西漢景帝二年（公元前155年）于今耀州區(qū)東始置鹮峣?縣，東漢初廢，后又復(fù)置，三國魏文帝時(shí)又廢，于今區(qū)東南8.5公里設(shè)北地郡，置泥陽縣。前秦苻堅(jiān)于宜君川（今名沮河）置宜君護(hù)軍。北魏太平真君七年（446年）改宜君護(hù)軍為宜君縣，并泥陽縣入富平縣。景明元年（500年）復(fù)置泥陽縣。北魏末置宜君郡于宜君縣。西魏改北地郡為通川郡，治泥陽縣。大統(tǒng)五年（539年）宜君郡、縣移治今石柱鄉(xiāng)故縣村。隋開皇三年（583年）廢郡，泥陽、宜君二縣屬宜州，六年改泥陽縣為華原縣，并移治今址（今耀州區(qū)城區(qū)）。義寧二年（618年）于華原縣復(fù)置宜君郡。
唐武德元年（618年）改郡為宜州，貞觀十七年（643年）廢宜州及宜君縣，垂拱二年（686年）為避武則天祖諱，華原縣改稱永安縣，神龍?jiān)辏?05年）復(fù)名華原縣。天祐三年（906年）李茂貞以縣置耀州，相傳城東漆水東岸寶鑒山（又名鑒山）年豐則有光如鑒，故名。五代后梁貞明元年（915年）耀州改稱崇州，后唐同光元年（923年）復(fù)名耀州。宋、金因之。蒙古至元元年（1264年）華原縣廢入耀州，屬奉元路。明、清屬西安府。清雍正三年（1725年）升耀州為直隸州。1913年廢州改耀縣。
1940年陜甘寧邊區(qū)在北部設(shè)立關(guān)中分區(qū)東區(qū)辦事處，1941年改稱同宜耀縣，1943年撤銷，轄地并入淳耀縣，并將淳耀縣人民政府遷駐廟灣鎮(zhèn)西寺。1949年撤銷淳耀縣并入耀縣，屬三原分區(qū)。1950年屬咸陽專區(qū)。1952年屬渭南專區(qū)。1956年直屬省。1958年（一說1959年）撤銷縣制并入銅川市，原縣轄地區(qū)成立耀城、小 、柳林三個(gè)公社。1961年9月復(fù)設(shè)耀縣，屬渭南專區(qū)。1969年屬渭南地區(qū)。1979年屬銅川市。2002年6月18日，國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[2002]54號(hào)）：撤銷耀縣，設(shè)立銅川市耀州區(qū)，以原耀縣的行政區(qū)域?yàn)橐輩^(qū)的行政區(qū)域。10月正式撤縣設(shè)區(qū)，區(qū)政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。
1996年，耀縣面積1617平方千米，人口28萬人。轄5個(gè)鎮(zhèn)、12個(gè)鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)、瑤曲鎮(zhèn)、廟灣鎮(zhèn)、照金鎮(zhèn)、董家河鎮(zhèn)、寺溝鄉(xiāng)、下高埝鄉(xiāng)、樓村鄉(xiāng)、小丘鄉(xiāng)、孫塬鄉(xiāng)、稠桑鄉(xiāng)、安里鄉(xiāng)、柳林鄉(xiāng)、白瓜鄉(xiāng)、石柱鄉(xiāng)、演池鄉(xiāng)、阿子鄉(xiāng)。縣政府駐城關(guān)鎮(zhèn)。
1997年，小丘鄉(xiāng)改為小丘鎮(zhèn)，柳林鄉(xiāng)改為柳林鎮(zhèn)，稠桑鄉(xiāng)改為稠桑鎮(zhèn)（？年更名為關(guān)莊鎮(zhèn)），樓村鄉(xiāng)改為坡頭鎮(zhèn)，孫塬鄉(xiāng)改為孫塬鎮(zhèn)，寺溝鄉(xiāng)改為寺溝鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，耀縣常住總?cè)丝?95202人，其中：城關(guān)鎮(zhèn)37118人、董家河鎮(zhèn)12098人、廟灣鎮(zhèn)16402人、瑤曲鎮(zhèn)21757人、照金鎮(zhèn)9088人、寺溝鎮(zhèn)24766人、坡頭鎮(zhèn)14892人、小丘鎮(zhèn)25236人、孫塬鎮(zhèn)32772人、關(guān)莊鎮(zhèn)14099人、柳林鎮(zhèn)5352人、演池鄉(xiāng)10282人、石柱鄉(xiāng)16034人、阿子鄉(xiāng)5183人、安里鄉(xiāng)5716人、白瓜鄉(xiāng)4883人、下高埝鄉(xiāng)39524人。
