古為羌地。北魏為鄯州西部縣屬地。隋為鄯州湟水縣屬地。唐為鄯州鄯城縣地。宋置震武郡。元為吐蕃等處宣尉使都元帥府轄區。明隸西寧衛。清置大通衛，隸西寧府。民國十八年（1929年）設亹源縣。1953年改設亹源回族自治區，1955年改為門源回族自治縣。

門源回族自治縣面積0.7萬平方千米，人口13.9萬人（根據《政區大典》整理，1996年左右資料），回族占總人口的38％。轄2鎮、13鄉（其中1個民族鄉）：浩門鎮、青石咀鎮、皇城蒙古族鄉、蘇吉灘鄉、大灘鄉、北山鄉、西灘鄉、旱臺鄉、泉溝臺鄉、麻蓮鄉、陰田鄉、東川鄉、克圖鄉、仙米鄉、珠固鄉。縣政府駐浩門鎮。

1999年末，門源回族自治縣面積5813平方千米，人口145613人（根據青海省志），轄2個鎮、12個鄉（其中1個民族鄉）。

2000年第五次人口普查，門源回族自治縣總人口141426人，其中：浩門鎮27739人，青石咀鎮20747人，皇城蒙古族鄉1786人，蘇吉灘鄉2225人，大灘鄉9642人，北山鄉7070人，西灘鄉9705人，旱臺鄉9610人，泉溝臺鄉8148人，麻蓮鄉6828人，陰田鄉7684人，東川鄉9917人，克圖鄉9072人，仙米鄉6072人，珠固鄉5181人。

2001年3月5日，青海省政府青政函[2001]15號文批復：撤銷東川、克圖2鄉，合并設立東川鎮；撤銷旱臺、泉溝臺2鄉，合并設立并命名為泉口鎮（鎮政府駐地設在原旱臺鄉）；撤銷大灘鄉，并入青石嘴鎮。調整后，全縣轄4個鎮、8個鄉（其中1個民族鄉）：浩門鎮、青石咀（嘴）鎮、泉口鎮、東川鎮、北山鄉、麻蓮鄉、西灘鄉、陰田鄉、仙米鄉、珠固鄉、蘇吉灘鄉、皇城蒙古族鄉。