漢初置江原縣。晉置漢原郡，后改晉原郡。唐置蜀州。南宋紹興十年（1140年）升為崇慶軍節(jié)度。淳熙四年（1177年）以高宗潛藩于此乃升為崇慶府，以示崇慶之意。元置祟慶州，1913年廢州改崇慶縣。1994年撤縣設(shè)市。

1996年，崇州市面積1090平方千米，人口約64.1萬人。轄15鎮(zhèn)13鄉(xiāng)：崇陽鎮(zhèn)、懷遠(yuǎn)鎮(zhèn)、元通鎮(zhèn)、三江鎮(zhèn)、江源鎮(zhèn)、羊馬鎮(zhèn)、廖家鎮(zhèn)、觀勝鎮(zhèn)、街子鎮(zhèn)、三郎鎮(zhèn)、萬家鎮(zhèn)、王場(chǎng)鎮(zhèn)、白頭鎮(zhèn)、道明鎮(zhèn)、隆興鎮(zhèn)、聽江鄉(xiāng)、安阜鄉(xiāng)、大劃鄉(xiāng)、梓潼鄉(xiāng)、錦江鄉(xiāng)、公議鄉(xiāng)、上元鄉(xiāng)、茍家鄉(xiāng)、東關(guān)鄉(xiāng)、濟(jì)協(xié)鄉(xiāng)、崇德鄉(xiāng)、榿泉鄉(xiāng)、集賢鄉(xiāng)。

1998年析置何家鄉(xiāng)、西山鄉(xiāng)、崇平鄉(xiāng)、燎原鄉(xiāng)。調(diào)整后，崇州市轄15個(gè)鎮(zhèn)、17個(gè)鄉(xiāng)：崇陽鎮(zhèn)、懷遠(yuǎn)鎮(zhèn)、元通鎮(zhèn)、隆興鎮(zhèn)、羊馬鎮(zhèn)、三江鎮(zhèn)、道明鎮(zhèn)、王場(chǎng)鎮(zhèn)、三郎鎮(zhèn)、江源鎮(zhèn)、白頭鎮(zhèn)、廖家鎮(zhèn)、街子鎮(zhèn)、萬家鎮(zhèn)、觀勝鎮(zhèn)；聽江鄉(xiāng)、安阜鄉(xiāng)、大劃鄉(xiāng)、梓潼鄉(xiāng)、錦江鄉(xiāng)、上元鄉(xiāng)、公議鄉(xiāng)、濟(jì)協(xié)鄉(xiāng)、東觀鄉(xiāng)、崇德鄉(xiāng)、榿泉鄉(xiāng)、集賢鄉(xiāng)、茍家鄉(xiāng)、何家鄉(xiāng)、西山鄉(xiāng)、崇平鄉(xiāng)、燎原鄉(xiāng)。？年析置金雞鄉(xiāng)、西江鄉(xiāng)。調(diào)整后，崇州市轄15個(gè)鎮(zhèn)、19個(gè)鄉(xiāng)。

2000年第五次人口普查，崇州市常住總?cè)丝?50698人，其中：崇陽鎮(zhèn)97484人，三江鎮(zhèn)31349人，江源鎮(zhèn)27824人，羊馬鎮(zhèn)27887人，廖家鎮(zhèn)21348人，元通鎮(zhèn)20426人，觀勝鎮(zhèn)20644人，懷遠(yuǎn)鎮(zhèn)28792人，三郎鎮(zhèn)15525人，街子鎮(zhèn)13110人，萬家鎮(zhèn)11413人，王場(chǎng)鎮(zhèn)14775人，白頭鎮(zhèn)15269人，道明鎮(zhèn)21620人，隆興鎮(zhèn)15425人，聽江鄉(xiāng)21599人，安阜鄉(xiāng)15334人，大劃鄉(xiāng)21217人，崇平鄉(xiāng)17178人，梓潼鄉(xiāng)14497人，錦江鄉(xiāng)16002人，公議鄉(xiāng)14700人，上元鄉(xiāng)17851人，何家鄉(xiāng)14294人，西山鄉(xiāng)13409人，茍家鄉(xiāng)3796人，東關(guān)鄉(xiāng)8681人，濟(jì)協(xié)鄉(xiāng)12471人，燎原鄉(xiāng)12465人，崇德鄉(xiāng)12252人，榿泉鄉(xiāng)14481人，集賢鄉(xiāng)12880人，金雞鄉(xiāng)11746人，西江鄉(xiāng)12954人。

？年，撤銷聽江鄉(xiāng)、梓潼鄉(xiāng)，設(shè)立聽江鎮(zhèn)、梓潼鎮(zhèn)。調(diào)整后，崇州市轄崇陽、道明、隆興、王場(chǎng)、白頭、三江、江源、羊馬、元通、觀勝、廖家、懷遠(yuǎn)、三郎、街子、萬家、聽江、梓潼17個(gè)鎮(zhèn)，榿泉、集賢、崇德、濟(jì)協(xié)、大劃、東關(guān)、安阜、錦江、上元、公議、西山、何家、茍家、崇平、燎原、金雞、西江17個(gè)鄉(xiāng)。2002年，撤銷崇平鄉(xiāng)，設(shè)立崇平鎮(zhèn)。

