春秋時期，今浦口區(qū)域先屬楚國棠邑，后入?yún)恰?zhàn)國初，吳亡入越，越亡復(fù)歸于楚。秦至東漢末年，區(qū)境先后隸屬九江郡、臨淮郡、廣陵郡的棠邑縣（后改堂邑縣）。三國時，區(qū)境先屬魏，后屬吳。晉太康六年（285年），于區(qū)境西南置烏江縣，治烏江鎮(zhèn)，隸揚州淮南郡，領(lǐng)今珠江以西地區(qū)。西晉永嘉元年（307年），于今泰山鎮(zhèn)范圍內(nèi)置宣化鎮(zhèn)。東晉隆安元年（397年），改棠邑為尉氏縣，今珠江以東地區(qū)、宣化鎮(zhèn)隸屬秦郡尉氏縣。
南朝梁天監(jiān)元年（502年），分尉氏為堂邑、尉氏兩縣。區(qū)境屬尉氏縣。陳太建元年（569年），地入北齊；五年，“江浦”作為地名載入《南史》。隋開皇三年（583年），宣化鎮(zhèn)改稱六合鎮(zhèn)。四年，廢尉氏、堂邑、方山三縣，置六合縣。區(qū)境分屬和州烏江縣、方州六合縣（原尉氏縣）、滁州新昌縣。十八年，新昌縣改為清流縣。唐初，區(qū)境分屬淮南道和州烏江縣、揚州六合縣、滁州清流縣。景龍三年（709年），分清流縣置永陽縣。南唐升元二年（938年），改永陽縣為來安縣。
北宋太宗至南宋紹興年間，區(qū)境分屬淮南西路和州烏江縣及淮南東路真州六合縣、滁州來安縣。元代，區(qū)境分屬河南江北行省廬州路和州烏江縣及揚州路真州六合縣、滁州來安縣。明初，省烏江縣入和州，屬廬州府；省來安縣入滁州，屬鳳陽府；六合縣改屬揚州府。洪武九年（1376）六月，劃和州遵教、懷德、任豐、白馬4鄉(xiāng)及六合縣孝義鄉(xiāng)和滁州豐城鄉(xiāng)、和州一部分置江浦縣，隸屬南直隸應(yīng)天府，縣治設(shè)在浦子口城內(nèi)（今東門大街）。從此，區(qū)境分屬應(yīng)天府的江浦縣、揚州府六合縣。洪武二十二年，六合縣亦改屬應(yīng)天府。
清順治二年（1645年），改應(yīng)天府為江寧府，區(qū)境分屬江南省江寧府的江浦、六合兩縣。咸豐八年（1858）即天歷戊午八年，太平天國以江浦縣為省治，設(shè)天浦省。同治三年（1864年），復(fù)屬江寧府的江浦、六合兩縣。民國元年（1912年），江蘇省行政公署成立，江浦直屬于省。民國三年，區(qū)境屬金陵道。民國16年，國民政府遷都南京，廢道，改行省、縣二級制，江浦復(fù)屬省，將浦口商埠區(qū)域由江浦縣劃屬南京市。民國22年，江浦改屬省第九行政督察區(qū)，浦口商埠區(qū)域改建為南京市第八區(qū)。民國24年，江浦屬第十行政督察區(qū)。
民國26年，原浦口區(qū)域復(fù)屬江浦、六合兩縣。民國30年起，江浦改屬江蘇省第五行政督察區(qū)。民國35年后，原浦口區(qū)域恢復(fù)為南京市第八區(qū)建制。民國37年（1948年）11月，中共江淮區(qū)黨委建立江全督導(dǎo)室；民國38年1月，改稱江全辦事處，隸屬江淮第五專員公署。2月，中共華東局撤銷江全辦事處，成立江浦縣政府。（以上根據(jù)網(wǎng)絡(luò)資料略有改動）
1949年4月25日，浦口解放后，江浦縣所屬的浦鎮(zhèn)、東門鎮(zhèn)劃歸南京市，與原浦口并建為南京市兩浦區(qū)。6月2日，復(fù)稱南京市第八區(qū)。1950年6月15日，南京市重新劃區(qū)，第八區(qū)改為第七區(qū)。1955年8月3日，第七區(qū)改名浦口區(qū)，以駐地浦口鎮(zhèn)得名。
1949年4月21日，江浦全境解放，成立江浦縣人民政府，與全椒分治；5月劃歸安徽皖北行署區(qū)滁州專區(qū)。1953年1月，江浦由安徽省劃回江蘇省，屬揚州專區(qū)。1956年2月劃屬鎮(zhèn)江專區(qū)。1957年1月屬揚州專區(qū)。1958年7月屬南京市。1962年6月屬揚州專區(qū)。1966年3月屬六合專區(qū)。1971年3月，六合專區(qū)撤銷，復(fù)屬南京市。
1989年，撤銷頂山鄉(xiāng)，設(shè)立頂山鎮(zhèn)。1992年12月，撤銷城東鄉(xiāng)，并入珠江鎮(zhèn)。1995年，撤銷南門鎮(zhèn)并入頂山鎮(zhèn)。1996年，浦口區(qū)轄1個街道、4個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)：浦口街道、泰山鎮(zhèn)、頂山鎮(zhèn)、沿江鎮(zhèn)、盤城鎮(zhèn)、永豐鄉(xiāng)；江浦縣轄7個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：珠江鎮(zhèn)、橋林鎮(zhèn)、石橋鎮(zhèn)、烏江鎮(zhèn)、星甸鎮(zhèn)、湯泉鎮(zhèn)、永寧鎮(zhèn)、大橋鄉(xiāng)、陡崗鄉(xiāng)、林山鄉(xiāng)、龍山鄉(xiāng)、建設(shè)鄉(xiāng)。1998年，撤銷林山鄉(xiāng)，設(shè)立烏江鎮(zhèn)。2000年，撤銷建設(shè)鄉(xiāng)并入珠江鎮(zhèn)，撤銷陡崗鄉(xiāng)并入橋林鎮(zhèn)。
