“瑪多”藏語意為“黃河上游”。古為羌地，唐屬羈縻州轄地，后屬吐蕃，明屬朵甘行都指揮使司，明末清初屬和碩特蒙古政權(quán)轄地，清屬上郭羅克百戶轄地，隸四川松潘鎮(zhèn)漳臘管轄，民國三十年（1941年）置哈姜設(shè)治局，民三十二年（1943年）并入星川設(shè)治局。1950年解放后分屬達日縣和甘德縣轄。1957年由達日縣、甘德縣析置瑪多縣。1959年劃歸海南藏族自治州管轄，1962年復(fù)歸果洛藏族自治州。

1999年末，瑪多縣面積25253平方千米，人口10717人（根據(jù)青海省志），轄6個鄉(xiāng)�？h政府駐瑪查里（黑河鄉(xiāng)境內(nèi)）。

2000年第五次人口普查，瑪多縣總?cè)丝?0890人，其中：黃河鄉(xiāng)1900人，黑河鄉(xiāng)1642人，扎陵湖鄉(xiāng)1564人，花石峽鄉(xiāng)1868人，黑海鄉(xiāng)1068人，清水鄉(xiāng)765人，瑪查理未批鎮(zhèn)2083人。

2001年3月5日，青海省政府青政函[2001]14號文批復(fù)：撤銷清水、花石峽、黑海3鄉(xiāng)，合并設(shè)立花石峽鎮(zhèn)（鎮(zhèn)政府駐地設(shè)在原花石峽鄉(xiāng)）。調(diào)整后，瑪多縣轄1個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)：花石峽鎮(zhèn)、黃河鄉(xiāng)、黑河鄉(xiāng)、扎陵湖鄉(xiāng)。

2001年末，瑪多縣轄1個鎮(zhèn)、3個鄉(xiāng)、1個國營牧場，共有34個牧委會�；ㄊ瘝{鎮(zhèn)駐花石峽，轄措柔、卓蘭、東澤、造日埂、日謝、日榜、吉日邁、加木恩、豆措、那爾扎、維日埂、扎地、哲合邁、斗地、斗納、加果16個牧委會。黃河鄉(xiāng)駐熱江坎多，轄江旁、熱曲、阿映、白瑪納、唐格瑪、哲合理6個牧委會。黑河鄉(xiāng)駐作維隆哇，轄江多、隆埂、尕拉、坎木青、赫拉、江措6個牧委會。扎陵湖鄉(xiāng)駐哈美茶卡，轄尕澤、多涌、擦澤、鄂陵、勒那、阿涌6個牧委會。國營牧場駐瑪查里。

2006年8月，撤銷黑河鄉(xiāng)，設(shè)立瑪查里鎮(zhèn)（鎮(zhèn)政府遷駐瑪查里）。調(diào)整后，瑪多縣轄2個鎮(zhèn)、2個鄉(xiāng)：瑪查里鎮(zhèn)、花石峽鎮(zhèn)、黃河鄉(xiāng)、扎陵湖鄉(xiāng)。