1988年1月7日，國務(wù)院批準(zhǔn)撤銷清遠(yuǎn)縣，設(shè)立清遠(yuǎn)市（地級），原清遠(yuǎn)縣分為清城、清郊兩個市轄區(qū)。1992年撤銷清遠(yuǎn)市清郊區(qū)，設(shè)立清新縣。

2000年第五次全國人口普查，全縣總?cè)丝?31226人，其中：江口鎮(zhèn)17246人、高田鎮(zhèn)13338人、太和鎮(zhèn)47478人、回瀾鎮(zhèn)25304人、太平鎮(zhèn)40595人、山塘鎮(zhèn)37834人、三坑鎮(zhèn)36630人、秦皇鎮(zhèn)3388人、珠坑鎮(zhèn)8637人、石馬鎮(zhèn)17470人、南沖鎮(zhèn)15943人、石坎鎮(zhèn)20867人、龍頸鎮(zhèn)16912人、禾云鎮(zhèn)16551人、魚壩鎮(zhèn)15295人、新洲鎮(zhèn)21739人、沙河鎮(zhèn)21643人、浸潭鎮(zhèn)54350人、石潭鎮(zhèn)50220人、桃源鎮(zhèn)15402人、白灣鎮(zhèn)8824人、清華鎮(zhèn)3673人、升平鎮(zhèn)20409人、筆架林場1478人。

2002年，清新縣轄太和、魚壩、高田、升平、江口、山塘、回瀾、三坑、太平、泰皇、石馬、南沖、石坎、珠坑、龍頸、桃源、禾云、沙河、浸潭、石潭、白灣、新洲、清僑23個鎮(zhèn)，289個村委會、23個居委會。

2003年，根據(jù)省、市黨委政府的文件及省民政廳粵民區(qū)[2002]48號文件精神，清新縣委、縣政府已于5月21日前順利完成秦皇鎮(zhèn)和回瀾鎮(zhèn)撤并工作。（1）撤銷后的秦皇鎮(zhèn)，其管轄的行政區(qū)域并入太平鎮(zhèn)，目前太平鎮(zhèn)管轄原秦皇鎮(zhèn)和太平鎮(zhèn)的行政區(qū)域范圍，轄1個居委會和30個村委會，總面積207.5平方千米，總?cè)丝?2056人，太平鎮(zhèn)人民政府駐地不變。（2）撤銷后的回瀾鎮(zhèn)，其管轄的回瀾居委會和飛水、井塘、白蓮、塔腳、告星、新洲、萬群、萬星、五星9個村委會的行政區(qū)域并入太和鎮(zhèn)，回正、低地、大灣3個村委會的行政區(qū)域并入山塘鎮(zhèn)。調(diào)整后的太和鎮(zhèn)管轄原太和鎮(zhèn)2個居委會，3個村委會和原回瀾鎮(zhèn)1個居委會，9個村委會，總面積86平方千米，總?cè)丝?4330人，太和鎮(zhèn)人民政府駐地不變。山塘鎮(zhèn)管轄原山塘鎮(zhèn)1個居委會，17個村委會和原回瀾鎮(zhèn)3個村委會，總面積84.6平方千米，總?cè)丝?5497人，山塘鎮(zhèn)人民政府駐地不變。

2004年，清新縣區(qū)劃調(diào)整，由23個鎮(zhèn)撤并為9個鎮(zhèn)，其中：撤銷禾云、沙河、魚壩3個鎮(zhèn)，設(shè)立新的禾云鎮(zhèn)；撤銷龍頸、珠坑、石馬、石坎、南沖5鎮(zhèn)，合并設(shè)立新的龍頸鎮(zhèn)；合并后全鎮(zhèn)總面積583.7平方千米，總?cè)丝?1萬多人。調(diào)整后，清新縣轄太和、飛來峽、山塘、三坑、太平、龍頸、禾云、浸潭、石潭9個鎮(zhèn)。

2009年，廣東省民政廳《關(guān)于同意清新縣飛來峽鎮(zhèn)劃歸清遠(yuǎn)市清城區(qū)管轄的批復(fù)》(粵民區(qū)[2009]5號)，將清新縣飛來峽鎮(zhèn)劃歸清城區(qū)管轄。2009年末，清新縣面積2353.41平方千米，轄8個鎮(zhèn)，20個居委會、179個行政村。縣政府駐太和鎮(zhèn)

2012年12月，撤銷清新縣，設(shè)立清遠(yuǎn)市清新區(qū)，以原清新縣的行政區(qū)域為清新區(qū)的行政區(qū)域。