梁置蘭水縣，隋開皇十二年（592）并入龍溪縣。元至治元年（1321）析龍溪、漳浦、龍巖縣地設南勝縣，治所在今平和南勝，后遷縣治于今平和舊縣，至正十六年（1356）近縣治于蘭陵（今靖城），更名南靖。歷屬漳州路、漳州府、汀漳道。1938年遷縣治于今所。1949年9月17日解放，屬龍溪專區（地區）、漳州市。

1949年10月，全縣劃分為6個區。1950年11月，劃出第一區船南鄉建立第七區；全縣共設7個區，下轄1鎮118鄉。1952年7月，劃出第四區和溪鄉、第五區奎洋鄉設立第八區。1954年11月，劃出第一區豐田鄉創辦地方國營南靖寶林農場。1955年9月5日，各區名稱改用駐地名稱，并將原第三區、第四區合并組建龍山區；全縣共設山城、靖城、龍山、長教、船場、和溪、程溪7個區及1個寶林農場；7個區共轄126鄉2鎮（山城鎮、靖城鎮）；同時另設5個水上鄉（翠眉、橋頭、靖和、金龍、永寶）。

1956年5月15日，撤銷靖城、和溪2個區，保留山城、龍山、長教、船場、程溪5個區。1957年2月19日，因劃出程溪區8個鄉歸龍溪縣管轄，全縣共設置4個區、1個場，下轄1鎮53鄉。1958年2月，全縣撤區并鄉，設山城鎮和六安、三卞、湯坑、葛山、豐田、靖城、古湖、古棠、寶斗、龍山、南坑、高德、金山、馬公、和溪、永溪、奎洋、長教、梅林、曲江、書洋、世祿、龍坑、梧宅24個鄉，以及國營寶林農場。

1958年9月，全縣撤銷鄉（鎮），設立上游、靖城、棠溪、燈塔、超美、紅旗、衛星、躍進、東方紅、乘東風、超英11個公社、84個耕作管理區。1959年11月，公社名稱改用駐地名稱；撤銷棠溪公社，其轄區分別歸入山城、龍山2個公社。1963年3月，劃出山城公社城關生產大隊，恢復山城鎮建制；年底，全縣共轄1個鎮、10個公社、1個國營農場。1969年，撤銷山城鎮建制，改為居民大隊，歸山城公社管轄。

1976年，對部分公社所轄生產大隊適當調整合并，全縣共設10個公社、1個國營農場，下轄168個生產大隊、5個作業區。1980年9月，重新建立城關鎮；全縣共設10個公社、1個鎮、1個場，下轄169個生產大隊、3個居民委員會、5個作業區。1984年，實行政社分開，公社改為鄉（鎮），生產大隊改為村；11月4日，靖城鎮增設蘭陵居委會；年底，全縣共設2個鎮、9個鄉、1個場，下轄5個居委會、169個村、5個作業區。1985年10月3日，奎洋鄉增建嶺頭、光祠2個村。1986年9月18日，龍山鄉增建金杉村。

1987年4月16日，撤銷山城鄉，并入山城鎮。1988年12月29日，龍山、船場2鄉改為鎮。1990年，南靖縣共設山城、靖城、龍山、船場4鎮和金山、和溪、奎洋、梅林、書洋、南坑6鄉，共轄9個居委會、172個村。1998年，南靖縣面積1988平方千米，總人口33.84萬人，其中非農業人口4.79萬人，轄8個鎮、2個鄉、1個高科技工業園區、1個華僑農場，15個居委會、176個村委會。

1999年，省政府批復同意豐田農場改制，設立豐田鎮，轄豐華、東華、僑東3個居委會和豐田、鳳安、東方、保林、紅星3個村委會，鎮政府駐橫山。2000年，撤銷書洋鄉，設立書洋鎮；撤銷梅林鄉，設立梅林鎮；調整后，南靖縣轄11個鎮。

2000年第五次人口普查，南靖縣常住總人口342165人，其中：山城鎮84034人、豐田鎮8910人、靖城鎮66358人、龍山鎮36996人、金山鎮35960人、和溪鎮22924人、奎洋鎮13924人、梅林鎮12876人、書洋鎮21654人、船場鎮24504人、南坑鎮14025人。

2003年末，南靖縣戶籍人口34.16萬人，其中非農業人口9.16萬人。轄11個鎮：山城鎮、靖城鎮、龍山鎮、船場鎮、金山鎮、和溪鎮、奎洋鎮、南坑鎮、豐田鎮、梅林鎮、書洋鎮。

2010年第六次人口普查，南靖縣常住總人口333969人，其中：山城鎮93266人，豐田鎮10301人，靖城鎮65481人，龍山鎮37820人，金山鎮37978人，和溪鎮19438人，奎洋鎮10176人，梅林鎮9584人，書洋鎮18267人，船場鎮21297人，南坑鎮10361人。