今阿拉善右旗，古為禹貢雍之域，春秋時屬秦，秦始皇時置北地郡，漢時屬北地、武威、張掖三郡，晉為前涼、后涼、北涼所據，唐屬河西節度使，宋景德中入于西夏，元隸甘肅行中書省，明永樂初為西部反剌地區，清康熙時和碩特部遷之。清王朝將阿拉善和碩特部按內蒙古49旗之例，編為阿拉善和碩特旗，阿拉善旗由此始建，駐定遠營（今巴彥浩特）。清代直屬理藩院，中華民國時屬蒙藏委員會管轄。

1949年9月23日，阿拉善旗和平解放，阿拉善和碩特旗人民政府成立，歸寧夏省管轄。1954年4月改名為寧夏省蒙古自治區，同年9月，寧夏省建制撤銷，合并于甘肅省，改稱甘肅省蒙古自治州。1955年，改稱甘肅省巴彥浩特蒙族自治州。1956年4月，巴彥淖爾盟成立，下轄阿拉善旗、額濟納旗、磴口縣和巴彥浩特市，歸內蒙古自治區管轄。1960年8月，中共阿拉善旗西部地區工作委員會成立，籌建阿拉善右旗，由巴彥淖爾盟、阿拉善旗雙重領導。

1961年4月22日，國務院全體會議第110次會議通過《關于設立阿拉善左旗和阿拉善右旗，撤銷阿拉善旗的決定》；同年5月25日，中共阿拉善旗西部地區工作委員會撤銷，建立阿拉善右旗，駐呼和達布蘇（今雅布賴鹽場舊址），屬巴彥淖爾盟管轄。1965年9月，旗址遷至額肯呼都格。1969年7月，劃歸甘肅省武威地區管轄。1979年7月，劃歸內蒙古自治區巴彥淖爾盟管轄。1980年4月，阿拉善盟成立，阿拉善右旗歸阿拉善盟管轄至今。

1996年?，阿拉善右旗面積7.3萬平方千米，人口2.4萬人，其中蒙古族占49.1%。轄2個鎮、11個蘇木：額肯呼都格鎮、雅布賴鎮、莎日臺蘇木、巴音溫都日蘇木、孟根布拉格蘇木、努日蓋蘇木、額日布蓋蘇木、阿拉騰朝格蘇木、樹貴蘇木、阿拉騰敖包蘇木、筍布日蘇木、塔木素格布拉格蘇木、雅布賴蘇木。旗政府駐額肯呼都格鎮。

1999年，撤銷巴音溫都日蘇木，并入額肯呼都格鎮；撤銷雅布賴蘇木、莎日臺蘇木，并入雅布賴鎮；撤銷筍布日蘇木（固日班圖拉嘎嘎查劃歸阿拉騰敖包蘇木管轄除外）、樹貴蘇木，并入塔木素格布拉格蘇木。調整后，阿拉善右旗轄2個鎮、6個蘇木。

2000年第五次人口普查，阿拉善右旗總人口25281人，其中：額肯呼都格鎮13947人，雅布賴鎮4294人，額日布蓋蘇木755人，阿拉騰朝格蘇木574人，努日蓋蘇木752人，孟根布拉格蘇木1582人，阿拉騰敖包蘇木1528人，塔木素格布拉格蘇木1849人。

2001年，撤銷塔木素格布拉格蘇木，設立塔木素格布拉格鎮；將孟根布拉格蘇木的浩木肯高勒嘎查劃出設立曼德拉蘇木。調整后，阿拉善右旗轄3個鎮、6個蘇木：額肯呼都格鎮、雅布賴鎮、塔木素格布格鎮、額日布蓋蘇木、阿拉騰朝克蘇木、努日蓋蘇木、孟根布拉格蘇木、阿拉騰敖包蘇木、曼德拉蘇木。

2006年，阿右旗將原有的9個蘇木鎮調整撤并為5個。其中，撤銷額日布蓋蘇木整建制并入額肯呼都格鎮；撤銷塔木素格布拉格鎮整建制并入阿拉騰敖包蘇木（改為阿拉騰敖包鎮）；撤銷曼德拉蘇木整建制并入孟根布拉格蘇木；撤銷努日布蓋蘇木整建制并入阿拉騰朝克蘇木；保留雅布賴鎮。調整撤并后，阿右旗蘇木鎮行政區劃結構為鎮建制3個，蘇木建制2個，即額肯呼都格鎮、雅布賴鎮、阿拉騰敖包鎮和孟根布拉格蘇木（曼德拉蘇木）、阿拉騰朝克蘇木。

2009年末，阿拉善右旗總面積73443平方千米，總人口24577人，其中非農業人口15372人，少數民族7928人，轄3個鎮（額肯呼都格、雅布賴、阿拉騰敖包）、2個蘇木（曼德拉、阿拉騰朝格）、1個管委會（巴彥高勒），39個嘎查，9個居委會。（內蒙古年鑒數據）

2011年5月24日，根據內政字[2011]143號《內蒙古自治區人民政府關于阿拉善右旗額肯呼都格鎮更名為巴丹吉林鎮的批復》，額肯呼都格鎮更名為巴丹吉林鎮。2012年1月，從阿拉騰敖包鎮、巴丹吉林鎮劃出部分區域設立塔木素布拉格蘇木、巴彥高勒蘇木。調整后，全旗轄3個鎮、4個蘇木：巴丹吉林鎮、雅布賴鎮、阿拉騰敖包鎮、曼德拉蘇木、阿拉騰朝克蘇木、巴音高勒蘇木、塔木素布拉格蘇木。旗政府駐巴丹吉林鎮。