唐設華亭縣。明嘉靖二十一年(1542)設置青浦縣。民國及1949年后一段時期，隸屬江蘇省管轄，1958年劃歸上海市。1999年9月16日，國務院批準（國函[1999]113號）同意撤銷青浦縣，設立青浦區，以原青浦縣的行政區域為青浦區的行政區域，區人民政府駐青浦鎮。
2000年第五次人口普查，青浦區總人口595863人，其中：趙巷鎮43591人、徐涇鎮49816人、華新鎮29111人、風溪鎮26784人、重固鎮23838人、白鶴鎮34018人、趙屯鎮21989人、大盈鎮15662人、香花橋鎮14597人、環城鎮26252人、朱家角鎮43546人、沈巷鎮24275人、小蒸鎮12453人、蒸淀鎮16068人、練塘鎮28193人、蓮盛鎮14120人、西岑鎮11844人、金澤鎮14248人、商榻鎮26263人、青浦鎮90504人、青浦工業園區28691人。
2000年，撤銷練塘鎮、小蒸鎮、蒸淀鎮，設立新的練塘鎮；撤銷朱家角鎮、沈巷鎮，設立新的朱家角鎮；撤銷華新鎮、鳳溪鎮，設立新的華新鎮；撤銷重固鎮、香花橋鎮，設立新的重固鎮；撤銷趙屯鎮、大盈鎮，設立新的趙屯鎮；撤銷西岑鎮、蓮盛鎮，設立新的西岑鎮；撤銷青浦鎮、環城鎮，設立新的青浦鎮。調整后，青浦區轄12個鎮：青浦鎮、朱家角鎮、練塘鎮、趙巷鎮、徐涇鎮、華新鎮、重固鎮、白鶴鎮、趙屯鎮、西岑鎮、金澤鎮、商榻鎮。
2001年6月29日，對上海國際汽車城建設中涉及的青浦區白鶴鎮部分區域，即西元村、吳趙村、龔閔村、陳岳村下水浜隊、塘灣村杜家村隊（共三村兩隊約5.4平方千米），實行整建制調整，劃入嘉定區安亭鎮范圍。2002年末，青浦區轄12個鎮和市級青浦工業園區，共有75個居委會、185個村委會。
2003年末，青浦區總面積675.54平方千米，水面積112.46平方千米，湖泊總面積59.32平方千米。總人口45.83萬人。轄12個鎮，56個居委會、185個村委會。
2004年3月，金澤鎮、西岑鎮、商榻鎮合并為金澤鎮，新的金澤鎮行政區域范圍的面積為108.49平方千米，總人口約6.13萬；撤銷青浦鎮，設立盈浦街道和夏陽街道；夏陽街道辦事處的面積約41平方千米，總人口約5.15萬，盈浦街道辦事處的面積約25.14平方千米，總人口約6萬。6月30日，青浦區轄2個街道、9個鎮，57個居委會、184個村委會。《上海市人民政府關于同意青浦區部分鎮、街道行政區劃調整的批復》（滬府[2004]40號）同意撤銷白鶴鎮、趙屯鎮建制，建立新的白鶴鎮；同時新設立香花橋街道辦事處。9月30日，青浦區轄3個街道、8個鎮，57個居委會、184個村委會。
2004年10月27日，《青浦區人民政府關于部分鎮、街道行政區劃調整的通知》（青府發[2004]174號）：一、撤銷白鶴鎮、趙屯鎮建制，設立新的白鶴鎮，其行政區域范圍在原白鶴鎮、趙屯鎮的行政區域范圍。新的白鶴鎮政府設在原白鶴鎮政府所在地（外青松公路2723弄69號）。二、新設立香花橋街道辦事處，其行政區域范圍為：東至重固鎮、趙巷鎮；南至盈浦街道、夏陽街道、趙巷鎮；西至白鶴鎮、盈浦街道；北至白鶴鎮。面積約65.84平方千米，總人口約8.28萬。轄17個整建制村委會、3個整建制社區居委會、66個整建制村（居）民小組。香花橋街道辦事處設在北青公路9078號。三、新設立的香花橋街道的行政區域范圍和人口是從原趙屯鎮、白鶴鎮、趙巷鎮、重固鎮、盈浦街道、夏陽街道等的行政區域范圍和人口中劃分出來的，因此，對涉及以上現有各鎮和街道的行政區域范圍、人口等，也作相應的調整。具體如下：（1）白鶴鎮行政區域范圍為：東至重固鎮、華新鎮；南至香花橋街道、盈浦街道；西至江蘇省昆山市淀山湖鎮、石浦鎮；北至江蘇省昆山市花橋鎮。面積約63.23平方千米，總人口約4.52萬。轄25個村委會、3個社區居委會。（2）趙巷鎮行政區域范圍為：東至徐涇鎮；南至松江區泗涇鎮、佘山鎮；西至夏陽街道、香花橋街道；北至華新鎮、重固鎮。面積約36.35平方千米，總人口約2.07萬。轄8個村委會、4個社區居委會。（3）重固鎮行政區域范圍為：東至華新鎮；南至趙巷鎮；西至香花橋街道；北至白鶴鎮。