春秋時期，新邱屬東胡地。戰(zhàn)國屬燕國。秦屬遼西部，不久成為匈奴左賢王領地。三國時期，新邱全境歸鮮卑慕容部。自南北朝以后，經(jīng)隋、唐、宋，一直為契丹活動地區(qū)。元屬懿州。

明為營州左屯衛(wèi)地，旋廢入泰寧衛(wèi)。清時，先后屬土默特左翼游牧地、塔子溝東境地、三座塔廳地、朝陽地。1946年設新邱區(qū)公所，屬阜新縣。1958年建阜新市第三區(qū)，1959年改新邱區(qū)。

1996年，新邱區(qū)面積24.5平方千米，人口約8.3萬人。轄4個街道：街基街道、北部街道、中部街道、南部街道。

2000年第五次人口普查，新邱區(qū)常住總人口65293人，其中：街基街道20283人，中部街道18426人，北部街道19807人，南部街道6777人。

2002年4月27日，國務院（國函[2002]33號）批復同意調(diào)整阜新市部分行政區(qū)劃：將細河區(qū)的長營子鎮(zhèn)劃歸新邱區(qū)管轄。

2002年6月，新邱區(qū)面積127.93平方千米，人口約9.43萬人。轄4個街道、1個鎮(zhèn)：街基街道、北部街道、中部街道、南部街道、長營子鎮(zhèn)。共有25個社區(qū)、16個行政村。區(qū)政府駐新邱大街53號。

2010年第六次人口普查，新邱區(qū)常住總人口81816人，其中：興隆街道20229人，中興街道11859人，益民街道11784人，新發(fā)街道11553人，長營子鎮(zhèn)26391人。