古稱州來，又謂下蔡。清雍正十一年（1733）分壽州置鳳臺縣，治壽州城內(nèi)。據(jù)《風臺縣志》：“以縣北之鳳凰山，名縣曰風臺。”據(jù)《清一統(tǒng)志》：“縣有鳳凰臺，相傳曾有鳳凰至，因名鳳臺。”同治二年（1863年）冬移縣治于下蔡（今城關(guān)鎮(zhèn)），下蔡遂改名為鳳臺，屬鳳陽府。
　　民國初，廢州府，本縣直隸安徽省，民國三年（1914年）6月屬淮泗道（道尹駐鳳陽）。民國十七年8月，廢道，直隸安徽省。民國二十一年10月，屬第四行政督察區(qū)。民國二十七年屬第七行政督察區(qū)。抗日戰(zhàn)爭勝利后屬淮南專員公署。1949年1月12日，鳳臺縣解放，屬阜陽專區(qū)。1977年1月20日交由淮南市領(lǐng)導。

　　1996年，鳳臺縣面積1088平方千米，人口63.3萬，轄6鎮(zhèn)12鄉(xiāng)，縣政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。
　　1997年，設(shè)立古店鄉(xiāng)，將顧橋鄉(xiāng)的古店、南芹、北芹、王大、友誼、北王集、米集、童圩、童集、前劉、新河、東林、西林13個村劃歸古店鄉(xiāng)管轄，鄉(xiāng)政府駐古店；設(shè)立關(guān)店鄉(xiāng)，將丁集鄉(xiāng)的關(guān)店、向橋、蔡莊、幸福、常樓、陳廟、前老、大程、趙埔、周莊、瓦房、竹園、辛圩13個村劃歸關(guān)店鄉(xiāng)管轄，鄉(xiāng)政府駐關(guān)店。調(diào)整后，鳳臺縣轄城關(guān)鎮(zhèn)、大山鎮(zhèn)、毛集鎮(zhèn)、新集鎮(zhèn)、岳張集鎮(zhèn)、朱馬店鎮(zhèn)、劉集鄉(xiāng)、楊村鄉(xiāng)、桂集鄉(xiāng)、尚塘鄉(xiāng)、集崗鄉(xiāng)、李沖回族鄉(xiāng)、顧橋鄉(xiāng)、關(guān)店鄉(xiāng)、古店鄉(xiāng)、丁集鄉(xiāng)、大興集鄉(xiāng)、夏集鄉(xiāng)、錢廟鄉(xiāng)，共6個鎮(zhèn)、14個鄉(xiāng)。（13個居委會、279個村委會）
　　2000年第五次人口普查，全縣總?cè)丝?83421人，其中：城關(guān)鎮(zhèn)48149人，大山鎮(zhèn)18147人，新集鎮(zhèn)56226人，朱馬店鎮(zhèn)37952人，岳張集鎮(zhèn)43128人，毛集鎮(zhèn)50034人，城北鄉(xiāng)38531人，李沖回族鄉(xiāng)16480人，劉集鄉(xiāng)38309人，桂集鄉(xiāng)38083人，顧橋鄉(xiāng)25863人，古店鄉(xiāng)27053人，錢廟鄉(xiāng)34178人，楊村鄉(xiāng)30041人，尚塘鄉(xiāng)37071人，丁集鄉(xiāng)28104人，關(guān)店鄉(xiāng)22482人，大興集鄉(xiāng)27862人，夏集鄉(xiāng)27455人，焦崗鄉(xiāng)38273。
　　2002年，面積1100平方千米，人口69.25萬人，轄7個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)，16個居委會、277個行政村。2003年，面積1100平方千米，人口69.83萬人，轄7個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)，16個居委會、277個行政村。
　　2004年底，鳳臺縣面積1095.62平方千米，人口71.07萬人，轄7個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、大山鎮(zhèn)、新集鎮(zhèn)、岳張集鎮(zhèn)、朱馬店鎮(zhèn)、顧橋鎮(zhèn)、毛集鎮(zhèn)、劉集鄉(xiāng)、楊村鄉(xiāng)、桂集鄉(xiāng)、尚塘鄉(xiāng)、李沖回族鄉(xiāng)、城北鄉(xiāng)、關(guān)店鄉(xiāng)、古店鄉(xiāng)、丁集鄉(xiāng)、大興集鄉(xiāng)、錢廟鄉(xiāng)、焦崗鄉(xiāng)、夏集鄉(xiāng)。共有15個社區(qū)、274個行政村。
　　2005年，面積1095.62平方千米，人口72.12萬人，轄7個鎮(zhèn)、13個鄉(xiāng)，15個社區(qū)、272個村委會。2006年，面積894平方千米，人口59.98萬人。轄6個鎮(zhèn)、11個鄉(xiāng)，10個社區(qū)、232個行政村（均不含毛集、夏集、焦崗三個鄉(xiāng)鎮(zhèn)）。