春秋時稱延陵。西漢高祖五年（公元前202年）改為毗陵縣，三國吳嘉禾三年（234年）置典農校尉屯田墾殖。西晉大康二年（281年）置郡，統轄丹徒、曲阿（丹陽）、武進（分曲阿、丹徒東部地區置）、延陵、毗陵、暨陽（江陰）、無錫7縣。永興元年（304年）改毗陵為晉陵。隋開皇九年（589年）于常熟縣置常州，后割常熟縣入蘇州，遂移常州治于晉陵，常州之名由此始。歷代為郡、州、府、路所在地。清雍正四年（1726年）析武進另置陽湖，析無錫另設金匱，析宜興另立荊溪，加上原領江陰、靖江，常州府統領8縣。

1912年，民國成立，廢常州府，陽湖縣并入武進縣，城區一度稱武進市，沿稱常州。1949年4月23日，常州解放，城鄉分別建立常州市和武進縣。1953年常州市改為省轄市。1958年，鎮江專區改名為常州專區，常州市劃歸常州專區領導，專署由鎮江市遷至常州市。1959年，常州專區改為鎮江專區，專署由常州市仍遷駐鎮江市，常州市劃歸鎮江專區領導。1960年，鎮江專區的武進縣劃歸常州市領導。1962年，常州市改為省轄市，武進縣劃歸鎮江專區領導。

1983年3月1日，實行市管縣體制，鎮江地區的武進、金壇、溧陽3縣劃歸常州市領導，市區設廣化、天寧、鐘樓、戚墅堰、郊區5個市轄區。1986年9月起，經國務院批準，先后撤銷廣化區，將原行政區域分別歸到鐘樓區和天寧區。1990年8月，撤銷溧陽縣，改設溧陽市（縣級）。1993年11月，撤銷金壇縣，設立金壇市（縣級）。1995年，將武進縣的龍虎塘鎮、新橋鎮、百丈鄉、圩塘鎮劃入常州市郊區管轄；7月，撤銷武進縣，設立武進市（縣級），市政府駐湖塘鎮（6月8日國務院批準）。1999年經省政府批準，撤銷郊區太　鄉，將其原轄區域并入武進市雪堰鎮。

2002年4月3日，國務院批準（國函[2002]22號）：調整常州市部分行政區劃。（1）撤銷縣級武進市，設立常州市武進區。武進區轄原縣級武進市的湖塘、牛塘、洛陽、禮嘉、南夏墅、前黃、寨橋、潘家、漕橋、雪堰、奔牛、鄒土區、卜弋、夏溪、嘉澤、湟里、東安、橫林、遙觀、橫山橋、芙蓉、焦溪、鄭陸23個鎮。區人民政府駐湖塘鎮。（2）常州市郊區更名為新北區。新北區轄原常州市郊區的河海街道、三井鄉和龍虎塘、新橋、百丈、圩塘4個鎮以及原縣級武進市的薛家、安家、魏村、羅溪、西夏墅、小河、孟河7個鎮。區人民政府駐河海中路。（3）將原常州市郊區的永紅、五星、西林、北港4個鄉和新閘鎮劃歸鐘樓區管轄。（4）將原常州市郊區的茶山、雕莊、紅梅、青龍4個鄉劃歸常州市天寧區管轄。　　行政區劃調整前：鐘樓區面積18平方千米，人口25萬；天寧區面積20平方千米，人口27萬；原郊區面積120平方千米，人口28萬人。郵政編碼213001；原縣級武進市面積1581平方千米，人口120萬。

1983年，常州市共轄3縣5區，共有18個街道、7個鎮、136個鄉，236個居委會、1868個村委會。1984年，全市共有18個街道、 7個鎮、136個鄉，265個居委會、1886個村委會。1985年，全市共有19個街道、16個鎮、125個鄉，288個居委會、1914個村委會。1986年，全市共轄1市2縣4區，全市共有18個街道、16個鎮、125個鄉，303個居委會、1922個村委會。1987年，全市共有18個街道、22個鎮、119個鄉，329個居委會、1918個村委會。1988年，全市共有19個街道、35個鎮、106個鄉，336個居委會、1922個村委會。1989年，全市共有18個街道、39個鎮、102個鄉，339個居委會、1969個村委會。1990年，全市共有18個街道、39個鎮、102個鄉，363個居委會、1920個村委會。1991年，全市共有18個街道、48個鎮、 93個鄉，375個居委會、1919個村委會。1992年，全市共有18個街道、49個鎮、 88個鄉，388個居委會、1913個村委會。1993年，全市共轄2市1縣4區，共有20個街道、65個鎮、 72個鄉，414個居委會、1913個村委會。1994年，全市共有19個街道、71個鎮、 66個鄉，429個居委會、1915個村委會。1995年，全市共轄3市4區，共有18個街道、74個鎮、 63個鄉，450個居委會、1908個村委會。1996年，全市共有18個街道、81個鎮、 56個鄉，460個居委會、1907個村委會。1997年，全市共有19個街道、81個鎮、 56個鄉，471個居委會、1903個村委會。

