東晉義熙元年（405年）置宿預縣。唐寶應元年（762年）避代宗諱改今名。以春秋時宿國人遷此，故名。1987年，撤銷宿遷縣，設立宿遷市。

1996年7月19日，國務院批準，撤銷縣級宿遷市，設立地級宿遷市。將淮陰市的沭陽、泗陽、泗洪3縣劃歸宿遷市管轄。宿遷市設立宿豫縣和宿城區。宿豫縣轄原縣級宿遷市的順河、耿車、皂河、埠子、大興、來龍、蔡集、王官集8個鎮和駱馬湖、龍河、關廟、黃墩、陸集、羅圩、丁嘴、保安、曹集、曉店、塘湖、仰化、三棵樹、侍嶺、新莊、洋北、桌圩、趙埝、南蔡19個鄉。宿城區轄原縣級宿遷市的宿城鎮和井頭、支口、雙莊、果園4個鄉。

2004年，撤銷宿豫縣，設立宿遷市宿豫區。宿豫區轄原宿豫縣的順河、皂河、大興、來龍、蔡集、王官集、黃墩、曉店、陸集、仰化、丁嘴、關廟、新莊、侍嶺14個鎮和曹集、保安2個鄉以及宿城區的井頭鄉，區政府駐順河鎮。將原宿豫縣的耿車鎮、埠子鎮、洋北鎮、龍河鎮、羅圩鄉、南蔡鄉、三棵樹鄉和泗陽縣的洋河鎮、鄭樓鎮、中揚鎮、倉集鎮、屠園鄉以及泗洪縣的陳集鎮劃歸宿城區管轄。調整后，宿城區轄雙莊、耿車、埠子、洋北、龍河、洋河、鄭樓、中揚、倉集、陳集10個鎮和幸福、項里、河濱、古城4個街道及羅圩、南蔡、三棵樹、屠園4個鄉。區政府駐中山路。調整后，宿豫區由原宿豫縣的23個鄉鎮減少為17個，總面積由1585平方千米減少為1254平方千米，總人口由96萬人減少為68萬人；宿城區由原來的1鎮、1鄉、4個街道增加為10個鎮、4個鄉、4個街道，總面積由原來的136平方千米擴大到854平方千米，總人口由原來的25萬人增加到81萬人；泗陽縣鄉鎮總數由23個減少為18個，總面積由1726平方千米減少為1418平方千米，總人口由117萬人減少為94萬人；泗洪縣鄉鎮總數由26個減少為25個，總面積由2810平方千米減少為2731平方千米，總人口由100萬人減少為95萬人（此處面積、人口數據根據當時相關新聞報道）。調整前，宿城區面積130平方千米，人口26萬人；宿豫縣位于總面積1163平方千米，人口68萬人；沭陽縣位于總面積2299平方千米，人口172萬人；泗陽縣位于總面積1362平方千米，人口116萬人；泗洪縣位于總面積2206平方千米，人口102萬人（此處面積、人口數據根據《簡冊（2004）》。

2004年末，全市總人口521.39萬人。2009年末，全市總面積8341平方千米，常住人口472.51萬人，其中城鎮人口178.14萬人。

附：《江蘇省政府關于調整宿遷市部分行政區劃的通知》（蘇政發[2004]28號 2004年2月25日）
各市、縣人民政府，省各委、辦、廳、局，省各直屬單位：
　　經國務院批準，對宿遷市部分行政區劃進行調整。現通知如下：
　　一、撤銷宿豫縣，設立宿遷市宿豫區。宿豫區轄原宿豫縣的順河、皂河、大興、來龍、蔡集、王官集、黃墩、曉店、陸集、仰化、丁咀、關廟、新莊、侍嶺14個鎮和曹集、保安2個鄉以及宿城區的井頭鄉。區人民政府駐順河鎮。
　　二、將原宿豫縣的耿車鎮、埠子鎮、洋北鎮、龍河鎮、羅圩鄉、南蔡鄉、三棵樹鄉和泗陽縣的洋河鎮、鄭樓鎮、中揚鎮、倉集鎮、屠園鄉以及泗洪縣的陳集鎮劃歸宿城區管轄。調整后，宿城區轄幸福、項里、河濱、古城4個街道和雙莊、耿車、埠子、洋北、龍河、洋河、鄭樓、中揚、倉集、陳集10個鎮以及羅圩、南蔡、三棵樹、屠園4個鄉。區人民政府駐中山路。
　　上述行政區劃調整涉及的各類機構要按照“精簡、統一、效能”的原則設置，所需人員編制和經費由宿遷市自行解決。