秦置下邳縣。元改邳州。1912年改為邳縣。1992年撤縣設(shè)市（縣級），由徐州市代管。
1996年，邳州市面積2075平方千米，人口約149.6萬人。轄15鎮(zhèn)21鄉(xiāng)：運河鎮(zhèn)、四戶鎮(zhèn)、鄒莊鎮(zhèn)、鐵富鎮(zhèn)、港上鎮(zhèn)、邳城鎮(zhèn)、官湖鎮(zhèn)、合溝鎮(zhèn)、宿羊山鎮(zhèn)、碾莊鎮(zhèn)、八義集鎮(zhèn)、土山鎮(zhèn)、八路鎮(zhèn)、新河鎮(zhèn)、占城鎮(zhèn)、邢樓鄉(xiāng)、岔河鄉(xiāng)、連防鄉(xiāng)、燕子埠鄉(xiāng)、戴莊鄉(xiāng)、車輻山鄉(xiāng)、泇口鄉(xiāng)、白埠鄉(xiāng)、紅旗鄉(xiāng)、灘上鄉(xiāng)、陳樓鄉(xiāng)、徐樓鄉(xiāng)、徐塘鄉(xiāng)、岱山鄉(xiāng)、趙墩鄉(xiāng)、議堂鄉(xiāng)、張樓鄉(xiāng)、新集鄉(xiāng)、薛集鄉(xiāng)、新橋鄉(xiāng)、陸井鄉(xiāng)，以及棉花原種場、稻麥原種場、陳樓果園、占城果園4個國營園場。市政府駐運河鎮(zhèn)。
1998年，將新沂市的炮車鎮(zhèn)劃歸邳州市管轄，將邳州市的合溝鎮(zhèn)劃歸新沂市管轄。
2000年4月1日，徐州市人民政府批準(zhǔn)調(diào)整邳州市鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃：（1）撤銷白龍埠鎮(zhèn)，將其原轄區(qū)域和邳城棉花原種場并入官湖鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐新華二村。區(qū)劃調(diào)整后宮湖鎮(zhèn)行政區(qū)域82平方千米，人口9.6萬，轄46個村委會、1個場圃。（2）撤銷連防鄉(xiāng)，將其原轄區(qū)域并入鐵富鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐鐵富村。區(qū)劃調(diào)整后鐵富鎮(zhèn)行政區(qū)域127.9平方千米，人口10.2萬，轄39個村委會。（3）撤銷泇口鄉(xiāng)，將其原轄區(qū)域并入邳城鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐邳城村。區(qū)劃調(diào)整后邳城鎮(zhèn)行政區(qū)域91.1平方千米，人口7.8萬，轄35個村委會。（4）撤銷徐樓鄉(xiāng)，將其原轄區(qū)域并入宿羊山鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐宿羊山村。區(qū)劃調(diào)整后宿羊山鎮(zhèn)行政區(qū)域91平方千米，人口6.8萬，轄35個村委會。（5）撤銷灘上鄉(xiāng)、趙墩鄉(xiāng)，將這兩個鄉(xiāng)的原轄區(qū)域合并，設(shè)立趙墩鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐趙墩村。區(qū)劃調(diào)整后趙墩鎮(zhèn)行政區(qū)域119.5平方千米，人口8.4萬，轄38個村委會。（6）撤銷徐塘鄉(xiāng)、張樓鄉(xiāng)，將這兩個鄉(xiāng)的原轄區(qū)域和張樓農(nóng)場并入運河鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐李口村。區(qū)劃調(diào)整后運河鎮(zhèn)行政區(qū)域98.8平方千米，人口20萬，轄11個居委會、37個村委會、1個場圃。（7）撤銷岱山鄉(xiāng)，將其原轄區(qū)域并入碾莊鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐碾莊村。區(qū)劃調(diào)整后碾莊鎮(zhèn)行政區(qū)域121.8平方千米，人口8.1萬，轄1個居委會、35個村委會。（8）撤銷新橋鄉(xiāng)，將其原轄區(qū)域和八義集蠶種場并入八義集鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐街東村。