唐貞元元年（公元785年）拆侯官縣西鄉(xiāng)十里設(shè)梅溪場(chǎng)，旋升為縣，后改名梅清縣。五代后梁乾化元年（911年）以梅溪與閩江匯合，江水濁溪水清，改名閩清縣。歷屬福州、長樂府、東都、福州、福安府、福州路、福州府、閩海道。1949年8月15日解放。1950年屬閩侯專區(qū)，1956年改屬南平專區(qū)，1959年復(fù)屬閩侯專區(qū)（1971年閩侯專區(qū)改稱莆田地區(qū)），1983年劃歸福州市。

宋時(shí)分為奉政、壽寧2鄉(xiāng)。元明仍沿其舊。清順治十七年（1661年）分為升平、和豐2坊和旌良、旌善、綏來、淳化、懷德5鄉(xiāng)。民國25年（1936年）劃為3個(gè)區(qū)，民國31年并為梅南區(qū)，民國35年劃為梅城、玉文2鎮(zhèn)和白臺(tái)、半嶺、金沙、龍峰、合龍、清溪、雙芝、杉村、塒坪9鄉(xiāng)。

1949年仍沿其舊。1958年實(shí)行公社化，1961年劃為16個(gè)公社，1983年劃為17個(gè)公社。1984年實(shí)行政社分開，各公社分別改為鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），共設(shè)3個(gè)鎮(zhèn)14個(gè)鄉(xiāng)，后增設(shè)云龍鄉(xiāng)，并陸續(xù)將7個(gè)鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。

1996年，閩清縣面積1466.6平方千米，人口約29.5萬人，轄9鎮(zhèn)9鄉(xiāng)：梅城鎮(zhèn)、梅溪鎮(zhèn)、白樟鎮(zhèn)、白中鎮(zhèn)、池園鎮(zhèn)、坂東鎮(zhèn)、塔莊鎮(zhèn)、雄江鎮(zhèn)、東橋鎮(zhèn)、云龍鄉(xiāng)、金沙鄉(xiāng)、上蓮鄉(xiāng)、佳頭鄉(xiāng)、后佳鄉(xiāng)、三溪鄉(xiāng)、省璜鄉(xiāng)、下祝鄉(xiāng)、橘林鄉(xiāng)。縣政府駐梅城鎮(zhèn)。1997年，省民政廳批復(fù)同意撤銷金沙鄉(xiāng)，設(shè)立金沙鎮(zhèn)。2000年，撤銷省璜鄉(xiāng)，設(shè)立省璜鎮(zhèn)。

2000年第五次人口普查，閩清縣常住總?cè)丝?88598人，其中：梅城鎮(zhèn)35432人，梅溪鎮(zhèn)22416人，白樟鎮(zhèn)20048人，金沙鎮(zhèn)12948人，白中鎮(zhèn)18641人，池園鎮(zhèn)22332人，坂東鎮(zhèn)39293人，塔莊鎮(zhèn)21217人，省璜鎮(zhèn)17639人，雄江鎮(zhèn)5195人，東橋鎮(zhèn)18451人，云龍鄉(xiāng)11410人，上蓮鄉(xiāng)7690人，佳頭鄉(xiāng)866人，后佳鄉(xiāng)3329人，三溪鄉(xiāng)8362人，桔林鄉(xiāng)6339人，下祝鄉(xiāng)16990人。

2000年末，閩清縣轄梅城、東橋、雄江、梅溪、金沙、白樟、白中、坂東、池園、塔莊、省潢11個(gè)鎮(zhèn)，下祝、桔林、云龍、三溪、后佳、佳頭、上蓮、7個(gè)鄉(xiāng)，設(shè)17個(gè)居委會(huì)、271個(gè)行政村。面積1466平方千米，戶籍人口30.41萬人。

2003年末，閩清縣戶籍人口30.15萬人，其中非農(nóng)業(yè)人口6.09萬人。轄11個(gè)鎮(zhèn)、7個(gè)鄉(xiāng)：梅城鎮(zhèn)、坂東鎮(zhèn)、池園鎮(zhèn)、梅溪鎮(zhèn)、白樟鎮(zhèn)、白中鎮(zhèn)、塔莊鎮(zhèn)、東橋鎮(zhèn)、雄江鎮(zhèn)、金沙鎮(zhèn)、省璜鎮(zhèn)、云龍鄉(xiāng)、上蓮鄉(xiāng)、三溪鄉(xiāng)、下祝鄉(xiāng)、桔林鄉(xiāng)、后佳鄉(xiāng)、佳頭鄉(xiāng)。

2004年7月28日，省政府（閩政文[2004]243號(hào)）批復(fù)同意撤銷后佳鄉(xiāng)、佳頭鄉(xiāng)，并入上蓮鄉(xiāng)。合并后的上蓮鄉(xiāng)轄上蓮、溪坪、新村、蓮埔、上寨、田溪、石漏、下豐、上豐、佳頭、大土乾、街中、福星、佳洋、卑溪、林中、頂洋、樟里18個(gè)行政村。上蓮鄉(xiāng)政府駐上蓮村。調(diào)整后，閩清縣轄11個(gè)鎮(zhèn)、5個(gè)鄉(xiāng)：梅城鎮(zhèn)、坂東鎮(zhèn)、池園鎮(zhèn)、梅溪鎮(zhèn)、白樟鎮(zhèn)、白中鎮(zhèn)、塔莊鎮(zhèn)、東橋鎮(zhèn)、雄江鎮(zhèn)、金沙鎮(zhèn)、省璜鎮(zhèn)、云龍鄉(xiāng)、上蓮鄉(xiāng)、三溪鄉(xiāng)、下祝鄉(xiāng)、桔林鄉(xiāng)。

2010年第六次人口普查，閩清縣常住總?cè)丝?37643人，其中：梅城鎮(zhèn)39213人，梅溪鎮(zhèn)24083人，白樟鎮(zhèn)14659人，金沙鎮(zhèn)9285人，白中鎮(zhèn)16733人，池園鎮(zhèn)21317人，坂東鎮(zhèn)31622人，塔莊鎮(zhèn)14339人，省璜鎮(zhèn)11172人，雄江鎮(zhèn)3087人，東橋鎮(zhèn)15325人，云龍鄉(xiāng)9738人，上蓮鄉(xiāng)9086人，三溪鄉(xiāng)4791人，桔林鄉(xiāng)3507人，下祝鄉(xiāng)9686人。