先秦為古滇國屬地。西漢元鼎六年（公元前111），設(shè)毋單縣于今華寧縣盤溪，隸牂牁郡。元封二年（公元前109）改隸益州郡。三國蜀漢屬益州興古郡。西晉屬寧州興古郡。東晉成帝時(shí)（公元326～334），今華寧縣地大部屬寧州梁水郡之梁水縣，郡縣同治于今江川縣舊州。南朝宋至梁，今華寧大部均為寧州梁水郡梁水縣，且毋單縣（縣治一直在盤溪）與梁水縣并存。北朝周屬南寧州。隋開皇十三年（593）于味縣（今曲靖）置南寧州總管府，今華寧屬南寧州總管府。開皇十七年（597）撤南寧州總管府。

唐武德元年（618）開南中，復(fù)置南寧州（治所在今曲靖。兩晉南北朝期間曾有寧州建置）。七年（624），從南寧州內(nèi)分置西寧州，貞觀八年（634）改西寧州為黎州，州治設(shè)在今江川舊州，領(lǐng)梁水（今華寧縣和江川縣大部）和絳（今江川縣龍街一帶）兩縣。天寶七年（748），梁水縣地為南詔步雄部，繼為爨人所據(jù)。當(dāng)時(shí)世居龍畝（即今華寧縣新城鄉(xiāng)龍畝）的土著豆圭部族已相當(dāng)強(qiáng)盛，爨人首領(lǐng)阿幾無力控制，遂將浪廣（今江川縣大街一帶）割給豆圭，稱寧部。豆圭后裔筑城于今華寧縣城西北數(shù)百米的下村，稱作“西沙籠”（彝語，意為“孫子之城”）。寧部一直沿襲下來，經(jīng)五代乃至宋。宋大理國時(shí)期為秀山郡寧部。

元憲宗四年（1254），設(shè)寧州萬戶，領(lǐng)嶍峨（峨山）、馬籠（新平）千戶，萬戶府設(shè)于西沙籠。至元十三年（1276），改寧州萬戶為寧海府，隸臨安路（路治在今建水），府治移至今江川縣舊州。同年，改寧海府為寧州，同時(shí)設(shè)西沙縣（縣治在西沙籠）。至元二十六年（1289）西沙縣改屬寧州，降嶍峨州為縣改屬寧州。至元二十七年（1280）通海縣直屬臨安路，后復(fù)屬寧州。至治二年（1322），將西沙縣并入寧州。至正二十八年（1368），州治移至西沙籠。寧州轄通海、嶍峨二縣，隸臨安路。

明洪武十五年（1382），復(fù)設(shè)西沙縣屬寧州，通海、嶍峨二縣劃出同寧州直屬臨安府。尋省西沙縣并入寧州。弘治十六年（1503）寧州改流，正德三年（1608）復(fù)設(shè)土官，嘉靖元年（1522）又改流。土州同嘉靖元年（1522）降土知州置，自龍畝移駐甸尾。清初沿明制，為寧州，屬臨安府。雍正八年（1730）7月，臨安府屬迤東道。乾隆三十一年（1766）10月，臨安府屬迤南道。光緒十三年（1887）10月，臨安府屬臨安開廣道。

民國2年（1913）4月，廢州改縣，寧州改稱寧縣。民國3年（1914）1月，因與甘肅省寧縣同名，改稱黎縣（以唐代曾設(shè)黎州而名），屬蒙自道。民國18年（1929），裁道直屬省。民國20年（1931）12月，改稱華寧縣。以縣城緊靠西北面之華蓋山，山上有寧壽寺，又曾稱寧州，取華蓋山、寧壽寺首字。民國37年（1948），屬云南省第三行政督察區(qū)（駐彌勒縣）。

1949年12月23日，華寧縣和平解放。1950年1月25日，華寧縣人民政府成立，屬玉溪專區(qū)。1958年10月，華寧縣與杞麓縣合并稱通海縣，縣城駐原通海縣秀山鎮(zhèn)，隸屬玉溪專區(qū)。1959年10月華寧縣從通海縣分出，恢復(fù)華寧縣建置。1970年，華寧縣屬玉溪地區(qū)。1984年，全縣轄2鎮(zhèn)、7區(qū)、69個(gè)鄉(xiāng)。1997年，華寧縣屬地級(jí)玉溪市。

