1958年辟為廈門工業區，1978年改杏林區。1996年，杏林區面積234平方千米，人口約19萬人，轄杏林1個街道和杏林、海滄、東孚3個鎮，區政府駐杏林街道。

2000年第五次人口普查，杏林區常住總人口227007人，其中：杏林街道56433人，杏林鎮84092人，東孚鎮27434人，海滄鎮59048人。

2002年9月，省政府（閩政文[2002]269號）同意調整杏林區部分行政區劃：劃出杏林鎮新杏村、霞陽村和東孚鎮祥露村歸海滄鎮管轄。

2003年4月26日，國務院批準同意將廈門市杏林區的杏林街道辦事處和杏林鎮劃歸廈門市集美區管轄，杏林區更名為海滄區。區政府駐地由杏林南路29號遷至海滄鎮。全區轄海滄、東孚2個鎮。

2004年末，海滄區轄海滄、東孚兩鎮，共28個行政村、2個居委會，總人口142966人，其中戶籍人口93855人，流動人口49111人。海滄鎮面積100平方千米，戶籍人口112233人，轄海滄、海發2個社區和吳冠、石塘、鐘山、東嶼、漸美、溫厝、囷瑤、海滄、青礁、后井、錦里、貞庵、古樓、新垵、霞陽、祥露16個行政村。東孚鎮面積73.6平方千米，戶籍人口30733人，轄東埔、山邊、寨后、過坂、東瑤、鼎美、后柯、蕓尾、鳳山、貞岱、蓮花、洪塘12個行政村。

2006年1月25日，省政府（閩政文[2006]53號）批復同意撤銷海滄鎮，設立海滄、新陽2個街道（3月29日正式掛牌成立）。調整后，海滄街道轄海滄、敖冠、鐘山、溫厝、海發5個社區和海滄、石塘、東嶼、貞庵、漸美、后井、錦里、囷瑤、青礁9個行政村，街道辦事處駐新大街29號；新陽街道轄祥露、霞陽2個社區和新垵1個行政村，街道辦事處駐翁角路616號。

2010年第六次人口普查，海滄區常住總人口288739人，其中：海滄街道145958人，新陽街道97096人，東孚鎮41373人，第一農場2052人，海滄農場2168人，天竺山林場61人，出口加工區31人。

2014年12月31日，市政府（廈府[2014]372號）批復同意將海滄街道分設為海滄、嵩嶼兩個街道。調整后，海滄街道辦事處駐新大街29號，轄海滄、溫厝、海興3個社區，青礁、囷瑤、錦里、后井、漸美5個行政村和古樓農場、海滄農場；嵩嶼街道辦事處駐濱湖北二路1號濱湖大廈，轄鰲冠、東嶼、鐘山、海發、海達、海翔、海虹、未來海岸、北附小9個社區和石塘、貞庵2個行政村。

2015年1月22日，省政府批復同意（閩政文[2015]19號）撤銷東孚鎮，設立東孚街道。至此，全區轄4個街道：海滄街道、新陽街道、嵩嶼街道、東孚街道。