紅河縣因地處元江下游紅河，故名。西漢屬益州郡，東漢屬益州益州郡。三國蜀漢屬益州興古郡。兩晉及南朝梁屬寧州興古郡，北朝周屬南寧州。隋屬南寧州總管府。唐初屬嶺南道和蠻部，唐南詔國時屬通海都督。宋大理國屬秀山郡。元隸臨安廣西元江宣慰司和泥路、元江路。明清屬臨安府。清雍正八年（1730）7月，臨安府屬迤東道；乾隆三十一年（1766）10月，臨安府屬迤南道；光緒十三年（1887）10月，臨安府屬臨安開廣道。民國時期分屬元江、石屏、建水三縣。

1950年1月27日由元江縣所轄的迤薩、大興、騎馬3個鄉；石屏的思陀、瓦渣、落恐、左能、上方容、下方容6個鄉和建水縣永平（又名溪處）三猛、哈播、曼車獨立保等土司管區析置，設立紅河縣，隸屬蒙自專區。1951年1月10日，政務院批準：撤銷紅河縣，設立紅河縣愛尼族自治區（縣級）。1953年，撤銷紅河縣愛尼族自治區，恢復設立紅河縣。1954年1月，設立紅河哈尼族彝族自治區（地級），紅河縣劃入紅河哈尼族彝族自治區。1957年11月18日，紅河哈尼族彝族自治州正式成立，紅河縣劃入紅河哈尼族彝族自治州。

1955年4月29日，將紅河縣第六區（大興鎮）、第七區（騎馬壩）劃歸新設立的縣級六村辦事處。1984年12月5日國務院（國函字169號）批復：將紅河縣哈阿鄉梅普村劃歸元江哈尼族彝族傣族自治縣管轄。1987年2月23日，經中共云南省委、云南省人民政府批準：將紅河州紅河縣垤瑪、三村兩個區所轄12個鄉、131個自然村、157個合作社、4357戶、24238人、面積363.8平方千米，與思茅地區墨江哈尼族自治縣龍壩、那哈兩個區所轄14個鄉、177個自然村、4706戶、33589人、面積456平方千米合并成立黑樹林特區，為副縣級建制，設立中共黑樹林特區工委和黑樹林特區辦事處，由墨江代管。1988年5月，黑樹林特區撤銷，垤瑪、三村兩個區仍劃回紅河縣。

1996年，紅河縣面積2057.9平方千米，人口約25.4萬人，其中哈尼族占總人口的75%，彝族占14.4%。轄1個鎮、13個鄉：迤薩鎮、勐龍傣族鄉、甲寅鄉、石頭寨鄉、阿扎河鄉、洛恩鄉、寶華鄉、樂育鄉、浪堤鄉、大羊街鄉、車古鄉、架車鄉、垤瑪鄉、三村鄉�？h政府駐迤薩鎮。

2000年第五次人口普查，紅河縣常住總人口267627人，其中：違薩鎮15953人，勐龍傣族鄉13674人，甲寅鄉23239人，寶華鄉21684人，洛恩鄉22006人，石頭寨鄉14655人，阿扎河鄉34554人，樂育鄉21797人，浪堤鄉25774人，大羊街鄉18006人，車古鄉10608人，架車鄉17909人，垤瑪鄉13673人，三村鄉14095人。

2001年，全縣轄1個鎮、12個鄉、1個民族鄉：迤薩鎮、甲寅鄉、寶華鄉、洛恩鄉、石頭寨鄉、阿扎河鄉、樂育鄉、浪堤鄉、羊街鄉、車古鄉、架車鄉、垤瑪鄉、三村鄉、勐龍傣族鄉。

2005年10月13日，省政府批準同意紅河縣撤銷迤薩鎮和勐龍傣族鄉，設立新的迤薩鎮，鎮政府駐原勐龍傣族鄉勐甸村委會凹腰山。

2006年，紅河縣總面積2034平方千米，總人口28.24萬人。轄1個鎮、12個鄉：迤薩鎮、甲寅鄉、寶華鄉、洛恩鄉、石頭寨鄉、阿扎河鄉、樂育鄉、浪堤鄉、大羊街鄉、車古鄉、架車鄉、垤瑪鄉、三村鄉。共有3個居委會、88個行政村�？h政府駐迤薩鎮。

2010年第六次人口普查，紅河縣常住總人口296480人，其中：迤薩鎮35767人，甲寅鄉26194人，寶華鄉21891人，洛恩鄉23511人，石頭寨鄉16769人，阿扎河鄉39828人，樂育鄉23655人，浪堤鄉27859人，大羊街鄉19175人，車古鄉12769人，架車鄉20941人，垤瑪鄉14937人，二村鄉13184人。

2014年，迤薩鎮被列為全國重點鎮。