秦屬南海郡。漢初屬南越國地，漢武帝元鼎六年（公元前111年）屬蒼梧郡猛陵縣地。漢永壽三年（157年）境內(nèi)有人口4.2萬人。三國屬吳，區(qū)域仍屬猛陵。晉升平五年（361年）在永平郡安沂縣。南朝屬永平郡安沂、夫?qū)帯⒍氚病⒇S城縣。隋廢永平郡；開皇十年（590年）置石州，十二年改石州為藤州，因境內(nèi)盛產(chǎn)白藤得名。大業(yè)三年（607年），藤州復(fù)改永平郡，屬永平、安基、防安、淳人等縣，郡治永平縣。義寧二年（618年）永平郡屬梁。
唐武德四年（621年）改永平郡為藤州，領(lǐng)永平、安基、武林、防建、陽安、普寧、寧人、淳人、猛陵、大賓、戎城等縣。五年以寧鳳縣地置燕州（治所在今平南縣），七年改為泰州。七年淳人更名感義，貞觀時改名譚津，為藤州治所。貞觀元年（627年）屬容州總管府，十二年有人口5.5萬多人。天寶元年（742年）改名為感義郡。乾元元年（758年）復(fù)為福州，轄鋒津（原永平縣）、感義（原淳人縣）、義昌、寧鳳縣。咸通三年（862年）屬嶺南西道巨管經(jīng)略使。五代十國及宋仍為藤州。開寶五年（972年）寧風(fēng)、感義、義昌三縣并入譚津縣，屬藤州。
元代仍屬藤州鋒津縣。明屬梧州府，洪武二年（1369年）九月，并釋津縣入藤州。十年五月降州為縣，始名藤縣沿用至今。清藤縣屬梧州府，清嘉慶十一年（1816年）全縣設(shè)3廂、10坊6鄉(xiāng)、33都（里）、1499村。二十五年有人口18．6萬多人。民國年間，藤縣先后屬材州道、郁江道、蒼梧道、蒼梧民團區(qū)、梧州行政監(jiān)督區(qū)、梧州行政督答區(qū)。16年（1927年）有32506戶，25．63萬人。比同治三年（1864年）增13萬多人。22年，全縣由問個區(qū)210個地方民團組織并為7個區(qū)68個鄉(xiāng)2個鎮(zhèn)，下轄683個行政村、街。對年撤區(qū)并鄉(xiāng)，劃分為31個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，至解放初期。
解放后，藤縣屬廣西省梧州專區(qū)。1949年全縣有88709戶，38．49萬人。1950年2月，全縣劃分為6個區(qū)29個鄉(xiāng)、2個鎮(zhèn)。1951年2月劃分為12個區(qū)。1951年5月劃糯們歸岑溪。同年7月，梧、郁專區(qū)合并改名為容縣專區(qū)。1953年3月，劃三堡區(qū)歸岑溪縣，全縣設(shè)166個鄉(xiāng)、3個鎮(zhèn)，區(qū)為縣派出機關(guān)，共10個區(qū)；鄉(xiāng)鎮(zhèn)為一級政權(quán)組織。1955年5月第一至第十區(qū)依次改名為城廂、赤水、浪南、大坡、大黎、象棋、金雞、天平、渡江、太平區(qū)。1958年1月1日撤區(qū)并鄉(xiāng)，全縣劃分為44個鄉(xiāng)；保留大黎區(qū)（轄8個鄉(xiāng)）、太平區(qū)（轄11個鄉(xiāng)）。同年5月撤銷區(qū)，全縣調(diào)整為31個鄉(xiāng)。
1958年7月，藤縣屬梧州專區(qū)（1971年11月改稱梧州地區(qū)，1997年4月改屬梧州市）；8月撤鄉(xiāng)鎮(zhèn)，成立12個公社。1959年4月后，分出18個公社，下設(shè)生產(chǎn)大隊。1960年，全縣有104634戶，人口423372人。1961年5月，全縣劃為6個區(qū)，區(qū)轄42個公社（稱中等公社），公社轄684個大隊。1962年10月，全縣劃為14個區(qū)、1個鎮(zhèn)，區(qū)設(shè)鄉(xiāng)，鄉(xiāng)社合一，每鄉(xiāng)一社（小公社），共200個小公社。1964年人口普查有人口453995人，人口密度是每平方千米117人。1968年11月改區(qū)為公社，鄉(xiāng)改稱大隊。1969年8月，從城關(guān)分出白沙，金雞分出新慶，大黎分出寧康，垠南分出同心，藤城鎮(zhèn)改稱藤城公社，共19個公社。