2000年第五次人口普查，浦口區(qū)常住總?cè)丝?24112人，其中：浦口街道42814人、泰山鎮(zhèn)59828人、頂山鎮(zhèn)42489人、沿江鎮(zhèn)24839人、盤城鎮(zhèn)21601人、永豐鄉(xiāng)13825人、珍珠泉旅游度假區(qū)2481人、南京高新區(qū)16235人。江浦縣總?cè)丝?92641人，其中：珠江鎮(zhèn)100997人、橋林鎮(zhèn)40041人、永寧鎮(zhèn)42015人、湯泉鎮(zhèn)21805人、星甸鎮(zhèn)36094人、烏江鎮(zhèn)19540人、石橋鎮(zhèn)23499人、老山林場虛擬鎮(zhèn)5637人、湯泉農(nóng)場3013人。
2002年4月3日，國務(wù)院批準(zhǔn)：撤銷南京市浦口區(qū)和江浦縣，設(shè)立新的南京市浦口區(qū)，以原浦口區(qū)和原江浦縣的行政區(qū)域為浦口區(qū)的行政區(qū)域。區(qū)人民政府駐珠江鎮(zhèn)。同年5月，南京市調(diào)整江北地區(qū)行政區(qū)劃，江浦縣、浦口區(qū)合并，正式成立新的浦口區(qū)。
2002年，撤銷頂山鎮(zhèn)，設(shè)立頂山街道。2003年，永豐鄉(xiāng)并入盤城鎮(zhèn)。區(qū)劃調(diào)整后，浦口區(qū)轄3個街道、8個鎮(zhèn)：泰山街道、頂山街道、沿江街道、盤城鎮(zhèn)、珠江鎮(zhèn)、橋林鎮(zhèn)、石橋鎮(zhèn)、烏江鎮(zhèn)、星甸鎮(zhèn)、湯泉鎮(zhèn)、永寧鎮(zhèn)。
2006年3月26日，正式撤銷珠江鎮(zhèn)，設(shè)立江浦街道，轄13個居委會、16個村，人口10萬多人。同年，經(jīng)區(qū)政府批準(zhǔn)，新成立社區(qū)居民委員會2個，新增村委會、居委會合署的社區(qū)居委會5個。2006年末，全區(qū)轄浦口區(qū)轄4個街道、7個鎮(zhèn)：泰山街道、頂山街道、沿江街道、江浦街道、橋林鎮(zhèn)、永寧鎮(zhèn)、湯泉鎮(zhèn)、星甸鎮(zhèn)、石橋鎮(zhèn)、烏江鎮(zhèn)、盤城鎮(zhèn)。全區(qū)共有社區(qū)88個，村委會105個（其中村居合署20個）。
2007年，盤城鎮(zhèn)、湯泉鎮(zhèn)、橋林鎮(zhèn)撤鎮(zhèn)設(shè)立街道。行政區(qū)劃調(diào)整后，浦口區(qū)轄7個街道、4個鎮(zhèn)：泰山街道、頂山街道、沿江街道、江浦街道、盤城街道、湯泉街道、橋林街道、永寧鎮(zhèn)、星甸鎮(zhèn)、石橋鎮(zhèn)、烏江鎮(zhèn)。
2010年第六次人口普查，浦口區(qū)常住總?cè)丝?10298人，其中：泰山街道165706人，頂山街道47082人，沿江街道66329人，江浦街道164891人，橋林街道42718人，湯泉街道26950人，盤城街道69815人，永寧鎮(zhèn)44546人，星甸鎮(zhèn)32784人，石橋鎮(zhèn)25222人，烏江鎮(zhèn)24255人。
2011年3月15日，江蘇省政府（蘇政復(fù)[2011]12號）批復(fù)同意將永寧鎮(zhèn)花旗村劃歸泰山街道管轄。調(diào)整后，永寧鎮(zhèn)面積101.51平方千米，人口3.81萬人，轄1個居委會、10個行政村；泰山街道面積48.82平方千米，人口10.08萬人，轄14個居委會、1個行政村。
2012年8月，浦口區(qū)調(diào)整部分行政區(qū)劃：烏江鎮(zhèn)與橋林街道合并設(shè)立新的橋林街道，石橋鎮(zhèn)、星甸兩鎮(zhèn)合并設(shè)立星甸街道，將原星甸鎮(zhèn)萬隆居委會西至繞鎮(zhèn)公路、北至湯泉街道辦事處瓦殿村、東至龍華居委會、南至解放橋居委會的區(qū)域（新金居委會）以及龍山、龍井、龍華3個居委會和大黃村委會劃歸湯泉街道管理。2013年6月17日，撤銷永寧鎮(zhèn)，設(shè)立永寧街道（蘇政復(fù)[2013]55號）。