南宋咸淳九年（1273年），在淮陰故城北、泗水入淮口（即古泗口，又稱大河口）設置清河縣，清河縣名自此始。明永樂十三年（1415年），陳瑄開鑿清江浦河，清江浦人口殷繁，隧興為重鎮。清乾隆二十六年（1761年），清河縣治移于清江浦。1983年設立淮陰市清河區。2000年底改為淮安市清河區。

1996年，清河區位于淮陰市城區北部，東與淮安市接壤，南以里運河與清浦區為界，北隔廢黃河和淮陰縣相鄰。面積61.6平方千米，人口17.1萬人。轄4個街道、2個鄉，1個國營場圃。區政府駐淮海街道淮海西路。淮海街道面積4.2平方千米，人口6.8萬人，轄朝陽、向陽、健康路、交通路、車站、石碼頭、工農路、淮海西路、淮海北路9個居委會；長西街道面積13平方千米，人口7.1萬人，轄人民路、上海路、長西、引河、河堤路、城西、北京路7個居委會；長東街道面積9平方千米，人口3.6萬人，轄水門橋、銅元、閘北、工農兵、娃娃井、三門、水渡、越河、新村、立新、新建、黃河南12個居委會；北京路街道面積0.7平方千米，人口1.4萬人，轄京中、京南、京北、大治路、西園5個居委會；缽池鄉面積12平方千米，人口3.4萬人，轄呂莊、山頭、毛渡、團汪4個村委會、1個果林場；城北鄉面積14.3平方千米，人口1.9萬人，轄西湖、窯汪、團結、革命、西郊、富強、繁榮、東郊、新建、洪福10個村委會和1個黃河果園。（根據《中國政區大典》資料整理）

2000年第五次人口普查，清河區總人口248794人，其中（7個街道、1個鄉）：長西街道45633人，北京路街道11612人，淮海街道58869人，長東街道40084人，水渡口街道18526人，西安路街道44434人，東湖街道20640人，缽池鄉8996人。

2002年6月,楚州區徐楊鄉劃歸淮安經濟開發區。2003年，楚州區南馬廠鄉小堆村、高張村以及馬廠村的一、二、三、四村民小組劃歸清河區徐楊鄉管轄；楚州區席橋鎮熊胡村、福康村劃歸清河區徐楊鄉管轄。2003年末，清河區總人口70859戶、22.85萬人，轄8個街道、2個鄉：北京路街道、長西街道、淮海街道、長東街道、西安路街道、水渡口街道、新港街道、東湖街道、缽池鄉、徐楊鄉。

2004年末，全區戶籍總人口78027戶、24.0萬人，登記暫住人口5.5萬人。2005年末，全區戶籍總人口78709戶、24.67萬人，登記暫住人口5.7萬人。2006年末，全區戶籍總人口80339戶、24.46萬人，登記暫住人口5.81萬人。2007年末，全區戶籍總人口79045戶、23.69萬人，登記暫住人口6.62萬人。（以上不包含淮安經濟開發區在內）

2007年9月26日后，將清河區京滬路辦事處嚴趙、高張、磚井、小堆4村相繼劃歸淮安經濟開發區。2008年，將楚州區席橋鎮的李席居委會和東邱村委會劃入南馬廠鄉，并將調整后的南馬廠鄉劃歸清河區管轄。行政區劃調整后，清河區行政區域面積153平方千米，人口43.9萬人，轄6個街道、3個鄉；其中，南馬廠鄉行政區域面積22.4平方千米，人口1.85萬人，轄1個居委會、5個行政村。

2009年末，清河區總面積29平方千米、總人口23.01萬人（以上不包含淮安經濟開發區在內）。缽池鄉面積6.55平方千米、人口6858人，徐楊鄉面積33.27平方千米、人口57431人，南馬廠鄉面積24.25平方千米、人口18950人。

2010年，西安路街道更名為柳樹灣街道，北京路街道更名為府前街道，京滬路街道更名為白鷺湖街道。轄區同時有所調整：將淮海街道的工農路社區、淮西社區、繁榮社區劃歸府前街道管轄，將淮海街道的朝陽社區劃歸柳樹灣街道管轄，將長東街道的新村社區、立新社區、北新村社區、黃河南社區劃歸淮海街道管轄，將長東街道的沈陽路社區劃歸水渡口街道管轄，將水渡口街道的健康路社區劃歸淮海街道管轄，將水渡口街道的團汪社區、果林場社區劃歸白鷺湖街道管轄。