境內原系梭磨土司的部分屬地和卓克基、松崗、黨壩三個土司（統稱四土地區）所轄。1951年成立四土阿壩臨時軍政委員會，1953年成立馬爾康辦事處，1955年設縣。因瑪康寺而得名。瑪康為一活佛的名字，藏語意為火苗旺盛，引早為興旺發達之地。1957年將四寨、壤口、龍日析出劃歸紅原縣。

1996年，馬爾康縣面積6346平方千米，人口5.4萬。轄1個鎮、13個鄉：馬爾康鎮、卓克基鄉、梭磨鄉、松崗鄉、白灣鄉、黨壩鄉、木爾宗鄉、腳木足鄉、沙爾宗鄉、大藏鄉、龍爾甲鄉、草登鄉、康山鄉、日部鄉。縣政府駐馬爾康鎮。

2000年第五次人口普查，馬爾康縣常住總人口55046人，其中：馬爾康鎮25337人，卓克基鄉1281人，梭磨鄉2515人，松崗鄉2282人，白灣鄉2815人，黨壩鄉2733人，木爾宗鄉1313人，腳木足鄉3602人，沙爾宗鄉2234人，龍爾甲鄉1897人，大藏鄉1109人，康山鄉1718人，草登鄉3194人，日部鄉3016人。

2004年，馬爾康縣轄馬爾康、卓克基、松崗3個鎮和梭磨、白灣、黨壩、木爾宗、腳木足、沙爾宗、龍爾甲、大藏、康山、草登、日部11個鄉。

2010年第六次人口普查，馬爾康縣常住總人口58437人，其中：馬爾康鎮29535人，卓克基鎮1012人，松崗鎮2104人，梭磨鄉2795人，白灣鄉2990人，黨壩鄉2698人，木爾宗鄉1359人，腳木足鄉3302人，沙爾宗鄉2126人，龍爾甲鄉1527人，大藏鄉1067人，康山鄉1599人，草登鄉2953人，日部鄉3370人。