區(qū)劃調(diào)整后八義集鎮(zhèn)行政區(qū)域123.4平方千米，人口7.9萬，轄32個村委會、1個場圃。（9）撤銷陸井鄉(xiāng)，將其原轄區(qū)域和占城果園并入占城鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐占城村。區(qū)劃調(diào)整后占城鎮(zhèn)行政區(qū)域80平方千米，人口4.8萬，轄29村委會、1個果園。（10）撤銷新集鄉(xiāng)，將其原轄區(qū)域并入新河鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐新河村。區(qū)劃調(diào)整后新河鎮(zhèn)行政區(qū)域118平方千米，人口5.9萬，轄31個村委會。（11）將陳樓果園并入陳樓鎮(zhèn)，實行鎮(zhèn)管村體制，鎮(zhèn)政府駐陳樓村。區(qū)劃調(diào)整后陳樓鎮(zhèn)行政區(qū)域60平方千米，人口6.1萬，轄20個村委會、1個果園。（12）保留港上鎮(zhèn)、四戶鎮(zhèn)、鄒莊鎮(zhèn)、岔河鎮(zhèn)、土山鎮(zhèn)、八路鎮(zhèn)、議堂鎮(zhèn)、炮車鎮(zhèn)、邢樓鄉(xiāng)、戴莊鄉(xiāng)、紅旗鄉(xiāng)、車輻山鄉(xiāng)、燕子埠鄉(xiāng)，其行政區(qū)域和鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府駐地不變。區(qū)劃調(diào)整后，全市轄19個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：運河鎮(zhèn)、邳城鎮(zhèn)、官湖鎮(zhèn)、鐵富鎮(zhèn)、宿羊山鎮(zhèn)、趙墩鎮(zhèn)、碾莊鎮(zhèn)、八義集鎮(zhèn)、占城鎮(zhèn)、新河鎮(zhèn)、陳樓鎮(zhèn)、港上鎮(zhèn)、四戶鎮(zhèn)、鄒莊鎮(zhèn)、岔河鎮(zhèn)、土山鎮(zhèn)、八路鎮(zhèn)、議堂鎮(zhèn)、炮車鎮(zhèn)、邢樓鄉(xiāng)、戴莊鄉(xiāng)、紅旗鄉(xiāng)、車輻山鄉(xiāng)、燕子埠鄉(xiāng)。（邢樓鄉(xiāng)、戴莊鄉(xiāng)、紅旗鄉(xiāng)、車輻山鄉(xiāng)、燕子埠鄉(xiāng)5個鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)時間不詳）
2000年第五次人口普查，邳州市總?cè)丝?539922人，其中：運河鎮(zhèn)193390人，四戶鎮(zhèn)45989人，邳城鎮(zhèn)70250人，官湖鎮(zhèn)100692人，土山鎮(zhèn)51280人，八義集鎮(zhèn)78122人，宿羊山鎮(zhèn)71347人，港上鎮(zhèn)56058人，鄒莊鎮(zhèn)51207人，碾莊鎮(zhèn)80164人，占城鎮(zhèn)42811人，八路鎮(zhèn)45133人，新河鎮(zhèn)54285人，炮車鎮(zhèn)63537人，鐵富鎮(zhèn)101167人，陳樓鎮(zhèn)51891人，岔河鎮(zhèn)40481人，趙墩鎮(zhèn)81585人，議堂鎮(zhèn)36694人，戴圩鎮(zhèn)49984人，邢樓鎮(zhèn)47134人，戴莊鎮(zhèn)44374人，燕子埠鎮(zhèn)31074人，車輻山鎮(zhèn)51273人。
（2004年4月底，為提升新城區(qū)人氣、加快經(jīng)濟社會發(fā)展，市委市政府決定從原來的辦公大院遷出，到新區(qū)暫時借房辦公。）
