巴林，系蒙古族部落名，意為陣地，“要塞”，“哨所”、“軍寨”。蒙古語稱東為左。漢代為匈奴左地，唐代隸屬松漠都督府。契丹建立政權后，選定當時“負山背海，天險足以為固”的現林東鎮南郊建都，稱上京臨潢府，從公元918年到1125年遼亡的200多年歷史上，這里是遼代政治、經濟、文化、交通中心。金滅遼后，先為臨潢總管府，后并入北京路。
元代先屬應昌路，后歸全寧路，隸屬于中書省，是特薛禪后裔魯王世襲領地。明初屬全寧衛，后為兀良哈境，屬朵顏衛。明代嘉靖年間蘇巴海（元太祖十八世孫）始創巴林部。后金天聰八年（1634年）分封諸之蕃牧地時定旗地域為巴林左翼旗、巴林右翼二旗。清順治五年（1648年）設治所，定名為巴林左翼旗。 清順治五年（1648年），巴林部分為左右兩旗，始置巴林左旗歸屬昭烏達盟。
民國時期，屬熱河特別行政區。1924年建林東設治局，1932年建林東縣，轄巴林左右二旗農區。1933年本旗淪陷，建偽巴林左翼旗公署。1945年8月，本旗解放。1948年6月建立林東行政委員會，同巴林左旗政府并存，實行蒙漢分治。1947年，蒙漢政權合并，建巴林左翼旗人民政府。新中國建立后更名為巴林左旗。
1996年?，巴林左旗面積6459平方千米，人口34.4萬人，其中蒙古族9.8萬，占28.5%。轄4鎮3蘇木16鄉：林東鎮、隆昌鎮、楊家營子鎮、白音諾爾鎮、白音烏拉蘇木、查干哈達蘇木、烏蘭達壩蘇木、白音溝鄉、白音敖包鄉、野豬溝鄉、毛寶力格鄉、福山地鄉、哈拉哈達鄉、罕吐柏鄉、十三敖包鄉、寶力罕吐鄉、花加拉嘎鄉、豐水山鄉、碧流臺鄉、四方城鄉、浩爾吐鄉、三山鄉、哈達英格鄉。
2000年第五次人口普查，巴林左旗總人口332550人，其中：林東鎮43379人，隆昌鎮18230人，豐水山鎮14988人，楊家營子鎮17372人，白音諾爾鎮7995人，烏蘭達壩蘇木5773人，白音烏拉蘇木5181人，查干哈達蘇木5421人，福山地鄉12456人，毛寶力格鄉9491人，白音敖包鄉16628人，白音溝鄉12752人，野豬溝鄉7339人，哈達英格鄉16157人，哈拉哈達鄉15318人，罕吐柏鄉10888人，十三敖包鄉19952人，花加拉嘎鄉18307人，寶力罕吐鄉11021人，碧流臺鄉21531人，四方城鄉7979人，浩爾吐鄉22907人，三山鄉11545人。
2000年，巴林左旗轄5個鎮、15個鄉、3個蘇木，11個居民區、31個嘎查、238個村。2001年，撤銷福山地鄉、寶力罕吐鄉、罕吐伯鄉，將三鄉并入林東鎮；撤銷四方城鄉、碧流臺鄉，設立碧流臺鎮。2001年，全旗轄6個鎮、3個蘇木、10個鄉，總人口35.5萬人。2002年末，全旗總人口35.8萬人。
2006年，巴林左旗將現有的19個蘇木鄉鎮（3個蘇木、10個鄉、6個鎮）調整為9個蘇木鎮（2個蘇木、7個鎮）：撤銷哈達英格鄉、白音溝鄉，并入林東鎮，總面積887.8平方千米，總人口114400人，轄35個行政村、6個居委會，鎮政府駐地設在原林東鎮政府所在地林東；撤銷白音敖包鄉、毛寶力格鄉，并入隆昌鎮，總面積705平方千米，總人口46900人，轄26個行政村，鎮政府駐地設在原隆昌鎮政府所在地隆昌；撤銷楊家營子鎮，并入碧流臺鎮，總面積775平方千米，總人口52500人，轄21個行政村，鎮政府駐地設在原碧流臺鎮政府所在地五香營子；撤銷白音勿拉蘇木，并入白音諾爾鎮，總面積896平方千米，總人口17000人，轄5個嘎查、4個居委會，鎮政府駐地設在原白音勿拉蘇木政府所在地乃力珠；撤銷十三敖包鄉、花加拉嘎鄉、豐水山鎮，合并設立十三敖包鎮，總面積836平方千米，總人口57500人，轄33個行政村，鎮政府駐地設在原豐水山鎮政府所在地洞山；撤銷野豬溝鄉，并入查干哈達蘇木，總面積520平方千米，總人口15700人，轄8個嘎查、6個行政村，蘇木政府駐地設在原查干哈達蘇木所在地紅光嘎查；撤銷三山鄉，并入烏蘭達壩蘇木，總面積809平方千米，總人口17700人，轄6個嘎查、7個行政村，蘇木政府駐地設在原三山鄉政府所在地新農；撤銷浩爾吐鄉，改設富河鎮，總面積863平方千米，總人口25800人，轄10個行政村，鎮政府駐地設在原浩爾吐鄉政府所在地加拉嘎；撤銷哈拉哈達鄉，改設哈拉哈達鎮，總面積338平方千米，總人口17100人，轄8個行政村，鎮政府駐地設在原哈拉哈達鄉政府所在地小城子；巴林左旗蘇木鄉鎮行政區劃調整后，轄林東鎮、隆昌鎮、碧流河鎮、白音諾爾鎮、十三敖包鎮、富河鎮、哈拉哈達鎮、查干哈達蘇木、烏蘭達壩蘇木。
2006年末，全旗總面積6644平方千米。總人口35.69萬人，其中非農業人口52678人；少數民族141056人。轄9個鄉（鎮、蘇木、辦事處），173個行政村（居委會）。
2009年末，全旗總面積6644平方千米。總人口35.96萬人，其中非農業人口5.65萬人；少數民族13.76萬人。轄11個鄉（鎮、蘇木、辦事處），165個行政村（居委會）。
2012年?，恢復三山鄉、花加拉嘎鄉。調整后，全旗轄2個街道、7個鎮、2個蘇木、2個鄉：林東西城街道、林東東城街道、林東鎮、隆昌鎮、十三敖包鎮、碧流臺鎮、富河鎮、白音諾爾鎮、哈拉哈達鎮、查干哈達蘇木、烏蘭達壩蘇木、三山鄉、花加拉嘎鄉。