阿拉爾，維吾爾語意為“河洲”、“綠色的島嶼”，一說為蒙古語，是一種草的名字。1957年建場，原是新疆生產建設兵團民農一師最大的墾區—阿拉爾墾區的政治、經濟、文化、交通中心。1959年曾改名，1969年定現名。

2002年9月17日，國務院（國函[2002]81號）批復同意設立縣級阿拉爾市，市政府駐阿拉爾。阿拉爾市行政區域界線走向為：自東經81°52′56〞、北緯40°56′25〞起，自南偏西南至東經81°44′23〞、北緯40°44′08〞，再向南偏東南經塔里木河至東經81°58′04〞、北緯40°28′14〞，折向西沿塔南二干渠南側三千米，經和田河、沿塔南總干渠南側至上游水庫，沿上游水庫1.8億立方米庫容淹沒線向北至北壩線，沿北壩線外側100米向南偏東南至東經80°44′03〞、北緯40°27′17〞，然后向東略偏東北至阿克蘇河，沿阿克蘇河而上至阿克蘇河攔河閘，再沿塔北總干渠而下，至東經80°36′44〞、北緯40°39′48〞，斜向東北方向至多浪水庫北側，沿多浪水庫北側至塔北截洪排，沿塔北截洪排北側而下，折向東至起點。

2002年12月5日，召開阿拉爾市第一屆一次人民代表大會，選舉產生了阿拉爾市第一屆人大、政府。2004年1月19日，阿拉爾市人民政府正式掛牌成立。總面積3927.10平方千米，總人口151293人（2003年）。轄7團場、8團場、9團場、10團場、11團場、12團場、13團場、14團場、15團場、16團場、塔水處、水工處、塔農大、托喀依鄉。市政府駐市區阿拉爾大道。

2010年第六次人口普查，阿拉爾市常住總人口158593人，其中：金銀川路街道8039人，幸福路街道21942人，青松路街道4596人，南口街道6656人，托喀依鄉3728人，兵團七團11260人，兵團八團9922人，兵團十團15698人，兵團十一團9915人，兵團十二團12829人，兵團十三團18422人，兵團十四團7749人，兵團十六團13158人，兵團農一師水利水電工程處2544人，兵團農一師塔里木灌溉水利管理處5706人，阿拉爾農場6429人。

2013年1月23日，《新疆維吾爾自治區人民政府關于同意阿克蘇市、阿瓦提縣、柯坪縣部分行政區劃調整及設立金銀川鎮的批復》（新政函[2013]17號）同意將阿克蘇市802.733平方公里、阿瓦提縣474.208平方公里、柯坪縣61.798平方公里區域（共1338.739平方公里）劃歸阿拉爾市管轄，設立金銀川鎮，鎮政府駐一師一團團部。調整后，阿拉爾市市域面積將達到5200余平方公里。金銀川建鎮后將按照“團鎮合一”的模式管理。