托克托，系蒙古族人名，意為“保住”，“傳宗接代”。公元前4世紀，戰國趙武侯筑云中城（今托克托縣古城村），趙武靈王置云中郡。后經秦、漢、北魏、隋、唐，云中郡名一直延用，唐貞觀十四年（公元640年）徙云中治所于今大同后，該地軍、政、經濟中心遂移往新筑之東受降城（地點在今中灘鄉）。

遼、金、元時期易名東勝州，明代撤州改衛。明嘉靖中期，土默特部托克托（亦可音譯為脫脫）駐牧此地，城因人名，稱托克托城。清中葉蒙旗土地大量放墾，乾隆元年（1736年）設托克托廳，民國初年改為托克托縣。

1996年，托克托縣面積1313平方千米，人口約18.6萬人（根據《政區大典》），其中蒙古族0.5萬人，漢族居多數，其他少數民族有回、羌等。轄3個鎮、8個鄉：城關鎮、五申鎮、新營子鎮、南坪鄉、黑城鄉、中灘鄉、古城鄉、燕山營鄉、乃只蓋鄉、伍什家鄉、永圣域鄉。縣政府駐城關鎮。

1999年，托克托縣面積1416.8平方千米（《內蒙古年鑒》），轄3鎮、8鄉，13個居委會、120個行政村，總人口18.98萬人，其中農業人口16.28萬人。2000年總人口18.9萬人。

2000年第五次人口普查，總人口185582人，其中：城關鎮36537人，新營子鎮14954人，五申鎮13946人，中灘鄉16798人，南坪鄉18513人，燕山營鄉15379人，黑城鄉14031人，伍什家鄉14176人，永圣域鄉9455人，古城鄉13877人，乃只蓋鄉17916人。

2001年，撤銷南坪鄉，并入雙河鎮；撤銷黑城鄉，并入新營子鎮。調整后，托克托縣轄3個鎮、6個鄉：雙河鎮、新營子鎮、五申鎮、中灘鄉、燕山營鄉、伍什家鄉、永圣域鄉、古城鄉、乃只蓋鄉。共有13個居委會、120個行政村。全縣面積1416.8平方千米，總人口19.1萬人。

2006年，撤銷中灘鄉，將其原管轄的行政區域整建制并入雙河鎮；撤銷燕山營鄉，將其原管轄的行政區域整建制并入新營子鎮；撤銷乃只蓋鄉，將其原管轄的行政區域整建制并入五申鎮；撤銷古城鄉、永圣域鄉，將2鄉原管轄的行政區域整建制合并設立古城鎮；撤銷伍什家鄉，改設伍什家鎮。調整后，全縣轄5個鎮：雙河鎮、新營子鎮、五申鎮、伍什家鎮、古城鎮。共有13個居委會、120個行政村。全縣總面積1416.8平方千米，總人口19.6萬人。