1951年1月合肥市設兩個郊區，11月合并為城郊區，1952年8月分為東郊區和西郊區，1955年1月又合并為城郊區；1960年3月改為蜀山區，6月改為北市區；1963年5月改為郊區。

1996年，郊區面積330平方千米，人口約38萬人，轄1個街道7鎮4鄉：大興鎮、義城鎮、七里塘鎮、常青鎮、杏花村鎮、義興鎮、駱崗鎮、城東鄉、大圩鄉、大楊店鄉、三十崗鄉。區政府駐濉溪路20號。

1997年，撤銷大楊店鄉，設立大楊鎮，鎮政府駐大楊店。調整后，郊區轄：瑤海街道、大興鎮、義城鎮、七里塘鎮、常青鎮、杏花村鎮、義興鎮、駱崗鎮、大楊鎮、城東鄉、大圩鄉、三十崗鄉。

2000年第五次人口普查，郊區常住總人口779511人，其中：杏花村鎮111959人，七里塘鎮40559人，常青鎮167359人，大興鎮36240人，大楊鎮25385人，駱崗鎮72925人，義興鎮35001人，義城鎮24729人，城東鄉73490人，大圩鄉22572人，三十崗鄉11761人，新站開發區30540人，高新區97956人，經濟技術開發區35035人。（注：瑤海街道由新站開發區管轄）

2002年3月6日，根據國務院國函[2002]10號批復和省政府皖政秘[2002]13號文件精神，合肥市行政區劃開始調整。其中：郊區更名為包河區。包河區轄原郊區的大圩1個鄉，義興、義城、駱崗、常青4個鎮。從原西市區劃入巢湖路、蕪湖路、寧國路3個街道。原西市區稻香村、南七里站街道金寨路以東區域與原郊區常青鎮金寨路以東區域合并，由常青鎮政府管轄，鎮政府駐地不變。原郊區城東鄉分路口、周谷堆、五里廟3個村劃歸包河區駱崗鎮管轄。調整后，包河區轄大圩1個鄉，義興、義城、駱崗、常青4個鎮，巢湖路、蕪湖路、寧國路3個街道。面積230.70平方千米，人口33.44萬人，其中非農業人口22.05萬人。區人民政府駐地暫駐濉溪路118號（原郊區人民政府駐地）。2002年底，包河區轄3個街道、4個鎮、1個鄉：巢湖路街道、寧國路街道、蕪湖路街道、義城鎮、常青鎮、義興鎮、駱崗鎮、大圩鄉。

2004年，撤銷駱崗鎮，設立駱崗街道。調整后，包河區轄5個街道、2個鎮、1個鄉：常青街道、寧國路街道、蕪湖路街道、巢湖路街道、駱崗街道、義興鎮、義城鎮、大圩鄉。

2006年，安徽省民政廳《關于同意將肥西縣煙墩鄉整建制劃歸合肥市包河區管轄的批復》（民地字[2006]71號）：同意將肥西縣煙墩鄉劃歸合肥市包河區管轄。包河區轄5個街道、2個鎮、2個鄉：巢湖路街道、寧國路街道、蕪湖路街道、常青街道、駱崗街道、義城鎮、義興鎮、大圩鄉、煙墩鄉。

2007年4月，合肥市對包河區行政區劃進行調整：撤銷2個街道、2個鄉，新設2個街道、2個鎮，并調整了3個街道的管轄范圍。即撤銷巢湖路、寧國路2個街道；調整蕪湖路、駱崗、常青街道等3個管轄范圍；新設立了包公街道、望湖路街道；調整義興鎮行政區域并將其更名為淝河鎮；撤銷大圩鄉、煙墩鄉，分別設立大圩鎮、煙墩鎮；保持義城鎮行政區劃不變。

2008年9月，經省政府同意，省民政廳作出批復，合肥市撤銷包河區煙墩鎮、義城鎮，設立煙墩街道、義城街道。新設立的兩個街道為包河區政府的派出機構，面積、人口不變。煙墩街道辦事處駐原煙墩鎮政府駐地；義城街道辦事處駐原義城鎮政府駐地（2009年10月28日正式撤鎮改設街道）。

2010年第六次人口普查，包河區常住總人口817686人，其中：駱崗街道75955人，常青街道105575人，蕪湖路街道133130人，包公街道105122人，望湖街道179924人，義城街道30329人，煙墩街道88075人，淝河鎮78565人，大圩鎮21011人。