準格爾為蒙語，漢意為“左翼”。明為榆林左衛地，1649年建鄂爾多斯左翼前旗，清末改準格爾旗。

1950年1月17日，準格爾旗隸屬綏遠省伊克昭自治區。1950年4月17日，末代札薩克奇福海向準格爾旗自治政務委員會交印，旗政實現統一。1950年8月，準格爾旗人民政府成立，駐沙圪堵鎮，達慶改為區，達爾古改建鄉、鎮。1950年6月1日，山西省河曲縣第四區劃為伊克昭自治區直屬“十里長灘區”，9月劃為準格爾旗第十三區，全旗轄13個區、83個鄉、鎮。

1950年11月6日，中共準格爾旗委員會成立。1954年6月19日，隸屬內蒙古自治區伊克昭盟。1954年5月31日，黃河北岸2個區14個鄉劃歸平地泉行政區薩拉齊縣。1955年9月，準格爾旗人民政府改稱準格爾旗人民委員會，全旗轄12個區、63個鄉、鎮。1956年撤并為9個區，38個鄉、鎮。1958年11月，撤銷區，鄉、鎮建制，全旗組建8個公社，下設31個管理區、132個生產隊。

1961年4月，公社調整為25個，管理區改建為254個生產大隊，下設1686個生產小隊。1968年4月13日成立準格爾旗革命委員會。1969年12月19日至1972年6月25日，北京軍區對內蒙古自治區實行分區全面軍管，準格爾旗實行軍事管制。1971年4月，恢復中共準格爾旗委員會。1981年1月，準格爾旗革命委員會改稱準格爾旗人民政府。1983年，公社改為鄉、鎮，生產大隊改稱村，生產小隊改稱農業生產合作社。

1996年?，準格爾旗面積7535平方千米，人口25.3萬人，其中蒙古族占8%。轄3鎮25鄉：沙圪堵鎮、榆樹灣鎮、薛家灣鎮、馬柵鄉、魏家峁鄉、長灘鄉、哈岱高勒鄉、海子塔鄉、巴潤哈岱鄉、窯溝鄉、準混兌鄉、大路鄉、十二連城鄉、蓿亥圖鄉、布爾陶亥鄉、德勝西鄉、納林鄉、暖水鄉、烏蘭哈達鄉、四道柳鄉、準格爾召鄉、羊市塔鄉、烏日圖高勒鄉、大路峁鄉、敖斯潤陶亥鄉、布爾墩高勒鄉、西營子鄉、沙圪堵鄉。旗政府駐沙圪堵鎮。

1998年，全旗轄23個鄉、4個鎮，256個村、22個居委會，1660個農業生產合作社。1999年8月，準格爾旗人民政府由沙圪堵鎮移駐薛家灣鎮。1999年10月，設立自治區級開發區準格爾旗沙圪堵經濟技術開發區。

2000年第五次人口普查，準格爾旗總人口271298人，其中：薛家灣鎮57251人，沙圪堵鎮20307人，馬柵鎮21920人，東孔兌鎮11028人，魏家峁鎮10991人，納林鎮10579人，神山鎮5383人，長灘鄉6835人，海子塔鄉7182人，巴潤哈岱鄉3265人，哈岱高勒鄉14985人，窯溝鄉10466人，大路鄉6936人，十二連城鄉6242人，蓿亥圖鄉13065人，布爾陶亥鄉7854人，德勝西鄉4334人，暖水鄉5758人，四道柳鄉2447人，準格爾召鄉4278人，羊市塔鄉7219人，烏日圖高勒鄉6366人，大路峁鄉3889人，敖斯潤陶亥鄉3513人，布爾敦高勒鄉3693人，西營子鄉4351人，沙圪堵鄉11161人。

2000年，準格爾旗轄7個鎮、20個鄉。2001年9月28日，撤伊克昭盟，設鄂爾多斯市，準格爾旗隸屬內蒙古自治區鄂爾多斯市。2001年10月，鄉鎮撤并情況（本站整理，還需核對）：撤銷沙圪堵鄉，并入沙圪堵鎮；撤銷海子塔鄉、巴潤哈岱鄉，設立海子塔鎮；撤銷暖水鄉、德勝西鄉，設立暖水鎮；撤銷烏日圖高勒鄉、大路峁鄉，設立川掌鎮；撤銷西營子鄉、布爾敦高勒鄉，設立西營子鎮；撤銷羊市塔鄉，設立羊市塔鎮；撤銷敖斯潤陶亥鄉，五字灣、石塔子、三道敖包、二道敖包、石板梁5村并入沙圪堵鎮，石同梁、常青、二長渠、大沙日溝、老荒地、小沙日溝6村并入羊市塔鎮；撤銷四道柳鄉，張家圪臺、哈沙圖、呼吉日圖等村并入神山鎮，二道柳、五圪圖等村并入川掌鎮。調整后，全旗轄12個鎮、8個鄉：薛家灣鎮、沙圪堵鎮、馬柵鎮、東孔兌鎮、魏家峁鎮、納林鎮、神山鎮、海子塔鎮、暖水鎮、川掌鎮、西營子鎮、羊市塔鎮、長灘鄉、哈岱高勒鄉、窯溝鄉、大路鄉、十二連城鄉、蓿亥圖鄉、布爾陶亥鄉、準格爾召鄉。

