秦朝時地屬象群，東漢為合浦郡地。隋開皇九年（589）始置吳川縣。因吳川水在東北，故名。又名吳江。1994年5月26日，民政部批復（民行批[1994]84號）同意撤銷吳川縣，設立吳川市。

1996年，吳川市面積856.1平方千米，人口83.1萬人。轄4個街道、12個鎮：梅菉街道、大山江街道、博鋪街道、塘尾街道、黃坡鎮、中山鎮、吳陽鎮、板橋鎮、振文鎮、樟鋪鎮、長岐鎮、淺水鎮、罩巴鎮、蘭石鎮、王村港鎮、塘鎮。市政府駐梅菉。

2000年第五次人口普查，吳川市（轄5個街道、12個鎮）總人口822482人，其中：梅錄街道96519人，塘尾街道27695人，大山江街道20477人，博鋪街道13876人，海濱街道34111人，淺水鎮27651人，長岐鎮66344人，覃巴鎮66929人，王村港鎮18928人，振文鎮84065人，樟鋪鎮36608人，吳陽鎮72103人，塘鎮64249人，板橋鎮35740人，黃坡鎮83883人，中山鎮43041人，蘭石鎮30263人。

2002年，吳川市轄梅菉、博鋪、海濱、塘尾、大山江5個街道和蘭石、覃巴、吳陽、中山、黃坡、振文、樟鋪、板橋、塘、長岐、淺水、王村港12個鎮，159個村委會、28個居委會。

2005年末，吳川市轄梅菉、博鋪、海濱、塘尾、大山江5個街道和蘭石、覃巴、吳陽、黃坡、振文、樟鋪、塘、長岐、淺水、王村港10個鎮。

2009年末，吳川市面積848.5平方千米，轄5個街道、10個鎮，53個社區、139個行政村。市政府駐梅菉街道。