因縣西有鳳凰山，上有鳳凰營，故名。隋為辰溪縣地。唐置渭陽縣。宋廢渭入麻陽縣。元為五寨司，屬思州軍民安撫司。明分屬五寨、裡子坪2個長官司、均屬保靖州軍民宣慰使司。清康熙三十九年（1700）置鳳凰廳，1913年為鳳凰縣至今。

1996年，鳳凰縣面積1757平方千米，人口約34.8萬人，其中苗族占51%。轄9個鎮、22個鄉：沱江鎮、廖家橋鎮、木江坪鎮、阿拉營鎮、茶田鎮、吉信鎮、山江鎮、臘爾山鎮、禾庫鎮、水打田鄉、林峰鄉、都里鄉、七良橋鄉、官莊鄉、橋溪口鄉、落潮井鄉、新場鄉、黃合鄉、茨巖鄉、大田鄉、三拱橋鄉、竿子坪鄉、兩頭羊鄉、火爐坪鄉、千工坪鄉、木里鄉、麻沖鄉、板畔鄉、兩林鄉、柳薄鄉、米良鄉。縣政府駐沱江鎮。

2000年第五次人口普查，鳳凰縣總人口343878人，其中：沱江鎮44004人，廖家橋鎮17322人，木江坪鎮9572人，阿拉營鎮15921人，茶田鎮12307人，吉信鎮12260人，山江鎮11569人，臘爾山鎮15755人，禾庫鎮12783人，齊良橋鄉9952人，官莊鄉9385人，橋溪口鄉8218人，水打田鄉10077人，林峰鄉10117人，都里鄉9630人，落潮井鄉12553人，新場鄉12065人，茨巖鄉11202人，黃合鄉10663人，大田鄉5882人，三拱橋鄉8903人，竿子坪鄉8915人，兩頭羊鄉2290人，火爐坪鄉2060人，麻沖鄉9570 板畔鄉4547人，千工坪鄉12482人，木里鄉10590人，兩林鄉11495人，柳薄鄉7240人，米良鄉4549人。

2004年，鳳凰縣9個鎮、22個鄉：沱江鎮、廖家橋鎮、木江坪鎮、阿拉營鎮、茶田鎮、吉信鎮、山江鎮、臘爾山鎮、禾庫鎮、齊良橋鄉、官莊鄉、橋溪口鄉、水打田鄉、林峰鄉、都里鄉、落潮井鄉、新場鄉、茨巖鄉、黃合鄉、大田鄉、三拱橋鄉、竿子坪鄉、兩頭羊鄉、火爐坪鄉、麻沖鄉、板畔鄉、千工坪鄉、木里鄉、兩林鄉、柳薄鄉、米良鄉。

2005年，鳳凰縣調整鄉鎮行政區劃：撤銷1個鄉，將6個鄉、5個鎮合并設立5個鎮，調整2個鄉、1個鎮的部分行政區域，共減少7個鄉。具體調整如下：齊良橋鄉、沱江鎮合并設立沱江鎮，鎮政府駐鳳凰路；黃合鄉、阿拉營鎮合并設立阿拉營鎮，鎮政府駐阿拉營；橋溪口鄉、木江坪鎮合并設立木江坪鎮，鎮政府駐木江坪；板畔鄉、山江鎮合并設立山江鎮，鎮政府駐山江；火爐坪鄉、兩頭羊鄉、吉信鎮合并設立吉信鎮，鎮政府駐吉信；撤銷大田鄉，將其2個建制村劃入吉信鎮，其余5個建制村劃入三拱橋鄉；將木里鄉1個建制村劃入吉信鎮。2005年末，鳳凰縣轄9個鎮、15個鄉。

2010年，將鳳凰縣竿子坪鄉的灣溪、木林坪、牯牛坪、捧捧坳4個行政村劃歸吉首市乾州街道管轄。