2001年末，全旗總人口270491人，其中非農業人口70010人。總面積7535平方千米。轄20個鄉鎮，256個行政村、27個居委會。

2002年末，全旗總人口271719人，其中非農業人口72151人。總面積7535平方千米。轄20個鄉鎮，256個行政村、26個居委會。其中：沙鎮32001人（其中非農業人口17755人，下同）、薛鎮43170人（41445人）、馬柵鎮26107人（4415人）、東孔兌鎮10570人（630人）、魏家峁鎮10702人（252人）、納林鎮12529人（881人）、神山鎮5686人（756人）、川掌鎮10448人（359人）、海子塔鎮11341人（460人）、暖水鎮11735人（387人）、長灘鄉7779人（274人）、哈岱高勒鄉13548人（602人）、窯溝鄉10998人（1594人）、大路鄉8577人（125人）、十二連城鄉7410人（461人）、宿亥圖鄉14945人（370人）、布爾陶亥鄉8974人（402人）、西召鄉4626人（267人）、西營子鎮10468人（406人）、羊市塔鎮10105人（310人）。（數據來源《準格爾旗年鑒2002》）

2004年，全旗總人口269460人，人口密度為36.1人/平方千米；其中，少數民族總人口數24562人。（《鄂爾多斯市年鑒2005》）

2005年，準格爾旗行政區劃調整情況：原薛家灣鎮、海子塔鎮、哈岱高勒鄉、窯溝鄉、長灘鄉一部分合并為新的薛家灣鎮，鎮政府駐原薛家灣鎮區；原大路鄉、東孔兌鎮合并為大路鎮，鎮政府計劃駐大路新區；原蓿亥樹灣鄉、十二連城鄉合并為柴達木鎮，鎮政府駐原十二連城鄉；原馬柵鎮、魏家峁鎮及長灘鄉部分區域合并為龍口鎮，鎮政府駐原馬柵鎮區；原神山鎮與準格爾召鄉合并為準格爾召鎮，鎮政府駐原神山鎮區；原沙圪堵鎮、納林鎮、長灘鄉部分區域合并為新的沙圪堵鎮，鎮政府駐原沙圪堵鎮區；原川掌鎮與羊市塔鎮合并，設立納日松鎮，鎮政府駐原川掌鎮區；原西營子鎮與暖水鎮合并為新的暖水鎮，鎮政府駐原暖水鎮區；撤銷布爾陶亥鄉，改設布爾陶亥蘇木；沙圪堵經濟技術開發區（自治區級）不變，仍為旗直管；大路新區為旗直管，納入大薛家灣鎮城市規劃范圍（注：計劃將旗行政中心搬遷到現在的大路新區）。調整后，準格爾旗轄8個鎮、1個蘇木、1個新區及1個自治區級經濟技術開發區：薛家灣鎮、大路鎮、柴達木鎮、龍口鎮、準格爾召鎮、沙圪堵鎮、納日松鎮、暖水鎮、布爾陶亥蘇木；大路新區及沙圪堵經濟技術開發區。【實際情況：8月（一說9月），將12個鎮、8個鄉調整為6個鎮、2個鄉、1個蘇木】

2005年末，全旗總面積7535平方千米。總人口271623人，其中城鎮人口74320人，農牧業人口197303人，流動人口48373人。人口密度為每平方千米36人。轄6個鎮、2個鄉、1個蘇木，21個社區、185個行政村、3個嘎查，1490個村民小組。

2006年1月，沙圪堵經濟技術開發區更名為內蒙古準格爾經濟開發區。2006年12月，設準格爾旗大路新區。2006年末，全旗總面積7692平方千米。總人口277949人（不包括流動人口），其中城鎮人口74567人，農牧業人口203382人，流動人口18051人，每平方千米人口密度36.87。轄6個鎮、2個鄉、1個蘇木，21個社區、185個行政村、3個嘎查，1490個村民小組。

2008年1月，大路新區更名為鄂爾多斯大路煤化工基地。2009年末，全旗總面積7692平方千米。總人口37.36萬人，其中戶籍人口29.13萬人。轄1個新區：鄂爾多斯大路煤化工基地，9個蘇木（鄉、鎮）：薛家灣鎮、大路鎮、龍口鎮、準格爾召鎮、沙圪堵鎮、納日松鎮、十二連城鄉、暖水鄉、布爾陶亥蘇木。

2010年11月，設立4個街道。調整后，全旗轄4個街道、6個鎮、2個鄉、1個蘇木，以及1個自治區級開發區、1個市級煤化工基地。2011年，共有3個嘎查、156個村、20個社區。2012年，共有3個嘎查、156個村、23個社區。