198O年8月，太平公社又分出太平鎮(zhèn)公社。1982年有125466戶，672312人，人口密度每平方千米170人。1984年8月，南安公社分出赤水公社；？月，各公社改稱鄉(xiāng)、鎮(zhèn)；11月，白沙鄉(xiāng)改稱津北鄉(xiāng)。1987年？月，太平鄉(xiāng)和太平鎮(zhèn)合并稱太平鎮(zhèn)。1990年有人口772357人，人口密度為每平方千米196人。1997年城關(guān)鄉(xiāng)改稱潭東鎮(zhèn)，新慶、同心、津北、東榮鄉(xiāng)改稱鎮(zhèn)。調(diào)整后，全縣轄15個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：藤城鎮(zhèn)、潭東鎮(zhèn)、津北鎮(zhèn)、南安鎮(zhèn)、埌南鎮(zhèn)、同心鎮(zhèn)、金雞鎮(zhèn)、象棋鎮(zhèn)、天平鎮(zhèn)、濛江鎮(zhèn)、和平鎮(zhèn)、太平鎮(zhèn)、古龍鎮(zhèn)、東榮鎮(zhèn)、大黎鎮(zhèn)、平福鄉(xiāng)、赤水鄉(xiāng)、新慶鄉(xiāng)、嶺景鄉(xiāng)、寧康鄉(xiāng)。
1999年9月20日，廣西壯族自治區(qū)政府同意新慶、嶺景兩鄉(xiāng)改為鎮(zhèn)建制，兩鄉(xiāng)改鎮(zhèn)后原轄行政區(qū)域不變（桂政函[1999]163號）。調(diào)整后，全縣轄17個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)。2000年，藤縣總?cè)丝?16129人。
2000年第五次人口普查，藤縣總?cè)丝?48648人。其中：藤城鎮(zhèn)55402人，潭東鎮(zhèn)58036人，津北鎮(zhèn)20389人，南安鎮(zhèn)37073人，瑯南鎮(zhèn)40241人，同心鎮(zhèn)20849人，金雞鎮(zhèn)57670人，新慶鎮(zhèn)35223人，象棋鎮(zhèn)37132人，嶺景鎮(zhèn)34353人，天平鎮(zhèn)67331人，蒙江鎮(zhèn)65998人，和平鎮(zhèn)68598人，太平鎮(zhèn)85352人，古龍鎮(zhèn)37854人，東榮鎮(zhèn)32997人，大黎鎮(zhèn)37033人，平福鄉(xiāng)27442人，寧康鄉(xiāng)16836人，赤水鄉(xiāng)12839人。
2001年，全縣轄藤城、南安、浪南、津北、金雞、象棋、同心、嶺景、新慶、天平、漾江、和平、太平、古龍、東榮、大黎、潭東17個鎮(zhèn)，赤水、寧康、平福3個鄉(xiāng)；行政村266個，居民委員會13個。
2002年3月18日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2002]39號）同意將南安鎮(zhèn)與赤水鄉(xiāng)合并設(shè)立塘步鎮(zhèn)，原南安鎮(zhèn)、赤水鄉(xiāng)所轄的行政區(qū)域全部歸塘步鎮(zhèn)管轄，塘步鎮(zhèn)政府駐原南安鎮(zhèn)政府駐地塘步街（4月實施）。至此，全縣轄17個鎮(zhèn)，2個鄉(xiāng)：藤城鎮(zhèn)、潭東鎮(zhèn)、津北鎮(zhèn)、塘步鎮(zhèn)、瑯南鎮(zhèn)、同心鎮(zhèn)、金雞鎮(zhèn)、新慶鎮(zhèn)、象棋鎮(zhèn)、嶺景鎮(zhèn)、天平鎮(zhèn)、蒙江鎮(zhèn)、和平鎮(zhèn)、太平鎮(zhèn)、古龍鎮(zhèn)、東榮鎮(zhèn)、大黎鎮(zhèn)、平福鄉(xiāng)、寧康鄉(xiāng)。年末全縣總戶數(shù)229326戶，總?cè)丝?27847人。
2005年6月13日，廣西壯族自治區(qū)政府（桂政函[2005]166號）同意調(diào)整藤縣部分鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃：撤銷藤城鎮(zhèn)、潭東鎮(zhèn)、津北鎮(zhèn)，設(shè)立藤州鎮(zhèn)，以原藤城鎮(zhèn)、潭東鎮(zhèn)、津北鎮(zhèn)的轄區(qū)為藤州鎮(zhèn)的行政區(qū)域，藤州鎮(zhèn)政府駐原津北鎮(zhèn)白沙村；撤銷寧康鄉(xiāng)，整建制并入大黎鎮(zhèn)，大黎鎮(zhèn)政府駐地不變。調(diào)整后，全縣轄15個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)：藤州鎮(zhèn)、塘步鎮(zhèn)、瑯南鎮(zhèn)、同心鎮(zhèn)、金雞鎮(zhèn)、新慶鎮(zhèn)、象棋鎮(zhèn)、嶺景鎮(zhèn)、天平鎮(zhèn)、蒙江鎮(zhèn)、和平鎮(zhèn)、太平鎮(zhèn)、古龍鎮(zhèn)、東榮鎮(zhèn)、大黎鎮(zhèn)、平福鄉(xiāng)。縣政府駐藤州鎮(zhèn)。