楚置苦縣，縣境西部另有鳴鹿城。鳴鹿城傳說即是因麇鹿眾多，以常有鹿鳴為名的。北朝省“鳴”宇，為鹿城。以后各代先后稱過賴陵縣、父陽縣、武平縣、鹿邑縣、真源縣、仙源縣、衛(wèi)真縣。

隋開皇十八年（598年)在“故鹿城地”置鹿邑縣。元代鹿邑、衛(wèi)真兩縣合并為鹿邑縣。1965年由商丘地區(qū)劃歸周口地區(qū)。

1996年?，鹿邑縣面積1245.5平方千米，人口107.2萬人。轄9個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、馬鋪鎮(zhèn)、試量鎮(zhèn)、辛集鎮(zhèn)、太清宮鎮(zhèn)、王皮溜鎮(zhèn)、玄武鎮(zhèn)、渦北鎮(zhèn)、棗集鎮(zhèn)、城郊鄉(xiāng)、生鐵冢鄉(xiāng)、邱集鄉(xiāng)、鄭家集鄉(xiāng)、觀堂鄉(xiāng)、高集鄉(xiāng)、穆店鄉(xiāng)、唐集鄉(xiāng)、張店鄉(xiāng)、賈灘鄉(xiāng)、趙村鄉(xiāng)、楊湖口鄉(xiāng)、任集鄉(xiāng)。縣政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，鹿邑縣總?cè)丝?068984人，其中：城關(guān)鎮(zhèn)25336人、玄武鎮(zhèn)55744人、棗集鎮(zhèn)46593人、太清官鎮(zhèn)38750人、王皮溜鎮(zhèn)56435人、試量鎮(zhèn)56572人、辛集鎮(zhèn)50672人、馬鋪鎮(zhèn)47919人、渦北鎮(zhèn)33323人、城郊鄉(xiāng)84335人、鄭家集鄉(xiāng)26204人、觀堂鄉(xiāng)46843人、生鐵冢鄉(xiāng)45490人、張店鄉(xiāng)50198人、趙村鄉(xiāng)53639人、任集鄉(xiāng)57482人、唐集鄉(xiāng)34347人、高集鄉(xiāng)43265人、邱集鄉(xiāng)38497人、穆店鄉(xiāng)49594人、楊湖口鄉(xiāng)65726人、賈灘鄉(xiāng)62020人。

2005年11月16日，將鹿邑縣辛集鎮(zhèn)孔集村和唐集鄉(xiāng)張老一村正式歸屬淮陽縣四通鎮(zhèn)所管轄。調(diào)整后，鹿邑縣轄9個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、棗集鎮(zhèn)、玄武鎮(zhèn)、試量鎮(zhèn)、辛集鎮(zhèn)、馬鋪鎮(zhèn)、王皮溜鎮(zhèn)、太清宮鎮(zhèn)、渦北鎮(zhèn)、高集鄉(xiāng)、穆店鄉(xiāng)、賈灘鄉(xiāng)、邱集鄉(xiāng)、觀堂鄉(xiāng)、任集鄉(xiāng)、楊湖口鄉(xiāng)、唐集鄉(xiāng)、趙村鄉(xiāng)、鄭家集鄉(xiāng)、生鐵冢鄉(xiāng)、張店鄉(xiāng)、城郊鄉(xiāng)。

2009年，經(jīng)省政府批準，鹿邑縣撤銷城關(guān)鎮(zhèn)、城郊鄉(xiāng)，設(shè)立衛(wèi)真、谷陽、鳴鹿、真源4個街道辦事處。調(diào)整后，全縣轄4個街道、8個鎮(zhèn)、12個鄉(xiāng)。

2009年，楊湖口鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)（豫民行批[2009]3號）（2月19日周政[2009]3號）；棗集鎮(zhèn)更名為宋河鎮(zhèn)（豫民行批[2009]4號）（2月19日周政[2009]4號）；賈灘鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)（豫民行批[2009]10號）（2月19日周政[2009]2號）。2010年11月，經(jīng)河南省政府批準，觀堂鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。2011年，生鐵冢鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)（豫民行批[2011]11號）（4月19日周政[2011]24號）。

全縣現(xiàn)轄4個街道、13個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：真源街道、谷陽街道、衛(wèi)真街道、鳴鹿街道、渦北鎮(zhèn)、玄武鎮(zhèn)、宋河鎮(zhèn)、太清宮鎮(zhèn)、王皮溜鎮(zhèn)、試量鎮(zhèn)、辛集鎮(zhèn)、馬鋪鎮(zhèn)、賈灘鎮(zhèn)、楊湖口鎮(zhèn)、張店鎮(zhèn)、觀堂鎮(zhèn)、生鐵冢鎮(zhèn)、鄭家集鄉(xiāng)、趙村鄉(xiāng)、任集鄉(xiāng)、唐集鄉(xiāng)、高集鄉(xiāng)、邱集鄉(xiāng)、穆店鄉(xiāng)。縣政府駐真源街道。