古為新淦、石陽縣地。三國吳寶鼎二年（267年）析新淦、石陽置巴邱縣。隋開皇十年（590年）廢石陽、巴邱縣，縣地分別并入廬陵、新淦縣，以巴邱故冶地置峽江鎮(zhèn)。明嘉靖五年（1526年）析新淦縣原巴丘縣故地置峽江縣，縣以鎮(zhèn)名。峽江，別稱玉峽。以峽江處于贛江要沖，地勢險要，江面狹窄，流水急湍，故名峽江。
　　縣治原設贛江西岸的巴邱鎮(zhèn)，1994年月10月，經(jīng)國務院批準東遷縣治，1997年7月1日正式遷至水邊鎮(zhèn)。

　　1985年6月19日，水邊鄉(xiāng)改設鎮(zhèn)建制（贛府廳字[1985]340號）。1993年，撤銷馬埠鄉(xiāng)、硯溪鄉(xiāng)、仁和鄉(xiāng)，設立馬埠鎮(zhèn)、硯溪鎮(zhèn)、仁和鎮(zhèn)（贛民字[1993]53號批復）。至此，峽江共有5鎮(zhèn)7鄉(xiāng)，建制鎮(zhèn)人口8.99萬人，其中非農業(yè)人口2.55萬人。
　　1997年，全縣面積1287.4平方千米，人口15.1萬，轄5個鎮(zhèn)、7個鄉(xiāng)：水邊鎮(zhèn)、巴邱鎮(zhèn)、馬埠鎮(zhèn)、仁和鎮(zhèn)、硯溪鎮(zhèn)、桐林鄉(xiāng)、福民鄉(xiāng)、戈坪鄉(xiāng)、金江鄉(xiāng)、沙坊鄉(xiāng)、羅田鄉(xiāng)、巴邱鄉(xiāng)。縣政府駐水邊鎮(zhèn)。
　　1997年4月16日，金江鄉(xiāng)政府駐地遷至董家廟（贛民字[1997]78號批復）。1999年7月15日，福民鄉(xiāng)政府駐地遷至婁屋得（贛民字[1999]183號批復）。
　　2000年第五次人口普查，全縣總人口155762人；其中：水邊鎮(zhèn)37938人、馬埠鎮(zhèn)13771人、巴邱鎮(zhèn)19263人、仁和鎮(zhèn)13078人、硯溪鎮(zhèn)12156人、桐林鄉(xiāng)7921人、福民鄉(xiāng)8223人、巴邱鄉(xiāng)9757人、戈坪鄉(xiāng)7266人、金江鄉(xiāng)9568人、羅田鄉(xiāng)10819人、沙坊鄉(xiāng)6002人。
　　2001年5月9日，撤銷巴邱鄉(xiāng)，劃歸巴邱鎮(zhèn)（贛民字[2001]190號批復）。2001年12月3日，撤銷沙坊鄉(xiāng)、羅田鄉(xiāng)，合并設立羅田鎮(zhèn)（贛民字[2001]569號批復）。2002年底，峽江縣轄6個鎮(zhèn)、4個鄉(xiāng)，6個居委會、100個行政村。
　　2003年底，全縣總人口16.4萬人。2004年底，全縣轄6鎮(zhèn)4鄉(xiāng)，76個行政村、6個居委會。2005年年末全縣總人口為166332人。2007年11月20日，設立金坪京族鄉(xiāng)。