隋開皇九年（589年）以巴山、西寧、新建、安浦縣地置崇仁縣，縣因原崇仁鄉(xiāng)得名，屬撫州。元屬撫州路。明、清屬撫州府，1949年屬撫州專區(qū)，1970年屬撫州地區(qū)，2001年屬撫州市。

　　1984年5月31日，桃源公社分設(shè)桃源鄉(xiāng)、張坊鄉(xiāng)；相山公社分設(shè)相山鄉(xiāng)、山斜鄉(xiāng)、港下鄉(xiāng)（贛府廳字[1984]166號(hào)）。1985年3月15日，撤銷相山鄉(xiāng)，設(shè)置相山鎮(zhèn)（贛府廳字[1985]160號(hào)）。
　　1993年1月3日，撤銷航埠鄉(xiāng)、禮被鄉(xiāng)、孫坊鄉(xiāng)、河上鄉(xiāng)，設(shè)立航埠鎮(zhèn)、禮被鎮(zhèn)、孫坊鎮(zhèn)、河上鎮(zhèn)（贛民字[1993]1號(hào)批復(fù)）。
　　1997年，全縣面積1520平方千米，人口29.2萬。轄6個(gè)鎮(zhèn)、15個(gè)鄉(xiāng)：巴山鎮(zhèn)、河上鎮(zhèn)、孫坊鎮(zhèn)、航埠鎮(zhèn)、禮陂鎮(zhèn)、相山鎮(zhèn)、白路鄉(xiāng)、東來鄉(xiāng)、三山鄉(xiāng)、六家橋鄉(xiāng)、白陂鄉(xiāng)、郊西鄉(xiāng)、沙堤鄉(xiāng)、馬鞍鄉(xiāng)、石莊鄉(xiāng)、郭圩鄉(xiāng)、許坊鄉(xiāng)、桃源鄉(xiāng)、張坊鄉(xiāng)、港下鄉(xiāng)、山斜鄉(xiāng)。縣政府駐巴山鎮(zhèn)。
　　2000年第五次人口普查，全縣總?cè)丝?98734人；其中：巴山鎮(zhèn)58827人、相山鎮(zhèn)7827人、航埠鎮(zhèn)21184人、孫坊鎮(zhèn)18999人、河上鎮(zhèn)17615人、禮陂鎮(zhèn)13362人、石莊鄉(xiāng)9124人、郊西鄉(xiāng)7557人、沙堤鄉(xiāng)20849人、六家橋鄉(xiāng)14948人、白路鄉(xiāng)13980人、東來鄉(xiāng)7036人、三山鄉(xiāng)11433人、馬安鄉(xiāng)15533人、白陂鄉(xiāng)9041人、山斜鄉(xiāng)9238人、港下鄉(xiāng)3788人、桃源鄉(xiāng)9398人、張坊鄉(xiāng)5128人、許坊鄉(xiāng)10682人、郭圩鄉(xiāng)13185人。
　　2001年3月2日，撤銷馬鞍鄉(xiāng)，設(shè)立馬鞍鎮(zhèn)（贛民字[2001]94號(hào)批復(fù)）。2001年9月6日，撤銷沙堤鄉(xiāng)、郊西鄉(xiāng)，劃歸巴山鎮(zhèn)；撤銷山斜鄉(xiāng)、港下鄉(xiāng)，劃歸相山鎮(zhèn)；撤銷東來鄉(xiāng)，劃歸河上鎮(zhèn)；撤銷張坊鄉(xiāng)，劃歸桃源鄉(xiāng)管轄（贛民字[2001]441號(hào)批復(fù)）。
　　2002年底，崇仁縣面積1520平方千米，人口31.0萬人，其中非農(nóng)業(yè)人口4.1萬人。轄7個(gè)鎮(zhèn)、8個(gè)鄉(xiāng)，189個(gè)居委會(huì)、163個(gè)行政村。縣政府駐巴山鎮(zhèn)。
　　2003年底，全縣轄7鎮(zhèn)8鄉(xiāng)，總?cè)丝?1.6萬人。