明置馬湖府安邊同知署，清設(shè)馬邊廳。1914年置馬邊縣。因馬邊河得名。一說因在馬湖之邊故名。1984年改為馬邊彝族自治縣。

1996年，馬邊彝族自治縣面積2382.9平方千米，人口16.7萬，其中漢族占63.8%，彝族占35.5%，轄1鎮(zhèn)28鄉(xiāng)：民建鎮(zhèn)、勞動(dòng)鄉(xiāng)、建設(shè)鄉(xiāng)、水碾壩鄉(xiāng)、石梁鄉(xiāng)、荍壩鄉(xiāng)、靛蘭壩鄉(xiāng)、民主鄉(xiāng)、老河壩鄉(xiāng)、下溪鄉(xiāng)、榮丁鄉(xiāng)、雪口山鄉(xiāng)、溫水凼鄉(xiāng)、鎮(zhèn)江廟鄉(xiāng)、大竹堡鄉(xiāng)、蘇壩鄉(xiāng)、煙峰鄉(xiāng)、袁家溪鄉(xiāng)、沙腔鄉(xiāng)、三河口鄉(xiāng)、二坪鄉(xiāng)、涉水壩鄉(xiāng)、瓦侯庫鄉(xiāng)、梅子壩鄉(xiāng)、先家普鄉(xiāng)、高卓營鄉(xiāng)、白家塆鄉(xiāng)、鐵覺鄉(xiāng)、永紅鄉(xiāng)。縣政府駐民建鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，馬邊彝族自治縣總?cè)丝?70425人，其中：民建鎮(zhèn)12438人，榮丁鎮(zhèn)13017人，勞動(dòng)鄉(xiāng)13831人，建設(shè)鄉(xiāng)20471人，水碾壩鄉(xiāng)7758人，石梁鄉(xiāng)4045人，荍壩鄉(xiāng)4418人，靛蘭壩鄉(xiāng)5305人，民主鄉(xiāng)11510人，老河壩鄉(xiāng)5005人，下溪鄉(xiāng)11654人，雪口山鄉(xiāng)7718人，鎮(zhèn)江廟鄉(xiāng)3083人，大竹堡鄉(xiāng)3421人，溫水凼鄉(xiāng)2073人，蘇壩鄉(xiāng)10741人，煙峰鄉(xiāng)4491人，袁家溪鄉(xiāng)3158人，沙腔鄉(xiāng)3789人，三河口鄉(xiāng)3913人，二坪鄉(xiāng)1165人，涉水壩鄉(xiāng)922人，瓦侯庫鄉(xiāng)1290人，梅子壩鄉(xiāng)1557人，先家普鄉(xiāng)1586人，高卓營鄉(xiāng)3481人，自家灣鄉(xiāng)2913人，鐵覺鄉(xiāng)2316人，永紅鄉(xiāng)3356人。

2004年，馬邊彝族自治縣轄民建、榮丁2個(gè)鎮(zhèn)和勞動(dòng)、建設(shè)、水碾壩、石梁、荍壩、靛蘭壩、民主、老河壩、下溪、蘇壩、煙烽、袁家溪、沙腔、三河口、二坪、雪口山、鎮(zhèn)江廟、大竹堡、溫水凼、涉水壩、瓦侯庫、梅子壩、先家普、高卓營、白家灣、鐵覺、永紅27個(gè)鄉(xiāng)。

