秦設青衣縣屬蜀郡，東漢置漢嘉縣，三國改置陽嘉縣，隋置蘆山縣。據《元和郡縣志》：“蘆山在縣西北九里，縣以此名。”一說因盧奴山為名。民國時期曾屬四川省第十七行政督察區，1939年屬西康省第二行政督察區。1950年屬西康省雅安專區，1955年屬四川省雅安專區（1970年改稱雅安地區，2000年改地級雅安市）。

1996年，蘆山縣面積1364平方千米，人口約11.9萬人。轄6個鎮、9個鄉：蘆陽鎮、飛仙關鎮、雙石鎮、太平鎮、大川鎮、沫東鎮、鳳禾鄉、升隆鄉、隆興鄉、龍門鄉、思延鄉、清源鄉、仁加鄉、中林鄉、寶盛鄉。縣政府駐蘆陽鎮。

2000年第五次人口普查，蘆山縣常住總人口121520人，其中：蘆陽鎮14530人，飛仙關鎮4347人，雙石鎮8280人，太平鎮7312人，大川鎮6670人，沫東鎮9930人，鳳禾鄉6197人，升隆鄉7227人，隆興鄉5008人，龍門鄉8098人，思延鄉10556人，清源鄉6561人，仁加鄉6405人，中林鄉4668人，寶盛鄉6212人，川西監獄9519人。

2004年7月21日，省政府（川府民政[2004]22號）批復同意撤銷沫東鎮及鳳禾、清源、隆興、升隆、中林5個鄉；仁加鄉更名為清仁鄉。將原沫東鎮所屬行政區域并入蘆陽鎮；蘆陽鎮政府駐楊家壩。將原鳳禾鄉所屬行政區域并入飛仙關鎮；飛仙關鎮政府駐飛仙關。將原中林鄉所屬行政區域并入太平鎮；太平鎮政府駐太平場。將原隆興、升隆2個鄉所屬行政區域并入龍門鄉；龍門鄉政府駐青龍場。將原清源鄉所屬行政區域并入清仁鄉；清仁鄉政府駐仁家壩。

2004年末，蘆山縣轄蘆陽、飛仙關、雙石、大川、太平5個鎮和龍門、思延、寶盛、清仁4個鄉。

2010年第六次人口普查，蘆山縣常住總人口109027人，其中：蘆陽鎮28218人，飛仙關鎮9629人，雙石鎮7253人，太平鎮11006人，大川鎮6029人，思延鄉9455人，清仁鄉12198人，龍門鄉19713人，寶盛鄉5526人。

2011年07月13日，《四川省人民政府關于同意蘆山縣人民政府機關辦公駐地遷移的批復》（川府函[2011]148號）同意蘆山縣人民政府機關辦公駐地由蘆陽鎮平安路1號遷至蘆陽鎮迎賓大道9號。同年，省政府批復同意清仁鄉政府駐地由仁加村前壩組遷移至大板村大板組。