2001年，耀縣轄11個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)：城關(guān)鎮(zhèn)（駐南街）、柳林鎮(zhèn)（駐柳林）、寺溝鎮(zhèn)（駐寺溝）、廟灣鎮(zhèn)（駐廟灣村）、董家河鎮(zhèn)（駐董家河村）、瑤曲鎮(zhèn)（駐瑤曲）、孫原鎮(zhèn)（駐孫原村）、關(guān)莊鎮(zhèn)（駐關(guān)莊村）、坡頭鎮(zhèn)（駐坡頭村）、照金鎮(zhèn)（駐照金村）、小丘鎮(zhèn)（駐小丘）；安里鄉(xiāng)（駐梁寨河）、石柱鄉(xiāng)（駐石柱）、演池鄉(xiāng)（駐干橋廟）、阿子鄉(xiāng)（駐阿子村）、白瓜鄉(xiāng)（駐前咀子）。
2001年12月，撤銷安里鄉(xiāng)并入柳林鎮(zhèn)，撤銷阿子鄉(xiāng)并入關(guān)莊鎮(zhèn)，撤銷白瓜鄉(xiāng)并入小丘鎮(zhèn)。2005年，撤銷城關(guān)鎮(zhèn)，設(shè)立永安路、天寶路2個(gè)街道；撤銷下高埝鄉(xiāng)，設(shè)立正陽路、咸豐路2個(gè)街道，由銅川新區(qū)管理。至此，耀州區(qū)轄2個(gè)街道、10個(gè)鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)：永安路街道、天寶路街道、董家河鎮(zhèn)、廟灣鎮(zhèn)、瑤曲鎮(zhèn)、照金鎮(zhèn)、寺溝鎮(zhèn)、坡頭鎮(zhèn)、小丘鎮(zhèn)、孫塬鎮(zhèn)、關(guān)莊鎮(zhèn)、柳林鎮(zhèn)、演池鄉(xiāng)、石柱鄉(xiāng)。
2010年第六次人口普查，耀州區(qū)常住總?cè)丝?25537人，其中：永安路街道37184人，天寶路街道21642人，咸豐路街道30063人，正陽路街道43614人，董家河鎮(zhèn)11502人，廟灣鎮(zhèn)18277人，瑤曲鎮(zhèn)20895人，照金鎮(zhèn)8973人，寺溝鎮(zhèn)17558人，坡頭鎮(zhèn)14522人，小丘鎮(zhèn)27467人，孫塬鎮(zhèn)18791人，關(guān)莊鎮(zhèn)19229人，柳林鎮(zhèn)9755人，演池鄉(xiāng)9808人，石柱鄉(xiāng)16257人。
2011年，撤銷寺溝鎮(zhèn)設(shè)立錦陽路街道，撤銷柳林鎮(zhèn)并入照金鎮(zhèn)（注：原安里鄉(xiāng)部分劃歸石柱鎮(zhèn)管轄）。調(diào)整后，耀州區(qū)轄3個(gè)街道、8個(gè)鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)：永安路街道、天寶路街道、錦陽路街道、董家河鎮(zhèn)、廟灣鎮(zhèn)、瑤曲鎮(zhèn)、照金鎮(zhèn)、坡頭鎮(zhèn)、小丘鎮(zhèn)、孫塬鎮(zhèn)、關(guān)莊鎮(zhèn)、演池鄉(xiāng)、石柱鄉(xiāng)。此外，咸豐路街道、正陽路街道由銅川經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)（銅川新區(qū)）管理。
2012年，將坡頭鎮(zhèn)劃歸銅川新區(qū)管理；撤銷石柱鄉(xiāng)，設(shè)立石柱鎮(zhèn)。2012年末，耀州區(qū)面積1608.4平方千米，戶籍人口326620人，常住人口32.86萬人。2013年末，耀州區(qū)轄5個(gè)街道、9個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)鄉(xiāng)，共有11個(gè)社區(qū)、219個(gè)行政村，區(qū)政府駐文營西路。
2015年，撤銷演池鄉(xiāng)，并入石柱鎮(zhèn)，鎮(zhèn)政府駐石柱村，并在原演池鄉(xiāng)設(shè)立石柱鎮(zhèn)演池便民服務(wù)中心；撤銷坡頭鎮(zhèn)，設(shè)立坡頭街道，街道辦事處駐坡頭街；將照金鎮(zhèn)柳林、東石坡、五聯(lián)、蔡河、聯(lián)合、神水6個(gè)村劃歸廟灣鎮(zhèn)，照金鎮(zhèn)吳莊、修文、王益、西古莊、龍首5個(gè)村劃歸石柱鎮(zhèn)，照金鎮(zhèn)九里坡、柏樹塬、支前河3個(gè)村劃歸關(guān)莊鎮(zhèn)；將關(guān)莊鎮(zhèn)寺溝塬村劃歸錦陽路街道，長命村劃歸坡頭街道。調(diào)整后，全區(qū)轄6個(gè)街道、8個(gè)鎮(zhèn)：天寶路街道、永安路街道、咸豐路街道、正陽路街道、錦陽路街道、坡頭街道、董家河鎮(zhèn)、廟灣鎮(zhèn)、瑤曲鎮(zhèn)、照金鎮(zhèn)、小丘鎮(zhèn)、孫塬鎮(zhèn)、關(guān)莊鎮(zhèn)、石柱鎮(zhèn)（咸豐路、正陽路、坡頭3個(gè)街道由銅川新區(qū)管理）。