1950年9月，將華寧縣寧海、維新兩鎮(zhèn)共149平方千米劃歸江川縣。1953年2月，將華寧縣興義鄉(xiāng)（包括新寨、香樹營、義廣哨、大義廣、馬家灣、窯沖、四家村）共21平方千米劃歸通海縣。1956年1月，將華寧縣雄關(guān)、麥沖、上壩、中壩4鄉(xiāng)共161平方千米劃歸江川縣，彌勒縣西山區(qū)的山后村共0.2平方千米劃入華寧縣。1957年12月，將澄江縣大村鄉(xiāng)17個(gè)自然村，面積27平方千米劃入華寧縣。將原屬華寧縣青龍區(qū)海關(guān)鄉(xiāng)的官莊、矣馬村、馬吃水、紅坡等自然村，將祿豐區(qū)、革列鄉(xiāng)的石龍、石門、官地、海口河等8個(gè)自然村，劃歸澄江縣新村區(qū)海口鄉(xiāng)、松園鄉(xiāng)分別管理，人口325戶，1700人土地面積約19平方千米。

1984年，全縣轄2鎮(zhèn)、7區(qū)、69個(gè)鄉(xiāng)。1997年，華寧縣轄3個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)：寧州鎮(zhèn)、青龍鎮(zhèn)、盤溪鎮(zhèn)、城郊鄉(xiāng)、祿豐鄉(xiāng)、新城鄉(xiāng)、通紅甸彝族苗族鄉(xiāng)、盤溪彝族鄉(xiāng)、華溪彝族鄉(xiāng)。縣政府駐寧州鎮(zhèn)。1998年11月19日，云政復(fù)[1998]110號(hào)：撤銷華寧縣城郊鄉(xiāng)、新成鄉(xiāng)、盤溪彝族鄉(xiāng)和祿豐鄉(xiāng)，原城郊鄉(xiāng)和新城鄉(xiāng)的行政區(qū)域劃歸寧州鎮(zhèn)管轄，原盤溪彝族鄉(xiāng)的行政區(qū)域劃歸盤溪鎮(zhèn)管轄，原祿豐鄉(xiāng)的行政區(qū)域劃歸青龍鎮(zhèn)管轄。1999年，華溪鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，華寧縣常住總?cè)丝?96519人，其中：寧州鎮(zhèn)73303人，盤溪鎮(zhèn)50395人，華溪鎮(zhèn)12728人，青龍鎮(zhèn)50049人，通紅甸彝族苗族鄉(xiāng)10044人。

2000年末，華寧縣轄寧州、盤溪、青龍、華溪4鎮(zhèn)和通紅甸鄉(xiāng)，下設(shè)77個(gè)村委會(huì)。全縣總?cè)丝?9.8萬人，其中農(nóng)業(yè)人口17.91萬人，非農(nóng)業(yè)人口1.89萬人。漢族及彝（4.0萬人）、回（0.7萬人）、苗（0.4萬人）4種民族為世居民族，少數(shù)民族人口5.36萬人，占總?cè)丝诘?7.07%。

2005年12月末，全縣轄4個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)民族鄉(xiāng)：寧州鎮(zhèn)、盤溪鎮(zhèn)、華溪鎮(zhèn)、青龍鎮(zhèn)、通紅甸彝族苗族鄉(xiāng)。共有73個(gè)村委會(huì)、4個(gè)社區(qū)、1個(gè)居委會(huì)。

2010年第六次人口普查，華寧縣常住總?cè)丝?14650人，其中：寧州鎮(zhèn)83213人，盤溪鎮(zhèn)53677人，華溪鎮(zhèn)13785人，青龍鎮(zhèn)55059人，通紅甸鄉(xiāng)8916人。

2011年，撤銷寧州鎮(zhèn)，設(shè)立寧州街道。調(diào)整后，華寧縣轄1個(gè)街道、3個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)民族鄉(xiāng)：寧州街道、盤溪鎮(zhèn)、華溪鎮(zhèn)、吉龍鎮(zhèn)、通紅甸彝族苗族鄉(xiāng)。縣政府駐寧州街道。