倉山區因地處倉前山得名。古稱藤山，明洪武年間（1368年）在藤山北麓建鹽倉，俗稱鹽倉前，遂通稱倉前山，簡稱倉山，區名由此而來。1946年1月福州建市時即置倉山區，1949年8月17日解放后，仍為市轄區之一。1955年11月，設上渡、下渡、臨江、倉前、麥園、藤山6個街道辦事處。1956年5月，撤銷水上區，并入倉山區，增設橋東、橋西兩個街道辦事處。

1957年7月，橋東、橋西兩個街道辦事處合并為水上街道辦事處。1958年1月，撤銷藤山街道辦事處，并入下渡街道辦事處；撤銷麥園街道辦事處，并入倉前街道辦事處。
　　1968年9月，倉山區更名為朝陽區。1970年2月，郊區行政辦事處撤銷，其所轄蓋山公社并入朝陽公社，劃歸朝陽區；7月，閩侯縣城門公社劃歸朝陽區。1975年5月，朝陽、城門公社劃歸郊區行政辦事處。1978年7月，朝陽區復名倉山區。1987年12月，撤銷水上街道辦事處，增設對湖街道辦事處。

1995年10月27日，國務院（國函[1995]102號）批復同意調整福州市市轄區的行政區域，其中：倉山區轄倉前、對湖、臨江、上渡、下渡、三叉街6個街道辦事處，從原郊區劃入的建新、倉山、蓋山、螺洲、城門5個鎮。區政府駐地不變。1996年1月，市區行政區劃正式調整后，倉山區從原郊區劃入建新、倉山、蓋山、螺洲、城門5個鎮，從鼓西街道劃入農大居委會。全區轄7個街道、5個鎮：倉前街道、下渡街道、臨江街道、三叉街街道、上渡街道、對湖街道、東升街道、建新鎮、倉山鎮、蓋山鎮、城門鎮、螺洲鎮。面積142平方千米，人口約32.6萬人，區政府駐麥園路。

2000年第五次人口普查，倉山區常住總人口482039人，其中：倉前街道24537人，東升街道9270人，對湖街道27030人，臨江街道22131人，三叉街街道20291人，上渡街道12569人，下渡街道32312人，倉山鎮46264人，城門鎮90302人，蓋山鎮88931人，建新鎮64359人，螺洲鎮19666人，福建師范大學10472人，福建農業大學9241人，紅星農場4664人。

2003年，根據省政府《關于福州市調整倉山區部分行政區劃設立金山街道辦事處的批復》（5月 閩政文[2003]134號）和福州市人民政府《關于調整倉山區部分行政區劃設立金山街道辦事處的批復》（6月26日 榕政綜[2003]155號），調整倉山區部分行政區劃，設立金山街道：從建新鎮劃出盧濱、后曹、潘邊、石邊、新頤、上雁、葛嶼、閩江、劉宅9個村，從倉山鎮劃出燎原村，從上渡街道辦事處劃出橫江居委會，設立金山街道。金山街道辦事處四至范圍為：東至閩江北港，西至閩江南港，南至浦上路，北至金山大道。金山街道辦事處駐金山生活區風荷苑1號。行政區劃調整后，倉山區轄8個街道、5個鎮：倉前街道、下渡街道、臨江街道、三叉街街道、上渡街道、對湖街道、東升街道、金山街道、建新鎮、倉山鎮、蓋山鎮、城門鎮、螺洲鎮。共有99個居委會、107個行政村。

2004年，全區總人口48萬人。轄8個街道、5個鎮，共有52個社區和112個行政村（同一出處另有數據為：10個居委會、58個社區、109個行政村）。

2010年第六次人口普查，倉山區常住總人口762746人，其中：倉前街道23663人，東升街道13195人，對湖街道35785人，臨江街道29598人，三叉街街道23993人，上渡街道43622人，下渡街道36275人，金山街道80791人，倉山鎮30247人，城門鎮96539人，蓋山鎮122018人，建新鎮201925人，螺洲鎮18462人，紅星農場6633人。