面積約27.31平方千米，總人口約1.72萬。轄8個村委會、1個社區居委會。（4）夏陽街道行政區域范圍為：東至趙巷鎮、香花橋街道；南至松江區佘山鎮、天馬山鎮；西至朱家角鎮、盈浦街道；北至香花橋街道。面積約34.22平方千米，總人口約4.65萬。轄9個村委會、9個社區居委會。（5）盈浦街道行政區域范圍為：東和南至夏陽街道；西至朱家角鎮、江蘇省昆山市淀山湖鎮，北至白鶴鎮、香花橋街道。面積約16.22平方千米，總人口約4.8萬。轄6個村委會、13個社區居委會。通過這次調整，青浦區在行政區劃上，已形成一城（三個街道）八鎮的格局。2004年末，全區戶籍人口45.6萬人，總戶數15萬戶，農業人口22.6萬人，非農人口23萬人。
2005年6月30日，青浦區政府《關于同意完善香花橋街道行政區劃調整方案的批復》（青府發[2005]59號）：一、白鶴鎮行政區劃范圍內原大盈鎮的東斜村、金米村、愛星村、東方村等4個整建制村和太聯村的1～10組10個村民小組劃入香花橋街道。二、趙巷鎮崧澤村第1、2、3、6、13、14村民小組；盈浦街道賀橋村第8、12、3、14村民小組，南厙村第1、2、3、4村民小組，天恩橋村第9、10、11、14村民小組；夏陽街道夏陽村第8村民小組，倉橋村第3村民小組等20個村民小組不劃入香花橋街道。三、香花橋街道的行政區域范圍為：東至重固鎮、趙巷鎮；南至盈浦街道、夏陽街道、趙巷鎮；西至江蘇省昆山市淀山湖鎮、盈浦街道；北至白鶴鎮、重固鎮。面積約69.45平方千米，總人口約8.14萬。四、完善香花橋街道的行政區調整方案后，由于涉及原趙巷鎮、白鶴鎮、盈浦街道、夏陽街道等的行政區域范圍和人口的變化，因此，以上現有各鎮和街道的行政區域范圍、人口等，也作相應的調整。具體如下：（1）白鶴鎮行政區域范圍為：東至重固鎮、華新鎮；南至香花橋街道；西至江蘇省昆山市淀山湖鎮、石浦鎮；北至江蘇省昆山市花橋鎮。面積約57.63平方千米，總人口約4.36萬。（2）趙巷鎮行政區域范圍為：東至徐涇鎮；南至松江區泗涇鎮、佘山鎮；西至夏陽街道、香花橋街道；北至華新鎮、重固鎮。面積約37.21平方千米，總人口約2.16萬。（3）夏陽街道行政區域范圍為：東至趙巷鎮、香花橋街道；南至松江區佘山鎮、天馬山鎮；西至朱家角鎮、盈浦街道；北至香花橋街道。面積約34.55平方千米，總人口約4.68萬。（5）盈浦街道行政區域范圍為：東和南至夏陽街道；西至朱家角鎮、江蘇省昆山市淀山湖鎮，北至香花橋街道。面積約17.11平方千米，總人口約4.98萬。2005年末，青浦區轄3個街道、8個鎮：夏陽街道、盈浦街道、香花橋街道、趙巷鎮、徐涇鎮、華新鎮、重固鎮、白鶴鎮、朱家角鎮、練塘鎮、金澤鎮，共有61個居委會、184個村委會。
2007年末，全區總面積670.14平方千米。戶籍人口45.7萬人，轄3個街道、8個鎮，70個居委會、184個行政村。
2010年第六次人口普查，青浦區常住總人口1081022人，其中：夏陽街道137321人，盈浦街道118708人，香花橋街道106830人，朱家角鎮94351人，練塘鎮68485人，金澤鎮67735人，趙巷鎮74409人，徐涇鎮127936人，華新鎮153203人，重固鎮39756人，白鶴鎮92288人。
2011年末，全區面積668.54平方千米（其中水域面積124.49平方千米），戶籍人口16.44萬戶46.33萬人，轄3個街道、8個鎮，88個居委會、184個行政村。
2012年末，青浦區面積670.14平方千米，常住人口116.98萬人，其中外來人口69.25萬人。轄3個街道、8個鎮：夏陽街道、盈浦街道、香花橋街道、朱家角鎮、練塘鎮、金澤鎮、趙巷鎮、徐涇鎮、華新鎮、重固鎮、白鶴鎮。共有88個居委會、184個行政村。區政府駐夏陽街道公園路100號。
2013年末，青浦區總面積668.54平方千米，其中水域面積121.18平方千米。戶籍人口46.74萬人；常住人口119.76萬人，其中外來人口73.5萬人。轄3個街道、8個鎮，97個居委會（比上年末增加9個）、184個行政村。