縣名得自岳普湖河名。岳普湖，據傳是由突厥語“亞巴庫”演變而來。亞巴庫是突厥語的一個部落，11世紀時在這一帶定居。

清光緒年間為疏勒府本府五大回莊之一，稱岳普爾湖莊。1941年由疏勒縣析置岳普湖設治局，1943年升為岳普湖縣，屬喀什督察專區。新中國成立后，先后屬喀什專區、南疆行政區。1978年后屬喀什地區。

1999年末，岳普湖縣轄1鎮8鄉5個國營農林牧場：岳普湖鎮、艾西曼鄉、阿其克鄉、鐵熱木鄉、巴依阿瓦提鄉、阿洪魯庫木鄉、岳普湖鄉、色也克鄉、也克先巴扎鄉。全縣總人口（不包括境內生產建設兵團農三師四十二團場，下同）125192人，其中少數民族121833人，農村人口102679人。

2000年第五次人口普查，岳普湖縣常住總人口129441人，其中：岳普湖鎮18379人、岳普湖鄉12720人、也克先拜巴扎鄉16458人、艾西曼鄉14053人、阿其克鄉17213人、色也克鄉17508人、鐵熱木鄉17561人、巴依阿瓦提鄉 9186人、阿洪魯庫木鄉2392人、兵團42團3971人。

2003年，岳普湖縣總面積3165.76平方千米，總人口135876人。轄2鎮、7鄉：岳普湖鎮、艾西買鎮、岳普湖鄉、色也克鄉、也克先拜巴扎鄉、阿其克鄉、鐵熱木鄉、巴依阿瓦提鄉、阿洪魯庫木鄉。縣政府駐岳普湖鎮。

2010年第六次人口普查，岳普湖縣常住總人口147688人，其中：岳普湖鎮22092人，艾西曼鎮14803人，岳普湖鄉13461人，也克先拜巴扎鄉18771人，阿其克鄉21583人，色也克鄉18064人，鐵熱木鄉18971人，巴依阿瓦提鄉10460人，阿洪魯庫木鄉2524人，岳普湖縣農場1137人，岳普湖縣林場417人，岳普湖縣奶牛場469人，岳普湖縣良種場824人，岳普湖縣大畜場486人，兵團四十二團3626人。

2014年10月20日，自治區政府（新政函[2014]179號）同意撤銷鐵熱木鄉，設立鐵熱木鎮。調整后，全縣轄3個鎮、6個鄉：岳普湖鎮、艾西買鎮、鐵熱木鎮、岳普湖鄉、也克先拜巴扎鄉、阿其克鄉、色也克鄉、巴依阿瓦提鄉、阿洪魯庫木鄉。