南朝梁大同六年（540年）置龍溪縣。唐開元二十九年（741年）置漳州，貞元二年（786年）州治遷至龍溪縣。1951年6月，析龍溪縣城關設漳州市（縣級），屬龍溪專區。1961年6月，龍�？h天寶、浦南2個公社，九湖公社上墩、林內、前山3個生產大隊，步文公社店上生產大隊，以及后房農場，歸劃漳州市管轄。

1985年5月改縣級漳州市為薌城區。1986年，薌城區分為市區、郊區2部分。市區設東鋪頭、西橋、新橋、巷口、南坑5個街道，共轄48個居委會。郊區設浦南、天寶2個鎮及芝山、石亭2個鄉，共轄82個村、2個居委會。

1988年，市區增設湖內、南豐、東湖、東岳、南坑北5個居委會，新橋街道船民委員會改稱九龍居委會；郊區浦南鎮增設松州村。1990年，市區南坑街道增設洋筠居委會。1990年底，薌城區轄東鋪頭、西橋、新橋、巷口、南坑5個街道，浦南、天寶2個鎮和芝山、石亭2個鄉，共有56個居委會、83個村。

1996年5月31日，國務院批準（國函[1996]38號）：將漳州市薌城區芝山鎮的古塘、群勇、市尾、塔后、土白、下洲6個村委會，南坑街道辦事處的東岳、岳北、漳糖、東關、南坑、洋筠6個居委會和洋筠村委會，巷口街道辦事處的岳口、勝利東、東園、新民、巷口、新港、霞浦、霞東8個居委會和元光路以東屬新華東居委會的部分劃歸龍文區管轄。【注：實際只有土白、下洲2個村委會劃入龍文區】

1998年7月，省民政廳批準同意增設通北街道（1999年元月成立），從東鋪頭街道劃出湖內、芝山、北塔、和平里、寶珠園5個居委會，南坑街道劃出通北、延安北、北廟、風高、團結、漳華、金源7個居委會，芝山鎮劃出西洋坪、大同2個村委會歸通北街道管轄。同時調整東鋪頭街道、新橋街道、南坑街道、西橋街道、芝山鎮和石亭鎮的行政區域：從芝山鎮劃出瑞京村委會歸東鋪頭街道管轄；從芝山鎮劃出前峰、詩浦2個村委會歸新橋街道管轄；從芝山鎮劃出岱山、農友2個村委會，從石亭鎮劃出坑頭村委會、從東埔頭劃出建筑居委會歸南坑街道管轄；從新橋街道劃出鐘芬、橋南2個居委會，從芝山鎮劃出南星村歸西橋街道管轄。1998年末，全區面積265平方千米�？側丝�37.54萬人，其中非農業人口22.20萬人。轄6個街道、4個鎮，65個居委會、81個村委會，區內有1個工業區、4個國營農場。

2000年第五次人口普查，薌城區常住總人口433194人，其中：東鋪頭街道43885人、西橋街道32048人、新橋街道40147人、巷口街道58730人、南坑街道64759人、通北街道50245人、浦南鎮29526人、天寶鎮45683人、芝山鎮27657人、石亭鎮40514人。

2010年第六次人口普查，薌城區常住總人口538186人，其中：東鋪頭街道62065人，西橋街道23636人，新橋街道59476人，巷口街道76244人，南坑街道80992人，通北街道66698人，浦南鎮25605人，天寶鎮43309人，芝山鎮42260人，石亭鎮53341人，薌城區奶牛場41人，后房農場1609人，天寶林場99人，大房農場2006人，五峰農場805人。