1988年1月7日，國務院批準撤銷清遠縣，設立清遠市（地級），原清遠縣分為清城、清郊兩個市轄區（1992年清郊區改為清新縣）。

2000年第五次全國人口普查，清城區總人口506680人，其中（5個街道、7個鎮）：南門街道19096人、上廓街道24663人、下廓街道28756人、松崗街道56338人、小市街道47232人、附城鎮40275人、洲心鎮36705人、橫荷鎮48307人、源潭鎮62953人、高橋鎮14942人、龍塘鎮51577人、石角鎮61425人、扶貧經濟開發區3575人、銀盞林場2675人、畜牧水產示范場8161人。

2002年，清城區轄小市、南門、上廓、下廓、松崗、連江、城北等8個街道和附城、高橋、源潭、洲心、橫荷、龍塘、石角7個鎮，107個村委會、56個居委會。

2003年6月，清城區將小市、松崗、南門、上廓、下廓5個街道（一說8個街道）和附城、橫荷、洲心、龍塘、石角、源潭、高橋7個鎮撤并為鳳城、東城、洲心、橫荷4個街道和源潭、龍塘、石角3個鎮，并于6月28日舉行掛牌儀式：撤銷上廓、下廓、南門和松崗街道，設立鳳城街道；撤銷附城鎮，設立東城街道；撤銷洲心鎮、小市街道，設立洲心街道；撤銷橫荷鎮，設立橫荷街道。同時撤并了16個村委會。（尚不清楚高橋鎮的變更）

2009年，廣東省民政廳《關于同意清新縣飛來峽鎮劃歸清遠市清城區管轄的批復》(粵民區[2009]5號)，將清新縣飛來峽鎮劃歸清城區管轄。2009年末，清城區面積1334.18平方千米，轄4個街道、4個鎮，76個社區、71個行政村。區政府駐東城街道東城新區行政文化中心。