1998年，全市共有19個街道、81個鎮、 55個鄉，482個居委會、1902個村委會；其中市轄區19個街道、7個鎮、10個鄉，341個居委會、164個村委會；天寧區轄8個街道，152個居委會；鐘樓區轄8個街道，149個居委會；戚墅堰區轄2個街道、2個鎮，35個居委會、19個村委會；郊區轄4個鎮、1個鄉，5個居委會、89個村委會；溧陽市轄16個鎮、20個鄉，45個居委會、559個村委會；金壇市轄18個鎮、9個鄉，29個居委會、428個村委會；武進市轄40個鎮、16個鄉，67個居委會、751個村委會。

2003年，鐘樓區撤銷五星鄉和西倉橋街道，以原五星鄉所轄區域與原西倉橋街道街道管理的南運橋、南河沿、三堡街、勤業第一、勤業第二5個居委會合并設立五星街道，原西倉橋街道的機械第一、機械第二兩個居委會劃歸西新橋街道，原西倉橋街道的紅星、虹橋、龍船浜、新市路4個居委會劃歸懷德路街道；撤銷永紅鄉和清潭街道，以原永紅鄉所轄區域與原清潭街道管理的區域合并設立永紅街道；撤銷北港鄉，以其原轄區域設立北港街道；撤銷西林鄉，以其原轄區域設立西林街道。天寧區撤銷雕莊鄉，以其原轄區域設立雕莊街道；撤銷青龍鄉，以其原轄區域設立青龍街道；撤銷茶山鄉，以其原轄區域設立茶山街道；撤銷紅梅鄉，以其原轄區域設立紅梅街道。新北區圩塘、魏村、百丈、安家4個鎮合并設立春江鎮，鎮政府駐圩塘；孟河、小河兩個鎮合并設立孟河鎮，鎮政府駐小河；撤銷三井鄉，以其原轄區域設立三井街道；撤銷龍虎塘鎮，以其原轄區域設立龍虎塘街道。

2004年底，全市總人口348.96萬人。2005年末，全市戶籍人口351.6萬人，外來暫住人口總數為130.3萬人。轄武進、新北、天寧、鐘樓、戚墅堰五區，代管金壇、溧陽二市。武進、新北、天寧、鐘樓、戚墅堰五區轄24個街道、32個鎮，金壇、溧陽二市轄32個鎮。

2006年9月30日，常州市召開中心城區街道區劃調整動員大會，會議宣布了市政府關于調整中心城區街道行政區劃的決定，對天寧、鐘樓、戚墅堰三轄區街道區劃調整工作進行部署。其中，鐘樓區行政區劃將作如下調整： 撤銷馬公橋街道辦事處，其花園路以北區域劃歸五星街道辦事處，其花園路以南區域劃歸永紅街道辦事處；撤銷懷德路街道辦事處，將其與南大街街道辦事處合并設立南大街街道辦事處；撤銷西新橋街道辦事處，將其與荷花池街道辦事處合并設立荷花池街道辦事處；北港、西林街道辦事處和新閘鎮原行政區劃不變。調整后，鐘樓區轄1個鎮、6個街道辦事處。同年，常州市行政中心從市區原局前街180號整體搬遷至位于常州高新技術產業開發區內的龍江大道1280號新址；10月8日起全面對外辦公。2006年末全市戶籍人口354.67萬人，常住人口425.69萬人。

2007年，常州市行政區劃調整共涉及2個轄市、3個區：金壇市由15個鎮調整為7個鎮；溧陽市由17個鎮調整為10個鎮；武進區由23個鎮調整為14個鎮、1個街道；此外，鐘樓區新閘鎮，戚墅堰區丁堰鎮、潞城鎮成建制改設街道辦事處。按照以上方案進行調整，全市鎮的數量將減少42.2%%，平均面積從調整前的45.8平方千米增至100.38平方千米，平均人口從4.1萬人增至6.67萬人。完成調整后，全市共有37個鎮、20個街道。

2013年末，常州市戶籍人口365.91萬人，其中市區人口231.73萬人。轄武進、新北、天寧、鐘樓、戚墅堰5區，代管金壇、溧陽2市，共有37個鎮、21個街道。

2015年4月28日，《國務院關于同意江蘇省調整常州市部分行政區劃的批復》（國函[2015]75號）：一、同意撤銷常州市武進區和戚墅堰區，設立新的武進區，以原武進區（不含奔牛鎮、鄭陸鎮、鄒區鎮）和戚墅堰區的行政區域為設立的武進區的行政區域，武進區人民政府駐湖塘鎮延政中大道28號。二、同意撤銷縣級金壇市，設立常州市金壇區，以原金壇市的行政區域為金壇區的行政區域，金壇區人民政府駐西城街道華陽南路88號。三、同意將原武進區的奔牛鎮劃歸常州市新北區管轄，將原武進區的鄭陸鎮劃歸常州市天寧區管轄，將原武進區的鄒區鎮劃歸常州市鐘樓區管轄。在撤銷戚墅堰區的同時，經省政府批準，將戚墅堰經濟開發區更名為江蘇常州經濟開發區。市政府決定，常州經開區管委會作為市政府的派出機構，委托新的武進區管理，新的武進區所屬戚墅堰、丁堰、潞城三個街道和橫山橋、橫林、遙觀三鎮委托常州經開區管理。