2005年7月12日，四川省人民政府（川府民政[2005]23號(hào)）批準(zhǔn)：馬邊彝族自治縣鄉(xiāng)鎮(zhèn)行政區(qū)劃建制由原來的2個(gè)鎮(zhèn)、27個(gè)鄉(xiāng)調(diào)整為2個(gè)鎮(zhèn)、18個(gè)鄉(xiāng)。具體如下：（一）撤銷鐵覺、溫水凼、水碾壩、先家普、涉水壩、瓦侯庫、白家塆、二坪、靛蘭壩9個(gè)鄉(xiāng)建制。（二）擴(kuò)大8個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)的行政區(qū)域。將水碾壩鄉(xiāng)及建設(shè)鄉(xiāng)的東光、光明、永樂、紅旗4個(gè)村，勞動(dòng)鄉(xiāng)的星火村所屬的行政區(qū)域并入民建鎮(zhèn)。民建鎮(zhèn)政府駐華西大道。將鐵覺鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入高卓營鄉(xiāng)。高卓營鄉(xiāng)政府駐高卓營。將溫水凼鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入雪口山鄉(xiāng)。雪口山鄉(xiāng)政府駐雪口山。將先家普、涉水壩2個(gè)鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入三河口鄉(xiāng)。三河口鄉(xiāng)政府駐三河口。將瓦侯庫鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入梅子壩鄉(xiāng)。梅子壩鄉(xiāng)政府駐阿吉覺壩。將白家塆鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入煙峰鄉(xiāng)。煙峰鄉(xiāng)政府駐煙峰。將二坪鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入沙腔鄉(xiāng)。沙腔鄉(xiāng)政府駐鄢家雕。將靛蘭壩鄉(xiāng)所屬的行政區(qū)域并入荍壩鄉(xiāng)。荍壩鄉(xiāng)政府駐荍壩。

2005年，馬邊彝族自治縣轄民建、榮丁2個(gè)鎮(zhèn)和勞動(dòng)、建設(shè)、石梁、荍壩、民主、老河壩、下溪、蘇壩、煙烽、袁家溪、沙腔、三河口、雪口山、鎮(zhèn)江廟、大竹堡、梅子壩、高卓營、永紅18個(gè)鄉(xiāng)。

2010年第六次人口普查，馬邊彝族自治縣常住總?cè)丝?76530人，其中：民建鎮(zhèn)37993人，榮丁鎮(zhèn)10922人，勞動(dòng)鄉(xiāng)11054人，建設(shè)鄉(xiāng)11233人，石梁鄉(xiāng)3263人，蕎壩鄉(xiāng)7628人，民主鄉(xiāng)9385人，老河壩鄉(xiāng)3974人，下溪鄉(xiāng)9346人，雪口山鄉(xiāng)10708人，鎮(zhèn)江廟鄉(xiāng)2841人，大竹堡鄉(xiāng)3533人，蘇壩鄉(xiāng)12052人，煙峰鄉(xiāng)9099人，袁家溪鄉(xiāng)3930人，沙腔鄉(xiāng)6368人，三河口鄉(xiāng)8289人，梅子壩鄉(xiāng)3631人，高卓營鄉(xiāng)7003人，永紅鄉(xiāng)4278人。

2014年，省政府（川府民政[2014]16號(hào)）批復(fù)同意撤銷煙峰鄉(xiāng)、蘇壩鄉(xiāng)、下溪鄉(xiāng)，設(shè)立煙峰鎮(zhèn)、蘇壩鎮(zhèn)、下溪鎮(zhèn)。調(diào)整后，全縣轄5個(gè)鎮(zhèn)、15個(gè)鄉(xiāng)：民建鎮(zhèn)、榮丁鎮(zhèn)、煙峰鎮(zhèn)、蘇壩鎮(zhèn)、下溪鎮(zhèn)、勞動(dòng)鄉(xiāng)、建設(shè)鄉(xiāng)、石梁鄉(xiāng)、荍壩鄉(xiāng)、民主鄉(xiāng)、老河壩鄉(xiāng)、雪口山鄉(xiāng)、鎮(zhèn)江廟鄉(xiāng)、大竹堡鄉(xiāng)、袁家溪鄉(xiāng)、沙腔鄉(xiāng)、三河口鄉(xiāng)、梅子壩鄉(xiāng)、高卓營鄉(xiāng)、永紅鄉(xiāng)。