2009年末，邳州市總面積2088平方千米、總?cè)丝?4.87萬戶、171.93萬人，其中：運河鎮(zhèn)面積108.06平方千米、人口259704人，邳城鎮(zhèn)面積90.28平方千米、人口72627人，官湖鎮(zhèn)面積88.8平方千米、人口99925人，四戶鎮(zhèn)面積81平方千米、人口51080人，宿羊山鎮(zhèn)面積90.13平方千米、人口74930人，八義集鎮(zhèn)面積91.12平方千米、人口79961人，土山鎮(zhèn)面積63.8平方千米、人口53975人，碾莊鎮(zhèn)面積121平方千米、人口86253人，港上鎮(zhèn)面積64平方千米、人口57956人，鄒莊鎮(zhèn)面積73.66平方千米、人口56283人，占城鎮(zhèn)面積89平方千米、人口41904人，新河鎮(zhèn)面積97.97平方千米、人口56764人，八路鎮(zhèn)面積67.3平方千米、人口44131人，炮車鎮(zhèn)面積66.95平方千米、人口65133人，鐵富鎮(zhèn)面積124.44平方千米、人口108316人，岔河鎮(zhèn)面積70.30平方千米、人口41260人，戴圩鎮(zhèn)面積61.5平方千米、人口48195人，陳樓鎮(zhèn)面積53.47平方千米、人口50889人，邢樓鎮(zhèn)面積96.5平方千米、人口47100人，戴莊鎮(zhèn)面積73.73平方千米、人口46989人，車輻山鎮(zhèn)面積95平方千米、人口47095人，燕子埠鎮(zhèn)面積77平方千米、人口35106人，趙墩鎮(zhèn)面積120平方千米、人口84100人，議堂鎮(zhèn)面積57.6平方千米、人口32925人。
2010年第六次人口普查，邳州市常住總?cè)丝?458038人，其中：運河鎮(zhèn)241393人，邳城鎮(zhèn)64585人，官湖鎮(zhèn)97705人，四戶鎮(zhèn)40430人，宿羊山鎮(zhèn)65333人，八義集鎮(zhèn)65830人，土山鎮(zhèn)42853人，碾莊鎮(zhèn)80617人，港上鎮(zhèn)51114人，鄒莊鎮(zhèn)45461人，占城鎮(zhèn)38164人，新河鎮(zhèn)48712人，八路鎮(zhèn)38894人，炮車鎮(zhèn)56083人，鐵富鎮(zhèn)87689人，岔河鎮(zhèn)30094人，戴圩鎮(zhèn)44488人，陳樓鎮(zhèn)48327人，邢樓鎮(zhèn)49653人，戴莊鎮(zhèn)42410人，車輻山鎮(zhèn)45844人，燕子埠鎮(zhèn)25714人，趙墩鎮(zhèn)76691人，議堂鎮(zhèn)28002人，邳城農(nóng)場458人，張樓農(nóng)場37人，江蘇邳州經(jīng)濟開發(fā)區(qū)1457人。
2013年8月6日，省政府（蘇政復(fù)[2013]77號）批復(fù)：一、撤銷運河鎮(zhèn)，以原運河鎮(zhèn)的向陽、城關(guān)、光明、躍進、城北、城西、李口、鎮(zhèn)東、索家、莊場、青年西路、三連莊、新三河、張村、河灣15個居委會區(qū)域和張樓、葛程、紅旗、薛口、廟山、新興、徐口、后馬莊、大新莊、新張莊、新莊圩、朝陽12個村委會區(qū)域設(shè)立運河街道辦事處，街道辦事處駐青年東路138號。二、撤銷炮車鎮(zhèn)，以原炮車鎮(zhèn)的蔣莊、墩集、桃園3個居委會區(qū)域和龍池、張圈、四王、果園、陸營、圩北、宋圩、堰洼、范莊、天齊、紅衛(wèi)、劉口12個村委會區(qū)域設(shè)立炮車街道辦事處，街道辦事處駐蔣莊新街50號。三、撤銷戴圩鎮(zhèn)，將原戴圩鎮(zhèn)行政區(qū)域與原運河鎮(zhèn)的徐塘、吳閘、馬場、五楊、八楊5個居委會區(qū)域及邵場村委會區(qū)域合并，設(shè)立戴圩街道辦事處，街道辦事處駐府前街1號。四、將原運河鎮(zhèn)的二廟、壩頭2個居委會區(qū)域，原炮車鎮(zhèn)的前沙溝、趙壩2個居委會及后沙溝村委會區(qū)域，陳樓鎮(zhèn)的左東、左西2個村委會區(qū)域合并，設(shè)立東湖街道辦事處，街道辦事處駐長江路168號。行政區(qū)劃調(diào)整后，運河街道辦事處行政區(qū)域面積78.31平方公里，人口24.6萬人，管理15個居委會、12個村委會；炮車街道辦事處行政區(qū)域面積53.05平方公里，人口5.15萬人，管理3個居委會、12個村委會；戴圩街道辦事處行政區(qū)域面積80.08平方公里，人口8.12萬人，管理6個居委會、19個村委會；東湖街道辦事處行政區(qū)域面積26.49平方公里，人口5.54萬人，管理4個居委會、3個村委會；陳樓鎮(zhèn)行政區(qū)域面積40平方公里，人口4.2萬人，轄11個村委會。