn)6616人，二道橋鎮(zhèn)11525人，三道橋鎮(zhèn)13987人，蠻會鎮(zhèn)8302人，團結(jié)鎮(zhèn)8230人，陜壩鎮(zhèn)50991人，頭遭橋鄉(xiāng)12192人，查干敖包鄉(xiāng)14151人，南小召鄉(xiāng)11973人，五星鄉(xiāng)9631人，太陽廟鄉(xiāng)11030人，大樹灣鄉(xiāng)7284人，召廟鄉(xiāng)12732人，沙海鄉(xiāng)13797人，南渠鄉(xiāng)14670人，四支鄉(xiāng)11262人，光榮鄉(xiāng)17420人，紅旗鄉(xiāng)11056人，聯(lián)合鄉(xiāng)7949人，紅星鄉(xiāng)10223人，躍進鄉(xiāng)16699人，巴盟太陽廟農(nóng)場2559人。

2000年，全旗總面積1767平方千米（265.04萬畝）。轄6個鎮(zhèn)、15個鄉(xiāng)。總?cè)丝?8146戶289532人，其中蒙古族2626人，其他少數(shù)民族2862人，漢族284064人；全旗城鎮(zhèn)人口80762人，農(nóng)村人口208770人。

2009年，全旗總面積1708平方千米。轄8個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，14個居委會、107個村委會，1046個村民小組。總?cè)丝?6074戶323017人，其中：漢族316521人，蒙古族3375人，回族2418人，滿族465人，其他少數(shù)民族238人。人口密度189人/平方千米。

2012年，設(shè)立蒙海鎮(zhèn)。調(diào)整后，全旗轄9個鎮(zhèn)：陜壩鎮(zhèn)、頭道橋鎮(zhèn)、二道橋鎮(zhèn)、三道橋鎮(zhèn)、蠻會鎮(zhèn)、團結(jié)鎮(zhèn)、雙廟鎮(zhèn)、沙海鎮(zhèn)、蒙海鎮(zhèn)。