因在馬村工人村而取名馬村區。始建于1956年10月3日，同年12月建立人民委員會。1957年12月30日馬村區、李封區同時改為郊區。1958年8月28日重設馬村區，轄待王、安陽城、百建房、馬村4個公社。1958年10月13日撤銷馬村區，建立馬村區公社。1962年2月14日重新恢復馬村區人民政府。1968年2月22日成立馬村區革命委員會。1980年9月撤銷馬村區革命委員會，建立馬村區人民政府。1985年馬村區下轄6個辦事處，即馬村辦事處、百間房辦事處、北山辦事處、九里山辦事處、馮營辦事處和待王辦事處，共有38個居委會、118個居民小組，分別散布在10個居民區內，即馬村工人、耐一家屬院、北山工人、田門工人、李莊工人、馮營工人、九里山礦居民區、九里山工人、演馬工人村和待王車站家屬院。1988年10月12日，焦作市城區區劃調整，將焦作市郊區的安陽城、九里山兩個鄉和待王鎮劃歸馬村區管轄，實行區帶鄉新體制。
　　1997年，馬村區面積121.9平方千米，人口13.1萬。轄4個街道、1個鎮、2個鄉。區政府駐工人村。
　　2000年第五次人口普查，全區總人口128842人，其中：馬村街道24164人、北山街道3866人、馮營街道12053人、九里山街道8891人、待王鎮33182人、安陽城鄉23396人、九里山鄉23290人。
　　？年，馬村區轄4個街道、1個鎮、2個鄉，14個社區、64個行政村：馬村街道、九里山街道、馮營街道、北山街道、待王鎮、安陽城鄉、九里山鄉。
　　2005年，馬村區鄉鎮區劃調整：撤銷待王鎮，設立待王街道辦事處，管轄原待王鎮行政區域，辦事處駐待王村；撤銷安陽城鄉，設立安陽城街道辦事處，管轄原安陽城鄉行政區域，辦事處駐前岳村；撤銷九里山鄉，設立演馬街道辦事處，管轄原九里山鄉行政區域，辦事處駐安陽城村。
　　截至2005年12月31日，馬村區轄7個街道：馬村街道、北山街道、九里山街道、馮營街道、待王街道（新增）、安陽城街道（新增）、演馬街道（新增）。