2004年9月8日，省政府（川府民政[2004]34號(hào)）批復(fù)同意撤銷聽江鎮(zhèn)及西江、金雞、西山、何家、安阜、上元、崇德、東關(guān)8個(gè)鄉(xiāng)。將原聽江鎮(zhèn)所屬行政區(qū)域并入三江鎮(zhèn)；三江鎮(zhèn)政府駐崇新場(chǎng)。將原西江鄉(xiāng)、金雞鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域并入崇陽鎮(zhèn)；崇陽鎮(zhèn)政府駐唐安東路。將原西山鄉(xiāng)、何家鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域并入懷遠(yuǎn)鎮(zhèn)；懷遠(yuǎn)鎮(zhèn)政府駐洄瀾街。將原安阜鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域并入羊馬鎮(zhèn)；羊馬鎮(zhèn)政府駐觀新界。將原上元鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域并入街子鎮(zhèn)；街子鎮(zhèn)政府駐江城街。將原崇德鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域并入燎原鄉(xiāng)；燎原鄉(xiāng)政府駐順興街。將原東關(guān)鄉(xiāng)所屬行政區(qū)域并入王場(chǎng)鎮(zhèn)；王場(chǎng)鎮(zhèn)政府駐義興街。

2004年，崇州市轄崇陽、懷遠(yuǎn)、元通、三江、三郎、廖家、街子、萬家、觀勝、羊馬、道明、王場(chǎng)、隆興、江源、白頭、大劃、梓潼、崇平、榿泉19個(gè)鎮(zhèn)，茍家、濟(jì)協(xié)、集賢、錦江、公議、燎原6個(gè)鄉(xiāng)，共有31個(gè)社區(qū)、371個(gè)行政村；總面積1088平方千米，人口密度597人/平方千米。

2006年7月12日，省政府批復(fù)同意：萬家鎮(zhèn)更名為文井江鎮(zhèn)（川府民政[2006]34號(hào)），茍家鄉(xiāng)更名為雞冠山鄉(xiāng)（川府民政[2006]36號(hào)）。2009年5月25日，省政府（川府民政[2009]10號(hào)）批復(fù)同意文井江鎮(zhèn)政府駐地從萬家社區(qū)遷移至大同村。

2009年，崇州市轄19個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)：崇陽鎮(zhèn)、三江鎮(zhèn)、江源鎮(zhèn)、羊馬鎮(zhèn)、廖家鎮(zhèn)、元通鎮(zhèn)、觀勝鎮(zhèn)、懷遠(yuǎn)鎮(zhèn)、三郎鎮(zhèn)、街子鎮(zhèn)、萬家鎮(zhèn)、王場(chǎng)鎮(zhèn)、白頭鎮(zhèn)、道明鎮(zhèn)、隆興鎮(zhèn)、大劃鎮(zhèn)、崇平鎮(zhèn)、梓潼鎮(zhèn)、榿泉鎮(zhèn)、錦江鄉(xiāng)、公議鄉(xiāng)、雞冠山鄉(xiāng)、濟(jì)協(xié)鄉(xiāng)、燎原鄉(xiāng)、集賢鄉(xiāng)。

2010年第六次人口普查，崇州市常住總?cè)丝?61120人，其中：崇陽鎮(zhèn)162977人，三江鎮(zhèn)51403人，江源鎮(zhèn)28075人，羊馬鎮(zhèn)41783人，廖家鎮(zhèn)18883人，元通鎮(zhèn)18962人，觀勝鎮(zhèn)17952人，懷遠(yuǎn)鎮(zhèn)58218人，三郎鎮(zhèn)13382人，街子鎮(zhèn)30737人，文井江鎮(zhèn)6098人，王場(chǎng)鎮(zhèn)21003人，白頭鎮(zhèn)14097人，道明鎮(zhèn)19948人，隆興鎮(zhèn)15822人，大劃鎮(zhèn)19903人，崇平鎮(zhèn)17402人，梓潼鎮(zhèn)12753人，榿泉鎮(zhèn)14433人，錦江鄉(xiāng)14387人，公議鄉(xiāng)13097人，雞冠山鄉(xiāng)2995人，濟(jì)協(xié)鄉(xiāng)12729人，燎原鄉(xiāng)21903人，集賢鄉(xiāng)12178人。

2013年，省政府（川府民政[2013]11號(hào)）批復(fù)同意撤銷崇陽鎮(zhèn)，設(shè)立崇陽街道。調(diào)整后，全市轄1個(gè)街道、18個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)。