1996年1月1日，國務院批準（國函[1996]1號）：設立阜陽市潁州區，區人民政府駐潁南大道，潁州區轄鼓樓、潁西、清河3個街道辦事處和王店、程集、西湖、九龍、三十里鋪、馬寨6個鄉鎮。
　　1996年底，全區面積481平方千米，總人口55.4萬人，其中農業人口41.1萬人，非農業人口14，3萬人。轄4街道4鎮2鄉：鼓樓街道、潁西街道、清河街道、文峰街道、程集鎮、王店鎮、西湖鎮、九龍鎮、馬寨鄉、三十里鋪鄉。
　　2000年第五次人口普查，全區總人口582400人，其中：鼓樓街道43160人，文峰街道97502人，清河街道44425人，潁西街道68152人，王店鎮64517人，程集鎮37714人，三合鎮31705人，西湖鎮41212人，九龍鎮37493人，三十里鋪鎮45711人，馬寨鄉39907人，京九路虛擬街道30902人。
　　2004年底，潁州區總面積496平方千米，總人口61萬人，轄4個街道、6個鎮、1個鄉。
　　2006年，經安徽省政府同意，安徽省民政廳《關于同意將阜南縣袁集鎮劃歸阜陽市潁州區管轄的批復》文件批準同意將阜南縣袁集鎮整建制劃歸潁州區管轄。10月10日，阜陽市政府舉行交接會議，將阜南縣袁集鎮正式劃歸潁州區管轄。調整后的潁州區共轄13個鄉、鎮、辦事處，237個村，面積591.3平方千米，人口68.29萬人。袁集鎮位于阜陽市近郊，距阜陽市10千米，人口4.5萬人。