本溪之名以境內的本溪湖故名。戰國屬燕，秦、漢、魏、晉時屬遼東郡，唐屬安東都護府，清屬奉天府。1948年建本溪市，1949年由東北行政委員會直轄，1952年改為中央直轄市，1954年屬遼寧省。
　　1984年，復設南芬區，立新區更名為明山區。1989年6月29日，撤銷本溪縣，設立本溪滿族自治縣。1989年9月7日，撤銷桓仁縣，設立桓仁滿族自治縣。1993年3月15日，遼寧省人民政府批準：設立本溪經濟技術開發區，以溪湖區部分行政區域為本溪經濟技術開發區管轄區域【注：非正式行政區劃，行使部分行政區職能，管委會駐溪湖區石橋子鎮】。
　　1997年，全市面積8438.2平方千米，人口158萬人。轄平山、明山、溪湖、南芬4區和本溪、桓仁2個滿族自治縣。
　　1998年，遼寧省政府（遼政[1998]11號）批準設立本溪市溪湖區張其寨鄉，其行政區域為張其寨畜牧場所轄區域。1998年，設立桓仁滿族自治縣城區街道，不是正式的街道，但行使部分街道的功能，轄有社區。1999年（？），撤銷溪湖區柳塘街道、河沿街道、水泥街道和明山區體育場街道、張家堡街道；設立明山區新明街道。
　　2000年第五次全國人口普查，本溪市總人口1567408人。其中：平山區356430人、溪湖區223735人、明山區311615人、南芬區88289人、本溪縣293834人、桓仁縣293505人。
　　2002年1月10日，遼寧省政府（遼政[2002]15號）批準本溪市調整部分鄉鎮行政區劃：一、平山區：撤銷北臺鎮，將其原所轄的富家、嶺下、梨溝3個村劃入橋頭鎮；將北臺鎮原其余所轄的2個村委會、3個社區居委會，改設北臺街道辦事處。二、明山區：撤銷牛心臺鎮，將其原所轄的大南、大濃湖、金坑3個村劃入臥龍鎮；區劃調整后，將牛心臺鎮其余原所轄的4個社區居委會和3個村，改設牛心臺街道辦事處。三、溪湖區：同意撤銷東風鎮，改設東風街道辦事處；撤銷火連寨回族滿族鎮，設立火連寨鎮。四、南芬區：撤銷下馬塘滿族鎮，設立下馬塘鎮。五、本溪滿族自治縣：撤銷小市鎮、山城子鎮，合并設立小市鎮；撤銷清河城鎮、富家樓子鄉，合并設立清河城鎮。六、桓仁滿族自治縣：撤銷桓仁鎮、四道河子鄉、六道河子朝鮮族鄉，合并設立桓仁鎮；撤銷拐磨子朝鮮族鎮，設立拐磨子鎮；撤銷普樂堡朝鮮族鎮，設立普樂堡鎮。截止2002年2月，全市轄4個區、2個自治縣，23個街道、12個鄉、28個鎮，388個村、220個社區。
　　2005年8月3日，遼寧省政府《關于同意調整桓仁滿族自治縣部分行政區劃的批復》（遼政[2005]210號）：同意撤銷桓仁滿族自治縣四平鄉、二棚甸子鎮，合并設立二棚甸子鎮，鎮政府駐地東風社區，區域面積314平方千米，轄6個社區，8個行政村。
　　2006年5月8日，遼寧省政府下發《關于同意調整本溪市部分鄉鎮行政區劃的批復》（遼政[2006]94號）批準：（1）本溪滿族自治縣撤銷高官鄉、偏嶺鎮，合并設立高官鎮；撤銷泉水鎮、小市鎮，合并設立小市鎮，將原泉水鎮富城峪村民組劃歸清河城鎮城西村；撤銷蘭河峪鄉，將原蘭河峪鄉蘭河峪村、城門村劃歸堿廠鎮；原蘭河峪鄉新城子村、南營坊村劃歸東營坊鄉。（2）桓仁滿族自治縣撤銷木盂子鎮、鏵尖子鎮、二戶來鎮，合并設立華來鎮；撤銷業主溝鄉、拐磨子鎮，合并設立古城鎮。（3）南芬區撤銷南芬鄉，設立郭家街道辦事處。（4）明山區撤銷臥龍鎮，設立臥龍街道辦事處。通過此次鄉鎮規模調整，全市鄉鎮總數由39個（28個鎮、11個鄉）減少到31個（24個鎮、7個鄉），同時街道辦事處由23個增加到25個。鄉鎮轄區面積平均在200平方千米以上，最大的達600多平方千米，平均人口在2萬人以上。
2007年7月7日，本溪市人民政府批準，設立桓仁五女山經濟資源開發區，屬市級開發區，其管理委員會是桓仁滿族自治縣人民政府的派出機構。