秦屬南海郡番禺縣地。東晉咸和六年（331年）屬東官郡（治今南頭）寶安縣（轄地包括今東莞市、深圳市和香港特別行政區；今鹽田區三洲田與龍崗區坪山、橫崗、龍崗等地屬惠陽縣）。隋開皇十年（590年），寶安縣改屬南海郡，縣治設在南頭。唐至德二年（757年）改寶安縣為東莞縣。明萬歷元年（1573年）置新安縣（治南頭）。清康熙五年（1666年），新安遷界，并入東莞縣。八年（1669年）復置新安縣。縣以下設3個鄉、7個都建置。1914年（民國三年），因新安縣與河南省新安縣同名，復稱寶安縣。

1979年1月，撤銷寶安縣，設立深圳市。1980年8月，深圳經濟特區成立。1981年10月，恢復寶安縣，轄深圳經濟特區外原寶安縣區域。1983年6月，深圳經濟特區設羅湖、上步、南頭、沙頭角4個區辦事處；1984年5月設為管理區，仍作為市政府的派出機構。1982年1月，成立羅湖區，轄經濟特區全部范圍，鹽田區域為羅湖區管轄。1982年9月，沙頭角鎮作為縣級鎮從羅湖區劃出。

1990年1月，特區內撤銷羅湖、福田（原上步）、南頭、蛇口、沙頭角5個管理區，成立羅湖、福田、南山三個市轄區。其中沙頭角、羅湖2個管理區合并組建羅湖區。1992年11月11日，民政部批復，經國務院批準，同意撤銷寶安縣，設立寶安區、龍崗區（1993年元旦實施）。1997年10月21日，國務院批準增設深圳市鹽田區（1998年實施），轄從羅湖區劃入的沙頭角鎮和鹽田、梅沙2個街道。

1996年，深圳市面積2020平方千米，其中深圳經濟特區面積327.5平方千米。總人口約95萬人，暫住一年以上的外來人口約245萬人。轄羅湖、福田、南山、龍崗、寶安5區。市政府駐深南中路。

2000年第五次人口普查，深圳市總人口7008831人，其中，羅湖區774805人、福田區909571人、南山區722095人、寶安區2735129人、龍崗區1714908人、鹽田區152323人。

2002年末，深圳市轄6個市轄區，共有26個街道、19個鎮，216個村委會、424個居委會。2005年末，深圳市轄6個市轄區，共有51個街道。2007年8月19日，光明新區管委會正式掛牌成立，管理寶安區的公明、光明兩個街道。2007年末，深圳市總面積2050平方千米，戶籍總人口217萬人，轄6個市轄區，55個街道。

2008年末，深圳市總面積2007.69平方千米，戶籍總人口2355143人。2009年6月30日，深圳市政府將原深圳市大工業區和龍崗區的坪山街道、坑梓街道，整合為坪山新區，原大工業區管委會同時撤銷。2009年末，全市共有57個街道，783個居委會。市政府駐駐福田區福中三路。（數據來源于《廣東省政區圖冊》）

2010年第六次人口普查，深圳市常住總人口10358381人，其中，羅湖區923421人，福田區1317511人，南山區1088345人，寶安區4499284人，龍崗區2320460人，鹽田區209360人。2011年12月30日，龍華新區掛牌成立，管理寶安區的觀瀾、大浪、龍華、民治4個街道；同日，大鵬新區掛牌成立，管理龍崗區的大鵬、南澳、葵涌3個街道。

2012年末，深圳市總面積1991.64平方千米，戶籍人口287.62萬人，常住人口1054.74萬人。羅湖區面積78.36平方千米，戶籍人口50.62萬人，常住人口93.64萬人；福田區面積78.66平方千米，戶籍人口73.02萬人，常住人口133.06萬人；南山區面積193.3平方千米，戶籍人口61.6萬人，常住人口110.85萬人；寶安區面積723平方千米，戶籍人口34.96萬人，常住人口268.44萬人；龍崗區面積389.54平方千米，戶籍人口35.6萬人，常住人口192.7萬人；鹽田區面積72.63平方千米，戶籍人口5.05萬人，常住人口21.26萬人。光明新區面積155.44平方千米，戶籍人口5.73萬人，常住人口49.18萬人；龍華新區面積175.58平方千米，戶籍人口13.08萬人，常住人口140.86萬人；坪山新區面積168平方千米，戶籍人口3.89萬人，常住人口31.68萬人；大鵬新區面積607平方千米，戶籍人口4.05萬人，常住人口13.09萬人。（數據來源于《廣東年鑒》。其中，寶安區面積應是包含光明、龍華2個新區面積，大鵬新區面積包含海域面積——本站注）

（注：不同出處的面積數據）