明崇禎六年（1633）始設鎮平縣。1914年更名蕉嶺縣，因縣北有蕉嶺而得名。1952年曾與平遠合并，稱蕉平縣，1954年撤蕉平縣，復分平遠、蕉嶺縣，1958年曾與梅縣合并，稱梅縣，1961年析復設蕉嶺縣。

1996年，蕉嶺縣面積957.1平方千米，人口約21.9萬人。轄12個鎮：蕉城鎮、興福鎮、新鋪鎮、高思鎮、長潭鎮、三圳鎮、文福鎮、廣福鎮、徐溪鎮、藍坊鎮、南磜鎮、北磜鎮。縣政府駐蕉城鎮。

2000年第五次人口普查，蕉嶺縣常住總人口203173人，其中：蕉城鎮51803人，興福鎮27068人，長潭鎮7663人，三圳鎮14402人，新鋪鎮30419人，徐溪鎮5875人，文福鎮17443人，廣福鎮13582人，藍坊鎮9261人，高思鎮5164人，南磜鎮6366人，北磜鎮7066人，華僑農場7061人。

2002年，蕉嶺縣轄蕉城、廣福、文福、新鋪、三圳、北石、南石、藍坊、高思、興福、徐溪、長潭12個鎮，共有97個村委會、8個居委會。

2003年5月，蕉嶺縣人口22.53萬人。轄興福、長潭、藍坊、南磜、北磜、蕉城、廣福、三圳、文福、新鋪10個鎮，共有9個居委會、97個村委會，1514個村民小組。

2004年10月，蕉嶺縣撤銷興福、北磜2個鎮：興福鎮河東片的東山、湖谷、龍安、叟樂、高畬5個村委會并入蕉城鎮，興福鎮河西片的塹垣、滸竹、上村、神崗4個村委會并入長潭鎮；北磜鎮并入南磜鎮。

2009年末，蕉嶺縣面積958.98平方千米，轄蕉城、廣福、文福、新鋪、三圳、南磜、藍坊、長潭8個鎮，共有10個居委會、97個行政村�？h政府駐蕉城鎮。

2010年第六次人口普查，蕉嶺縣常住總人口205849人，其中：三圳鎮13742人，文福鎮15662人，廣福鎮12266人，新鋪鎮29442人，藍坊鎮12135人，南礤鎮11592人，蕉城鎮88358人，長潭鎮16913人，華僑農場5739人。

2012年末，全縣面積960平方千米，戶籍人口23.16萬人，常住人口20.81萬人。